这句话，出自明末清初的《毗尼日用录》中一句饮水偈咒，原话是：佛观一钵水，八万四千虫，若不诵此咒，如食众生肉。佛门把这句话作为净水咒，在喝水时要念三遍，才能够超度喝下去的生灵，这就是菩萨心肠。
钵和碗差不多，是和尚们常用的化缘盛饭的容器，只是制作材料有些区别，一般是钵为陶碗为瓷。“毗尼日用”的意思就是日常应该遵守的戒律，这个《毗尼日用录》就是把平常寺庙信徒们所要遵守的一些偈、咒编撰在一起。
净水咒解读出来，就是喝的水里也有许多生灵，如果不念咒语超度它们，就是杀生，就是吃众生的肉。因此，一些寺庙把喝水念咒当成重要戒律，甚至有的寺庙规定喝一杯水，须先用一块布过滤后才能喝。
这句话与科学有多大关联？
佛教信徒们一直相信，佛法无边，佛能够看到一切。因为佛有五眼，即肉眼、天眼、慧眼、法眼、佛眼。因此，佛既能够看到普通人肉眼看到的一切，也能看到普通人肉眼看不到的一切，所谓八万四千虫就是通过天眼或法眼看到的。
这是一种文化和信仰，就像易经和阴阳五行等古文化一样，是站在不同角度，对世界的一种看法，这些看法里面不乏有辩证法在里面，充其量有一定的哲学意义。但如果一定要把这些文化现象与自然科学来PK，就脱离了宗教信仰和文化的范畴了。
在对待“佛观一碗水，八万四千虫”的偈咒时，就有不少人鱼目混珠，宣称佛早就知道水里面有微生物，科学是后来才发现的，因此正应验了“当科学爬到山顶时，发现佛早就等候在那里了”这句话，从而“科学的尽头是神学”才是一个真理。
佛教本来只是一种信仰，并向民众传达出某种理念，但有些人硬是要拿诸如此类不荤不素牵强附会的一些东西，企图达到反智反科学的目的，就有些令人悲哀和不齿了。
那么，佛真的早就发现了水中的微生物了吗？
佛教的老祖宗是释迦牟尼，他存在于公元前6世纪，迄今没有哪部经书里说他说过一钵水中有八万四千虫的话。《毗尼日用录》是明末清初一位叫“性只”的编撰而成，这个“性只”是什么人，很难找到资料，甚至作者也各有说法，有的版本又说是明星祇著，我们就补考证了。
一些资料介绍，早在中国古代，就有用透镜观察星星的记载，那时的透镜是用水晶或宝石磨制而成。确凿的证据是，江苏江阴扬州憎泉山的刘荆墓葬中，出土了一枚小巧玲珑的水晶凸面镜，呈圆形镶嵌在一个环形金圈里，能够让物体放大五倍。
刘荆为东汉山阳王，生存于公元前。因此，可以断定，在2000多年前，中国就有放大镜了。到了元代，眼镜就已经开始广泛应用了，不过只限于宫廷和富贵人家。这一点在《马可·波罗游记》中有确切的记载。
马可波罗是意大利人，1271年随父亲和叔叔来到中国，1295年回到意大利，在中国二十多年，将自己的见闻写在了《马可·波罗游记》里，让世界了解了东方的富庶，在世界激起了巨大反响，据说哥伦布也是受这本书激发才游历世界的。
从这一点说，即便是古代，要看到碗里有些虫子或微生物，也并非什么难事。但具体到八万四千虫，就完全是凭想象了。其实不管是佛祖，还是儒教、道教、墨子等先贤，都是很聪明的人，他们都能够通过对世界的观察和理解，得到自己的领悟，才创造出各自的学说。
这些学说本身就是一种文化，或者说里面包含有辩证法和哲学的因素。但他们得到的一些大道理，主要是通过冥思苦想（所谓参禅、修炼、打坐、闭关），而将这些现象融会贯通，达到“领悟”的境界，这种得来的知识，并没有严谨的数据支撑，因此只能归咎于文化范畴，而不是自然科学。
真正的科学是什么呢？
真正的自然科学是小道理，是自然界各种现象的本质和具体的道理。比如哲学或者做古文化认为，事物都有阴阳和矛盾的一面，物极必反都有相互转化的一面。但具体到生物或人，具体到太阳和月亮，具体到病毒和细菌，这些事物的阴阳和矛盾是什么呢？怎么相互转化呢？这才是科学。
这就要求，自然科学对事物的研究，不但要定性，还要定量。观测、实验、试验不但要看表象，还要仔细分析内部普遍联系，对一件事不但要定性，还要定量分析。这些才是科学的方法。科学方法得到的结果，经得起任何人用同样的方法检验，并能得到同样结果。
这样得到的结果，才是科学事物或科学的成果。
而所谓“八万四千虫”这类说法，只不过是说水里的小虫子（或微生物）很多而已，是一个定性词，而非定量词。因为凭着佛家有限的条件和禁锢的思维模式，只能得到一个大致的定性结果，就是水里有“虫子”。但这些“虫子”到底有多少种类，有多少个，就没办法知道了。
但实际上，他们的“八万四千虫”与真实世界差远了。在真正的科学研究中，一滴水里都有亿万个微生物。一滴水只是1/25毫升，一碗水或一钵水至少有几百毫升，里面有多少虫子？
显微镜的出现，人们才开始看到微观世界
他一生磨制了很多透镜，他把一些透镜组合起来，这就是最初的显微镜。他用这个显微镜观察雨水、井水、河水等，发现其中有许多微小生物在活动，看见了人们过去从没有看到的微观世界。
列文虎克的发现惊动了世人，传到了欧洲最负盛名的科学机构~英国皇家学会，于是他被邀请成为了英国皇家学会的会员，也就是相当于现代的院士。在以后几十年，他不断将自己的发现报告给学会。
他制作的显微镜，最高倍数达到了270倍。
有一次，他异想天开地从牙缝中挑出一点牙垢，混入一滴雨水，在自制的显微镜下，他看到了一个眼花缭乱的微生物世界。他在给英国皇家学会的信中写道：
“……我非常惊奇地看到了在水中有许多极小的活的微生物，十分漂亮而又会动，有的如矛枪穿水直射，有的像陀螺团团打转，还有的灵巧地徘徊前进，成群结队，你简直可以把它们想象成一大群蚊纳或苍蝇。”又有一次，他在刚刚大口大口喝过热烫的咖啡以后，又挑出牙垢来观察时，却发现在显微镜下看到的只是一片一动不动的微生物的尸体，于是他机敏地作出了判断：热烫的咖啡把那些小生物杀死了。还有一次，他诙谐地报告说：“我家里的几位女眷想要看醋里的线虫，可是看了以后，发誓说再也不用醋了。要是有人告诉她们在口腔里、牙垢里生活着的动物比全国人口都多，她们将会怎样反应呢？”1695年，他将自己20年来辛勤观察的结果写成一本书出版，书名是《列文虎克发现的自然界的秘密》。这是人类关于微生物的最早的专门著作。
其实，在列文虎克之前，荷兰眼镜商人亚斯·詹森于1590年左右就做出了第一台显微镜，只是比较简单，也没有用于实用和推广开来。而实验科学的开创人伽利略，则在1610年前后,用自制复式显微镜研究昆虫，观察到了昆虫的复眼，被认为是将显微镜最早用于观察微观世界的人。
这才是科学。科学是建立在观测发现和定性定量分析基础上，得到的严谨结论，不是凭想象牵强附会的臆测。
水中的微生物到底有多少？
显微镜的发明，让人类对世界的认识大大前进了一步，人们用显微镜发现了平时看不见的微生物，了解了人类自身的肌肉构造和血管血流等等。随着显微镜倍数的提升，人们发现的细微结构越来越多，细胞、细菌乃至病毒都被发现，现代的电子显微镜和扫描隧道显微镜还能够看到原子构造。
虽然如此，人们完全无法确定水中到底有多少微生物。因为各种水体不同，微生物种类和数量就不一样。比如有井水、河水、海水、泉水、清洁水、污染水等等，即便同样的某种水，在不同地域环境，里面的微生物种类和含量也是不一样的。
一般来说，水中的微生物种类涵盖细菌、真菌、噬菌体、病毒、原生动物、藻类等。如草履虫就是一种原生单细胞动物，约有300微米长，也就是0.3毫米，这在水中算很大的微生物了，肉眼好的也能够看见。
这种虫子有多少呢？在一滴池塘水中，就可以生存30只，如果按15只计算，1毫升就是375只，一碗水按300毫升计算，就有112500只了。难怪佛观一钵水，八万四千虫呢，原来肉眼都能够看到十几万只虫子。当然，一般水中没有这么多草履虫，这里只是打个比方。
细菌、病毒就比草履虫小多了，一般细菌在1~2个微米大小，而病毒则只有0.03~0.3微米大小。这样，一滴水中细菌、病毒数量就很多了，少则上百个，多则上亿个。2012年，美国加州大学圣芭芭拉分校的海洋微生物学家考察发现，在百慕大海域，光是海洋表面的“噬菌体”每滴水中就有100万。“噬菌体”是一种依靠“吃食”细菌为生的病毒，这种数量庞大的“噬菌体”，又要多少细菌才能养着它们呢？
而在墨西哥奈卡山脉的一个水晶洞穴中，加拿大科学家柯蒂斯·萨特尔发现了数量更惊人的病毒，那里的每滴水里竟有2亿个病毒！这个山洞是2600万年前形成的，与世隔绝，在人类发现之前没有任何生物存在。这说明病毒的古老，它一直伴随在人类身边。
人体本身满身是“虫”
因此，在大自然中，最清洁的水里也不止“八万四千虫”，当然这个“虫”不是指虫子，而是微生物。有些寺庙想把如此“众生”用布过滤掉，但这些微生物是不可能通过一层或几层布就能过滤掉的，而且在过滤的过程中，还会把布上污染的更多微生物冲了下来，实在有些多此一举。
美国政府曾经做过一个叫“人类微生物群系研究”的项目，历时5年耗资1.72亿美元，动用了80多所院校和研究机构的200多位科学家。通过对242位志愿者的观察研究，得到了健康人体各种细菌和分布位置和数量：人的身体内外带有的细菌种类有1万多种，总数达到数百万亿个之多，是人体细胞的9~10倍。并不是所有细菌病毒都是坏的，也有一些对人体有益的微生物。
其中有一个小组对51个志愿者的102只手掌检查发现，这些手掌上就有细菌4200多种，每只手掌的细菌都有万亿之多。
也就是说，人们随便抠一下鼻孔吮一下手指，或者握握手，都有数亿细菌在交流；刺刺牙缝就更是无数细菌横飞；洗洗手也有千百亿细菌在流动；每天吃喝拉撒，不管是荤是素，都有无数细菌病毒进进出出。
因此，如果和尚们一定要把这些作为“众生肉”，想不食“众生肉”是不可能做到的，而且他们养着或者杀死的“众生”远远不止“八万四千虫”。他们念念偈咒，名曰超度，在我看来，只不过是自欺欺人，求个心安而已，实在有些滑稽。
结论：佛学偈语与科学风马牛不相及，科学必须是用科学方法得到的发现和研究成果，是经过严谨的定性定量分析得到的，不是拍脑袋冥想打坐参禅闭关就能想出来的。