日本知识产权法律体系的建立和完善大致可分为三个阶段：明治维新至1959年的第一阶段、1959年至2002年间的第二阶段、以及2003年后的第三阶段。在第一阶段，日本开始建立知识产权制度。在第二阶段，日本在第二次世界大战中以失败告终，随后被美国占领，其包括知识产权法律在内的法律体系被美国改造，得以学习和继受美国法律。在1959年至1970年间，日本对原有知识产权法律进行了集中修改。在第三阶段，日本小泉纯一郎内阁宣布实行知识产权立国战略，此后至今，日本进行了大量有关知识产权的立法和修法活动。
1.1第一阶段
①专利法
1871年（明治4年），日本颁布了《专卖简则》。尽管该简则在实行后的第二年就遭到了废止，但其仿效欧美专利制度，开风气之先，并最终为专利制度在日本的确立奠定了基石。从1879年开始，日本政府重新研究建立专利制度。1885年（明治18年），《专卖专利条例》经元老院通过并颁布实施。虽然该条例很快就为1888年（明治21年）的《专利条例》所修改，但此后专利制度便一直绵延不断，因此可谓是日本第一部专利法。1899年（明治32年）的修改法正式将“专利条例”更名为“专利法”，并沿用至今。以后，又经过1909年（明治42年）、1921年（大正10年）等多次修改，近代专利制度在日本真正确立。
②商标法
日本商标以注册形式加以保护的制度始自1884年（明治17年）。当时的明治政府基于推行“知产兴业政策”的需要、并为了满足国外许多国家的要求，在参考欧美多国商标制度后，由特许厅（JPO）第一任长官高桥是清负责紧急起草制定，于1884年（明治17年）6月7日颁布的。该《条例》仅比法国制定的商标法晚27年。该《条例》经过1888年（明治21年）、1899年（明治32年）的修订，以及1909年（明治42年）的大幅度修改后，于1921年（大正10年）初步形成了近代商标法的雏形。
③著作权法
1.2第二阶段
1959年（昭和34年），日本在参考了大量国外立法的基础上，全面修改了专利法。也正因如此，很多人认为，现行专利法是从1959年专利法开始的。以此为新的起点，又经过多次修改，日本专利法获得了很大的发展。
1959年修改的主要内容有：判断发明新颖性的标准包括国内所发表的刊物在内；新增加了发明创造性的规定；改变了有关职务发明的规定；采用了共同申请制度等。
1970年（昭和45年），日本政府又对1959年专利法进行了部分修改，甚至在有些地方对原专利制度进行了一些根本性的变革。例如，采取申请公开制度和请求审查制度，扩大先申请的范围，以及采取前置审查制度，等等。
1978年（昭和53年），为配合已经加入的《专利国际合作条约（PCT）》，日本政府一方面制定了“关于根据《专利国际合作条约》进行国际申请等的法律”，另一方面在专利法中新设立了“关于根据《专利国际合作条约》进行国际申请的特例”。
1985年的修改主要是设定了基于在先申请主张优先权的国内优先制度，代替原来的追加专利制度。1994年（平成6年）对专利法进行的修改主要体现在：引进了通过外国语书面进行申请的制度；依据巴黎公约的规定主张优先权的有关规定等。
90年代末，为了加强对知识产权的保护，1999年就进行了三次修改，集中在民事救济方面，这几次修改主要是为了解决赔偿额过低及其计算问题，主要从实体和程序两个角度着手，以便于迅速地获得适当而有实效的损害赔偿。实体方面通过1998年修改而获得实现；程序法方面则通过1999年修改而获得实现。
为了进一步强化对地域性商标的保护，在2005年（平成17年）6月15日公布的《商标法》第7条（团体商标）第二款中加入了“地域团体（集体）商标”内容。
1991年（平成3年）5月日本引入服务商标制度，1992年（平成4年）4月1日开始实施。此外，日本还有团体（集体）商标注册制度（地域集体商标）、防护（防御）标章注册制度。在WIPO发布的有关保护驰名商标《联合建议》的基础上，日本特许厅对《商标审查标准》做了相应的修改，并于1999年（平成11年）7月1日开始实施，修改过的《审查标准》充分考虑到对驰名商标和著名商标的保护问题，但这一审查标准主要在特许厅内部的审查程序中作为参考使用。
1970年（昭和45年）5月6日进行全面修改，最终形成了现行的《著作权法》。
这部《著作权法》根据技术的发展和因特网的普及等情况，进行了几次小规模修改。1984年（昭和59年）为适应录音制品出租业的发展，该法创设了有关出租权的规定。1985年（昭和60年）明确了对计算机程序的保护。1986年（昭和61年）完善了计算机程序注册制度，同时，还增加了保护数据库的规定。1989年（平成元年）为配合加入《关于保护表演者等的罗马公约》而对原本仅限于国内表演等保护对象做了相应的扩充修改。1991年（平成3年）规定外国表演者和录音制品制作者享有出租权和获得报酬权，将著作权邻接权的保护期延长至50年，并且，将在国外制作的录音制品也作为盗版打击的对象。
对于著作邻接权的溯及保护问题，1996年（平成8年）12月26日的法律第117号作了相应的修改。虽然日本就与贸易有关的知识产权协议的解释历来并无错误，但其后，许多发达国家将对表演等的保护追溯到50年之前，因此，从国际协作的角度考虑，日本也转而将对表演等的保护追溯到50年前。
1.3第三阶段
2002年（平成14年）放宽了对间接侵权的认定标准，将“对于利用该发明解决有关问题必不可缺少的物品”规定为属于专利发明；将明知被用于专利发明的实施却仍旧予以生产、转让等的行为看作是侵权行为。
2003年（平成15年）的重要修改是，在专利审查后、由专利厅对专利权的有效性进行判断的制度中，并存着申述异议制度与专利权无效审判制度。法律将这两个制度合并为专利权无效审判制度（删除《专利法》第113条至第120条的规定），将以往限制为只有利害关系人方可提出请求的规定改为原则上任何人均有资格提出请求。
最近一次对专利法的修改是2014年3月，本次专利法修改主要包含以下两方面：增加特殊情况下延长申请期限等救济措施，以及设置专利异议申请制度。
随着当今网上交易的增加，知识产权的保护也得到各国的高度重视。为此，2002年（平成14年）4月11日，日本国会通过了《特许法等部分修改法律案》，其中就因特网上的商业行为中的商标使用保护加以强化，并于同年的4月17日以法律第24号进行公布。
为了减轻商标注册申请人的负担，促进迅速、准确的审查，2002年（平成14年）4月11日，日本国会通过的《特许法等部分修改法律案》中，还对商标国际注册的部分手续费的规定进行了修改。将国际注册费用调整为与国内商标注册费一致，费用交纳可以在进入国家阶段注册审查决定后进行。此决定已于2002年（平成14年）4月17日开始实施。
2003年（平成15年）1月1日，日本在《商标法》第68条第30款中明确规定，基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的个别手续费的支付方法，可采取分期缴纳（前后5年两次支付）的方式。另外，《商标法》第68条第28款中明确规定，不接受对基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的补正。
二、2023年日本知识产权政策变化情况
日本内阁2023年初批准了《关于部分修订〈防止不正当竞争法〉等法律的法案》，对日本《防止不正当竞争法》和其他知识产权法律进行了修订，并于2023年6月后开始实施。
2.1加强知识产权保护
《防止不正当竞争法》：《关于部分修订〈防止不正当竞争法〉等法律的法案》对《防止不正当竞争法》约束的范围进行了扩展，将数字假冒产品涵盖在内，允许实体寻求法院命令，以禁止此类假冒产品的在线分销。因此，如果有人在数字空间中从事假冒产品销售，权利所有人可以申请禁令。修订后的《防止不正当竞争法》还承认了向第三方提供大数据的新兴服务，以及通过扩大数据所有者在发生数据泄露时寻求禁令和其他救济措施的权利来保护此类数据的必要性。此前，《防止不正当竞争法》为大数据提供了类似的保护，但仅限于数据未被保密的情况。
此外，修订后的《防止不正当竞争法》还增加了对不公平竞争的处罚。传统上，受损害的实体只能就利润损失或合理的使用费提出主张，即：（1）根据受损害实体的制造和营销能力，在没有不公平行为的情况下，受损害实体利用对争议产品的需求本应获得的利润；（2）侵权者通过不公平竞争活动产生的同等金额的利润；或（3）合理的使用费。根据新的修订，除了（1）中所述的利润损失外，受损害实体还可以就侵权人在受损害实体的制造和营销能力之外利用对产品的需求获得的利润寻求使用费。
2.2完善数字知识产权程序
2.3国际业务发展
在确认了对国际企业制定更强有力、更明确的法规的必要性后，《关于部分修订〈防止不正当竞争法〉等法律的法案》修订了《防止不正当竞争法》，通过增加对违反贿赂规定的个人的法定处罚，更好地执行《经合组织反贿赂公约》。此外，修订案还规定对日本公司的外国雇员在海外的贿赂行为的处罚。这两项处罚规定还将处罚范围扩大到公司。《关于部分修订〈防止不正当竞争法〉等法律的法案》进一步修订了《防止不正当竞争法》，规定即使日本公司的商业秘密在海外遭到侵犯，也可以在适用日本反垄断法的日本法院提起诉讼。