综上所述，财政资助研发项目合同是政府实现其科技管理职能的重要手段，其一方当事人即项目管理部门是行政主体，它与项目承担单位之间是不平等的行政法律关系，项目管理部门在合同的缔结和履行过程中享有一定的行政特权。财政资助研发项目合同属于行政合同，它与一般的民事合同或经济合同不同，不能适用一般《合同法》调整。
本文总结出企业作为合作方参与财政资助研发项目的几种主要情形。
第一种情形（见图1）为大学或科研机构与企业联合申报项目，大学或科研机构与企业互为合作方，共同成为项目承担单位。一方面，大学或科研机构与企业一起作为共同项目承担单位与财政资助方构成行政合同法律关系，大学或科研机构与企业具有共同行政相对人的身份；另一方面，从合作角度讲，大学或科研机构与企业双方形成民法上的法律关系，大学或科研机构与企业在合作关系中又具有民事主体身份。也就是说，此时的大学、科研机构或企业既是财政资助研发项目合同中的行政相对人，又是联合承担财政资助研发项目法律关系中的民事主体。
第二种情形（见图2）为项目承担单位经财政资助部门同意，将项目的部分任务转让给企业合作方进行研究开发。在此种情形下，除了政府与项目承担单位之间的行政合同关系外，还产生了项目承担单位与企业合作方的民事委托法律关系，此时的项目承担单位也具有双重身份，即行政相对人和民事委托人。
在第三种情形下（见图3），政府与项目承担单位形成如前所述的行政合同法律关系，但项目承担单位是财政资助研发项目合同中的行政相对人，同时也是企业注资项目民事协议中的另一方当事人。但此时的企业没有与大学一起申报项目，因此它不是行政相对人，不能成为项目承担单位，它与财政资助方之间不产生直接的法律关系。但是，该企业因为部分出资而与项目承担单位形成了民事法律关系。
第四种情形（见图4）中的项目尽管由政府部分出资，但项目行政合同的属性并没有改变，企业与大学或科研机构联合申报该项目，同样成为合同中的项目承担单位即行政相对人，企业与大学或科研机构的合作民事法律关系仍然存在。所不同的是，企业与大学或科研机构的合作方式明确为出资，而非其他。在第五种情形下（见图5），政府和企业作为联合资助方向项目承担单位注入资金，其中政府与项目承担单位形成行政法律关系；企业与项目承担单位是平等主体，二者相互之间是一种资助与被资助的民事关系。企业尽管有其出资目的，但在客观上与资助的另一方政府部门形成了行政协作关系，二者之间的联合资助协议实际上也是一种行政合同，企业既是这种行政合同的行政相对人，同时也是与项目承担单位的民事法律关系中的一方当事人。