解剖业务模式后，我们发现在“分房”环节，隐藏的业务流程是，甲公司以自己的土地作价换取了乙公司建造的部分房产，乙公司以自己建造的部分房产作价换取了甲公司的部分土地，使得甲、乙公司各自都有房有地。
在分房环节甲公司将土地作价交换的过程需要给乙公司开具销售土地使用权的增值税发票，乙公司将房产作价交换的过程需要给甲公司开具销售不动产的增值税发票。目前的争议问题是，甲、乙双方在开具增值税发票时，是以土地历史成本还是以房产的公允价值作为开票金额小编认为甲、乙双方合作意向的确立是在对土地价值评估的基础上，因而以土地的历史成本作为开票金额更合适。但在实务中各地的执行政策有所不同，还需与主管税务进行沟通确认。
综上，在分房环节，甲公司以土地历史成本为开票金额开具增值税发票，计入应交税费-应交增值税(销项税额)，同时收取乙公司以土地历史成本为开票金额的销售房产专票，计入应交税费-应交增值税(进项税额)，进销相抵，实际不缴纳增值税。乙公司同上。
(2)土地增值税
根据上述文件可知，在分房环节，甲乙双方如将相应房产留作自用，不涉及土地增值税的缴纳。但需要注意，实务中合作开发操作不当或者包装为合作开发但获取土地固定收益的，有被税务机关认定为卖地的风险。
二、分房后再对外销售
甲乙公司双方对分得房产再出售时，属于正常销售，需要按照房地产企业销售存货的正常流程计算缴纳增值税，这一步基本上没有争议。
2017年10月的解析——
所谓的计税依据受市场价值影响以地换房究竟该如何进行计税
关于以房换地、以地换房，在实际业务中比较常见，但是往往在确定计税依据的时候受到“市场价值”的影响，产生诸多争议，我们今天就聊聊以地换房计税依据的问题。
案例：
甲公司拥有一片土地，历史成本1000万元，市场估价5000万元。甲公司与乙公司(房地产企业)在2015年1月1日达成如下协议：
甲公司以该土地置换乙公司10000平方米的商品房，乙公司在该土地建设开发，在2017年1月1日竣工验收，将10000平方米的商品房移交甲公司。
乙企业如期竣工验收并交房，但是交房当期该10000平方米的商品房市场售价1个亿。
请问：乙公司土地成本金额是多少乙公司销售不动产缴纳增值税还是营业税计税依据是多少甲公司转让给土地使用权营业税计税依据是多少
我们可以做以下理解：
该经济业务属于非货币资产交换行为，我们分解为两步走：
第一：甲公司在2015年1月1日将土地转让给乙公司，收取价款5000万元现金。甲公司按照转让土地使用权缴纳营业税、土地增值税等税费。
第二：甲公司将收到的土地转让款5000万元交给乙公司，购买乙公司10000平方米的商品房，乙公司在在2017年1月1日交付。
答案已经水落石出：
乙公司土地成本金额是5000万元;乙公司销售不动产计征增值税，按照5000万元(换算为不含税收入)计征增值税销项(新项目)或者应纳增值税税款(老项目);
甲公司转让给土地使用权营业税计税依据是(5000-1000)万元。
为什么不是1个亿呢如果是1个亿，弱弱试问：
如果在交房的当日，商品房的公允价值是500万元，乙公司销售不动产的计税依据是500万吗那如果是白菜价“1毛钱”，乙公司计征营业税的计税依据就是“1毛钱”