化肥对促进农业增产的作用是不争的事实。据FAO估计，发展中国家化肥对粮食增产的贡献率约达55%，我国化肥对粮食增产的贡献率也在50%以上。然而，上世纪80年代后期至90年代末，农业生产中由于片面追求高投入，高产出，大规模的滥施化肥而出现的社会、环境生态问题日益严重，使人们对化肥的应用产生一些不正确的认识。其实，这些问题的出现并不是化肥本身的原因，而是人为不合理使用化肥或农田养分管理不当造成的。
1、认为化肥是人造化工产品，施用化肥会造成环境污染和降低农产品品质。
其实，这些问题的产生不在于化肥本身，而在于施用不合理。
化肥中的矿质营养都是自然界中存在的天然物质，大量的科学试验和生产实践证明，只要合理施用化肥不但能促进作物增产，而且也能提高农产品品质。
2、认为既然土壤中存在植物生长所需的矿质营养，就不必再施用化肥。
农业生产的目标输出(农产品和其它收获物)，必然要带走土壤中的部分养分，自然界存在的土壤所具有的肥力往往不能满足连续种植作物对养分的需求，施肥是对自然肥力不足的补充，也是保持和提高地力的需要。
3、认为农业生产只有使用有机肥，生产的食品才安全，才是洁净生产。
其实，并非所有的有机肥都是洁净的，如果施用未经无害化处理的有机肥，同样会造成污染。
况且，有机氮的矿化积累也会使土壤或地下水的硝态氮含量提高，引起污染。
4、认为有机肥可以代替化肥的作用。
有机肥与化肥各具优缺点，有机肥含有丰富的腐殖质和多种作物需要的营养元素，对改善土壤结构有特殊作用，但养分含量低，肥效迟，养分释放难以控制，投入量不易准确计算，难以满足作物全面、充分的养分需求，也就难以实现作物的高产、优质;化肥往往可以按照作物的需要，较准确计算养分配比和投入量，肥效快，但养分容易流失，利用率低。
只有两者合理配合使用，才能获得最佳效果。
5、认为化肥要速溶、速散效果才好。
农民普遍认为，化学肥料应该是全溶、速溶，至少是速散的，否则就是劣质产品。
有研究表明，相同组分的肥料，颗粒越小，越速效，而大粒肥料则具有缓效性。
据估算，紧密的、缓散的复合肥，比速散复合肥氮素利用率可提高3%左右。
扭转速溶、速散的观念，根据作物需肥特性和土壤肥力状况，研制缓/控释肥料是新型肥料研究的一个重要方向。
6、过分强调氮、磷、钾，特别是氮肥的施用，对中微量元素的作用没有引起足够的重视。
氮、磷、钾虽是作物必需的大量营养元素，不能缺乏。
但片面强调大量元素的作用，偏施氮肥，容易引起作物徒长，诱发病虫害，降低农产品品质。
况且目前不少地区土壤中部分中、微量元素亏缺，如果得不到及时供给，必定会影响作物的正常生长，引发一些生理性病害，限制作物产量和农产品品质的提高。
因此，施肥必须倡导科学的方法，通过测土配方施肥，实现营养元素的平衡供给，即大量营养元素之间的平衡和大量营养元素与中微元素之间的平衡。