新疆维吾尔自治区葡萄瓜果研究所耿新丽研究员等：高通量测序法分析

甜瓜果实糖和水分含量较高，生理代谢旺盛，后熟衰老速度较快，采收、运输和贮藏期间水分散失和呼吸蒸腾作用会导致果实萎蔫、软化等品质劣变，而病原菌侵染致果实腐烂现象更为普遍，造成了巨大的经济损失。从采后甜瓜中鉴定出的致病菌主要包括链格孢、镰刀菌、粉红单端孢、青霉等。然而，采后果实中微生物群落系统复杂，其相互作用直接影响果实的品质和贮藏性能。目前，高通量测序技术已成功地应用于黄瓜、花生、菠菜、菜心菜、番茄等果蔬贮藏过程中微生物群落变化的解析。新疆维吾尔自治区葡萄瓜果研究所的郑贺云、朱丽霞、耿新丽*等人利用IlluminaMiSeq高通量测序平台对‘西州密25号’甜瓜不同贮藏期的果皮和果肉中真菌群落进行内部转录间隔区（ITS）测序，以期对贮藏期甜瓜果皮和果肉组织中真菌群落组成和动态变化进行解析，为采后病害的发生规律及后续甜瓜保鲜、内生生防菌的开发提供理论依据。

1序列有效性分析

贮藏期果肉和果皮组织共24个样品，通过IlluminaMiSeq平台测序，最终共计获得1937667对双端序列，经过质控、去嵌合体后获得1638150条高质量序列，序列长度范围为155～369bp，平均长度为230bp。

2不同贮藏期甜瓜真菌群落组成分析

2.1甜瓜样品中ASV分析和物种注释

2.2基于门水平贮藏期甜瓜真菌组成结构分析

2.3基于目水平贮藏期甜瓜果皮和果肉组织中真菌结构分析

2.4基于属水平贮藏期甜瓜果皮和果肉组织中真菌结构分析

2.5基于种水平贮藏期甜瓜果皮和果肉组织中真菌结构分析

如图4所示，甜瓜贮藏期果皮和果肉24个样品中在种水平上注释到相对丰度排名前10位的优势菌群分别Vishniacozymatephrensis（相对丰度8.21%）、粉红单端孢（Trichotheciumroseum）（6.94%）、卡恩斯维希尼克氏酵母（Vishniacozymacarnescens）（3.42%）、Filobasidiummagnum（2.59%）、金龟子绿僵菌（Metarhiziumanisopliae）（2.42%）、产黄青霉菌（Penicilliumchrysogenum）（2.29%）、浅黄隐球酵母菌（Papiliotremaflavescens）（2.11%）、黑附球菌（Epicoccumnigrum）（1.85%）、杂色曲霉（Aspergillusversicolor）（1.73%）、限制马拉色菌（Malasseziarestricta）（1.46%）和其他（66.98%）。

3果实组织间显著差异性群落和种群分析

4果实组织中真菌多样性分析

讨论

本研究以不同贮藏期的甜瓜为对象，利用高通量测序技术探究了甜瓜贮藏期果皮和果肉中真菌的群落结构组成和相对丰度的变化趋势，共鉴定出真菌3个门、23个纲、54个目、106个科、123个属。ASV注释结果表明，甜瓜贮藏期果皮和果肉24个样品中，子囊菌门和担子菌门是门水平的优势菌群；在目水平，果皮中优势菌群为散囊菌目，而果肉中格孢腔菌目和银耳目占优势；在属水平，果皮中优势菌群从维什尼亚科齐马菌属、Papiliotrema和绿僵菌属（贮藏0d）变为曲霉属、单端孢属和青霉属（贮藏21d），果肉中的优势菌群也随着贮藏期的延长而改变，贮藏21d时优势菌群为维什尼亚科齐马菌属、单端孢属和毕赤酵母属。由此可知，贮藏期甜瓜果实组织中真菌群落的丰度和多样性存在差异，引起贮藏期甜瓜品质劣变的真菌包括曲霉属、单端孢属、青霉属、链格孢菌属、镰刀菌属等，甜瓜目前面临的主要保鲜问题仍是衰老引起的果实品质劣变和微生物大量滋生繁殖导致的腐败。