在行政监督部门处理投诉人的投诉时，首先应对投诉人是否具有合格的主体资格进行判定，根据《招标投标法》第六十五条的规定，投标人和其他利害关系人都可以向行政监督部门提出投诉，即规定招投标投诉主体包括投标人和其他利害关系人两类，但“其他利害关系人”的概念非常模糊，投诉主体的资格认定也就成了投标投诉处理案件中需首先面对的棘手问题。
为了明晰建设工程招投标投诉主体的范围，《工程建设项目招标投标活动处理办法》对“其他利害关系人”的范围进行了界定：“即指投标人以外的，与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系的法人、其他组织和个人。”尽管有上述规定，但“与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系”仍是一个无法量化的标准。同时，《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》中也规定，“投诉人不是所投诉招标投标活动的参与者，或者与投诉项目无任何利害关系”的，行政机关不予受理。
因此，笔者认为，判断投诉人（非投标人）是否具备合格的投诉人主体资格，即是否“与招标项目或者招标活动有直接和间接利益关系”，应当由招投标投诉处理部门依据具体的案件情况予以判定，属行政监督部门的自由裁量权范围。
投诉书的形式要求
笔者认为，对投诉人的投诉书形式设置要求，是防止投诉人滥用投诉权利的合理、必要举措，投诉人应在投诉时对其予以足够的重视，以避免因此而错失行使自身权利的时机。
投诉人投诉的举证问题
目前，我国的工程建设招投标投诉处理部门为建设主管部门，仅在招投标监督管理方面就承担着监督招投标程序和实体的合法性、负责处理招投标过程中的投诉、对违法行为进行调查处理等大量工作。行政监督部门面对大量招投标活动，很难主动发现某个项目存在违法行为，故其发现、查处违法行为在很大程度上依赖于投诉人的投诉及其所提供的线索。但若投诉人因无法取证而无法向行政监督部门进行投诉，也就间接导致了大量违法行为不能被行政监督部门及时发现并查处，非常不利于招投标市场的发展与健全。由上可知，因现有规定对投诉人投诉设置了过高的要求，可能导致大量的违法行为因其隐蔽性和欺骗性而无法被发现，无法对其实施应有的制裁措施。故笔者认为，鉴于法律已经对滥用投诉权、恶意投诉的行为规定了相应的罚则，行政监督机关一旦发现滥用投诉权的行为就有权依法作出处罚，故行政监督部门在对投诉人投诉材料进行审查时，不宜要求投诉人承担过于严格的举证责任，行政监督部门可以根据投诉的事由以及招投标活动的实际情况来具体确定每一投诉中投诉人所应承担的举证责任，以充分将社会监督与行政监督权结合起来，这有利于招投标市场的规范。
招投标投诉处理的复杂性问题
行政监督部门处理投诉的权限问题
由于招标投标活动参与的主体较多，有招标人、评标委员会、投标人及其他利害关系人等，每一个主体在招投标活动中均享有各自独立的权利义务，行政监督部门的处理决定也同样会涉及到参与招投标的每一个主体的权利义务。但按照现行法律规定，行政监督部门不能直接处分某些主体，如评标委员会。评标委员会是相对独立的主体，在招投标过程中扮演着重要的角色，评标委员会依法享有独立评标的权利，除非出现了法定的情形，行政监督部门在作出处理决定时一般不能否定评标委员会的评标结果，或者代替评标委员会对某个投标人的投标直接进行判定等。但这并不意味着行政监督部门不能对评标委员会的评标行为进行监督。行政监督机关一旦发现评标委员会在评标过程中出现了违反招标文件或者法律规定的情况，可依法行使监督权，甚至否定评标委员会的评标结果。
笔者曾接触到一起招投标纠纷案件，投诉人的投标文件不符合招标文件规定的装订要求，但评标委员会未根据招标文件规定的要求对该投标文件进行形式审查，而直接进行评标。行政监督机关经调查认定投标文件不符合招标文件规定的装订条件，属于违反招标文件规定的实质性条件，而评标委员会未使用招标文件规定的条件进行形式审查，因此，认定评标委员会使用了招标文件没有规定的评标标准进行评标，根据《工程建设项目货物招标投标办法》第五十七条的规定，做出了重新评标的处理决定。而投诉人认为，该项目应当重新招标而非重新评标，并以此为由提起了行政复议。该案实际上有两个争议焦点，第一，行政监督机关能否否定评标委员会的评标结果；第二，若否定了评标委员会部分结果，应当重新招标还是重新评标。