从“千古习邪之首恶”的太平道开始，中国历史各朝代邪教活动均未间断。魏晋时期五斗米道，唐宋朝时期摩尼教，元代白莲宗农民大起义，明清时期更是有无为、闻香、白莲等邪教组织，这些邪教组织对历代政权都产生过程度不同的消极影响，故邪教一直是历代法律惩禁的对象。
中国反邪教立法始于汉朝时期，《汉律》中就规定了“执左道”、“造畜蛊毒”、“造厌魅”、“妖言妖书”等罪名，用来惩治巫术、邪教类犯罪。隋唐时期，又将“不道”罪列“十恶”。明朝《大明律》中又规定了“师巫邪术”罪名，举凡“师巫假降邪神、书符咒水、扶鸾祷圣，自号端公、太保、师婆及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道异端之术”，均按律治罪。清朝《大清律例》中也明文“禁止师巫邪术”，规定“邪教惑众，照律治罪”。
中国历史上最早提到的邪教罪名是“执左道”罪，包括巫盅、祖诅、作妖书等行为，通常被处死刑。《礼记王政》中记载：“执左道以乱政，杀”，在此提到的左道即邪教。汉代成帝时，齐人甘忠可言：“汉家气运已完，应重新受命于天”，被官员告发，以罔上惑众入狱，甘忠可死后，其徒弟夏贺良继续传教，被朝廷以“执左道，乱朝政，颠覆国家，诬枉主上”之名处以死刑。
妖书妖言罪是借神鬼之口制造和散布对政权不谒以煽动民众的异端邪说行为。此罪首设于秦，汉吕后废“谣言令”，后汉文帝复设，唐代细化为造妖书妖言罪、传用妖书妖言罪和私存妖书妖言罪。宋代农民起义与“妖书妖言”多有联系，宋刑严治此罪，不仅重判此罪，还规定这类犯罪不能赦降和免除。明律对此罪重罚，“凡造谶纬，妖书妖言及传用惑众者，皆斩。若私有妖书隐藏不送官者，杖一百，流三年”(《问刑条例》)。清朝条例“凡妄布邪言，书写张贴煽惑人心，为首，斩立决，为从皆斩监侯”。此条罪名在中国历代均处刑极重。典故“焚书坑儒”即秦始皇以“妖言以乱黔首”的罪名，活埋妖言犯禁者侯生、卢生等儒生和方士。
“祝诅罪”是祈祷鬼神加害皇帝的行为，“巫盅罪”是巫女用神道迷信诅咒皇帝的行为，虽然这两种行为不会对皇帝造成实际危害，但均以腰斩问刑。西汉征和二年，汉武帝长子太子刘据因被江充、苏文等人诬陷以巫蛊诅咒父亲汉武帝，被迫发兵起事诛杀江充，导致汉武帝以为儿子企图谋反而派兵镇压。两方对战导致长安城中死伤过万，最后太子兵败逃亡，自缢而死，此事件史称“巫蛊之祸”。从发端到结尾实际前后罹难有四十多万人，大量政治军事人才的流失成为西汉政权的衰落重要的历史原因。
隋唐时期，宗室官僚敬事鬼神，笃迷厌胜的左道信仰观念，巫蛊、厌魅行为犯罪大肆泛滥，明确“造畜盅毒罪与造厌魅及造符书祝诅罪”，列入“十恶”罪第五位。《唐律疏议·贼盗律》记载“清造畜毒”及教令者，绞;造畜者同居家口虽不知情，其里正知而不纠者，皆流三千里;造厌魅罪在自隋唐至明清均以谋杀论。
元代各地多有假借宗教名义进行反抗起义者，元统治者对此特设“伪造经文罪”。规定“(凡)伪造经文犯上惑众，为首者斩，为从者，以轻重论刑”，“凡理迎赛祈祷，惑众乱民者，禁止”，又有“清阴阳家俏造谶，释老私撰经文、凡以邪教说左道诬民惑众者，禁止;违者重罪之”(《元史·刑法志》)。元后期，兼用军事镇压和此条例对付白莲教、弥陀教等宗教组织起义。
至明代，作为一介平民的朱元璋，因参加秘密宗教组织造反而获取国家政权，他深知秘密宗教或邪教危害社会秩序的严重性与方式，因而对秘密宗教或邪教皆施以严刑峻法。“禁止师巫邪术罪”这一罪名的入律，意在禁止人们从事邪教活动和民间宗教信仰，这是中国古代预防惩治邪教犯罪的第一款专门条法，为清代引“邪教”这一罪名入律奠定基础，“师巫邪术罪”《明律集解附例》记载：“凡师巫假借邪神，书符咒水，扶鸾祷圣……一应左道乱正之术……煽惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里”。
清政府统治时期，邪教犯罪案件更是频发，清顺治十三年(1656年)，“邪教”一词正式刊载在官方文书，当时谕令中出现“凡左道惑众”，“踵行邪教”，“加等治罪”的规定，由“妖”而称“邪”，反映恶统治者意识到这类犯罪是人事而不是神事。乾隆时，“大逆罪”下设“兴立邪教罪”，于“十恶”之首，规定其本人愚妄或希图诓骗财物，兴重邪教名目，或因仇恨造邪说煽惑人心罪，为灭九族之罪。清代统治者对邪教犯罪十分重视，“禁止师巫邪术”、严惩“造妖书妖言”等条款的基础上，还规定：凡妄布邪言、书写张贴、煽惑人心者，为首者斩立决，为从者皆斩监候，习天文之人妄言祸福和传避邪术、道士施法致人死亡，依其罪行分别处绞监侯、充军和杖刑，邪教犯罪一般比照谋反大逆定罪处罚。
除上述刑典规定罪名外，历代统治者还颁布特别欶令和行政法措施惩治邪教、巫术活动。帝王颁布惩戒令，多由于当时邪教猖獗，从重打击。北魏太武帝就曾赦令“沙门无长少皆玩之”。唐代也有“关连图党、并决重杖处死”。宋高宗绍兴十一年颁布“吃菜事魔条法”，赦令禁止“吃菜事魔”和“夜聚晓散传习妖教”，各代统治者必兼用行政手段打击“邪魔外道”。除要求信众“还隶民籍、具结悔过”外。都要收缴经书、焚毁经板、拆除邪祠、销毁偶像、查抄教产等。明代曾发布《毁无为教告示》决定焚烧经板、经文。清代针对无为教也颁布过类似的行政法。
在漫长的历史进程中，中国古代法律文化逐渐形成了自己独特的精神品格和文化特征，如何批判地继承我国古代法中防范和打击邪教的合理成分，在法治中国的时代条件下，是我们面临的一项重要课题。意大利历史学家克罗齐有句名言：“一切历史都是当代史”。研究中国古代的法律文化，揭示其特征，知晓其内容，更有利于法治中国建设。