关于植物新品种侵权案件中的销毁侵权物问题，植物新品种保护条例没有规定，只是在2007年植物新品种司法解释第七条中有所涉及。该条解释源自《民法通则》第134条第3款的规定。著作权法第47条和商标法第53条也有关于收缴侵权工具、销毁侵权产品的规定。但是，销毁侵权物是否属于民事责任方式，颇有争议[11]。关于民事侵权案件中销毁侵权物的性质，目前有三种观点：第一种观点认为，销毁侵权物实际上不是民事责任，而是行政责任；第二种观点认为，销毁侵权物是一种民事制裁措施；[12]第三种观点认为，销毁侵权物是民事责任。[13]本文认为，民事侵权案件中的销毁侵权物具有民事责任的性质，但不是独立的责任承担方式，而是属于排除妨碍的一种具体实现手段。[page]
首先，侵权物本身是侵权行为的结果，侵权物的存在是侵权行为所造成损害的一个组成部分，如果不销毁或者控制侵权物，知识产权的独占性就无从体现和保证。狭义的停止侵权，针对侵权行为（生产、销售等）本身。广义的停止侵权，不仅仅表现为对生产、销售行为的禁止，还包括侵权产生后果的清除。即使侵权行为停止了，但库存的或者已售出的侵权物有可能流入市场，对知识产权独占性造成妨碍。所以，侵权物的存在就是对独占权的妨碍，从这个意义上讲，销毁侵权物是排除妨碍的应有之义，是恢复权利圆满状态的一种手段，是有效、彻底制止侵权的内在要求，因此也可以认为属于广义的停止侵权的范畴。
再次，Trips协议第46条规定，为有效制止侵权，司法机关有权在不给予任何补偿的情况下，责令将已发现侵权的货物清除出商业渠道，比避免对权利持有人造成任何损害，或下令将其销毁，除非此点会违反现行的宪法规定的必要条件。可见，国际条约也是将销毁侵权物作为民事责任来规定的。
（二）销毁侵权物的适用限制
1、义务主体范围的限缩
2、销毁方式的变通
销毁侵权品种的目的，无非是不能将种苗再作为繁殖材料使用。但是有些繁殖材料本身即可作为粮食，所以，不能简单地套用销毁侵权物的一般处理方法。只能本着既避免资源浪费、维护农村稳定，又防止侵权物再扩散的处理原则，当事人可以合意将侵权物折抵品种权人的受损，这是2007年植物新品种司法解释（第七条第一款）针对品种特点确立的一种变通方式。如果侵权物尚处于生长期，是否只要侵权物持有人同意折抵，法院就可以准许？本文认为，这种情况下，应受到第七条第二款的限制，即“侵权物正处于生长期或者销毁侵权物将导致重大不利后果的，人民法院一般不责令销毁侵权物。”旨在避免铲除青苗等销毁侵权物的做法可能产生伤害农民感情、影响农村稳定等负面影响。此处的“重大不利后果”，应认为包括因已过播种期仍销毁侵权物导致的撂荒、销毁侵权物可能引起农村不稳定等情形。但是，如果侵权物的存在可能危及生态安全，则仍然可以销毁侵权物。如果当事人对于侵权物折抵损失不能形成合意，为防止侵权物的再扩散，人民法院应责令侵权人将侵权物作适当处理，比如，消灭活性、混入粮食等。