为什么会出现这种情况呢，因为出现了定性错误的问题，这里的协议毫无疑问属于行政协议，应当提起行政协议。行政诉讼和民事诉讼在原被告的确认，原被告的权利，原被告的职责程序的要求等等，以及法律的适用、证据规则和举证责任的确定等等方面是不一样的。这些都是影响企业主胜案的关键因素，定性错了。
特许经营协议是在有限自然资源开发、公共基础设施、建设公共服务等领域通过招标的方式和个人协商一致受益其经营特定项目公共产品，提供公共服务的特许权而达成的一种典型的行政协议。一般是基础设施、公共设施的经营，采用招投标的方式来进行。
1、特许经营协议常见类型
类型还有哪些呢？有污水排水特许经营协议，供水设施和运营的特许经营协议，供气设施运营的特许经营协议和供暖特许经营协议，污水的处理和污染物垃圾处理的建建设和经营协议，以及城市道路，运营建设和运营协议，城市轨道交通运营协议和出租车的协议和其他公共设施建设项目的建设和运营协议，进行建设和运营协议。
当然类型不是特别全面，还有很多很多这种类型，只是把常见的一些类型拿出来分析。企业主可以看看签订的特许经营协议是否属于以上所说的类型。
但是，政策方面的规定还是比较全面的，特别是行政协议，有一个特点，不是由一个系统性的法律来规定，在不同的规范性文件中，比如部门规章、部门规范性文件，甚至有一些地方法规和地方规章所规定。
2014年10月，有关部门作出的关于加强地方债务管理意见。2014年9月份关于推广运用和资本合作模式有关问题的通知等等。以及《预算法》，投融资指导意见等等这方面规定比较多。
三是因招投标以及返还保证金引发的一系列的纠纷，这种也是常见的。在招投标过程中存在一些不规范的问题，比如说招投标中包括额外的设置一些条件，不合理的排除其他潜在的竞争者等等这样的情况，这种显然很多都是违法的。由此引发了一系列的纠纷，还有的在退还保证金的时候发生了一些纠纷，以及退还保证金，利息是不是要退还等等也会发生一系列的纠纷，也有这样的情况。
第六种纠纷是项目承包人对签订材料买卖合同和项目转让引起的纠纷，项目公司股权引起的纠纷以及贷款纠纷、应收账款纠纷等等这些纠纷。
3、特许经营协议在执行过程中的问题
以前，纠纷解决的过程当中遇到了一些问题，在1995年到2015年新的《行政诉讼法》实施之前，关于特许经营大多是按民事案件来对待，然后争议解决也多是选择了仲裁或者民事诉讼。民事诉讼，特许经营协议纠纷的解决在诉讼上，行政诉讼与民事诉讼中有分歧，有分歧包括到现在还有很多法官及地方的法律工作者对这个有分歧，说应该按民事诉讼。
民事诉讼不仅有历史的延续的利益调整问题，而且还涉及到广泛复杂的法律问题，如将特许经营协议纠纷按民事诉讼来解决的话，会使得纠纷法律遁入私法，按照私法程序来解决，这个势必会对投资人的合法权益造成损害。
从理论层面上来讲，特许经营协议是市场条件下行政职能转化的一个必然产物，其存在的发展不是偶然的，虽然特许经营协议涉及的法律领域具有综合性，公私法交融之状，但其公法属性和行政法的特征，特许经营的前提是行政特许。行政特许是主体要素，如果换成民事的主体的话，那就毫无疑问没有什么争议了。
民事是这样吗？当然不是的。所以它是公法毫无疑问，这类的特许经营协议属于行政法，行政诉讼调整的对象，这个是毫无疑问的。另外从法律上来讲，从2015年5月1日就已经明确，这部分属于行政协议。特许经营协议属于行政协议，可以看下最高院作出的《关于审理行政协议案件若干问题的规定》，其中规定得很详细。
早在2014年，最高院就将特许经营协议定性为行政行政，所涉及的合同以及当事人之间的讼争法律关系虽然存在一定的民事因素，但双方并非平等的主体这是关键。
4、重点法律条文解读
解决特许经营协议的重点条文主要有以下这些：我们可以看一下《行政诉讼法》第十二条已经明确规定了这类特许经营协议纠纷属于行政诉讼法的法律范围。
第十二条人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：……（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；
2015年6月1日实施的《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第49条等等都进行了非常明确的规定：
第四十九条实施机构和特许经营者就特许经营协议履行发生争议的，应当协商解决。协商达成一致的，应当签订补充协议并遵照执行。
其次，如果说行政协议非要按照民事协议在民事诉讼里来处理，对行政相对人也就是对企业相对人等是不公平的，为什么？因为民事诉讼法处理的是平等主体之间的纠纷，给予双方的权利是相等的，那么企业和行政部门基于相同的权利，地位是平等的吗？一个是管理者，一个是被管理者，其实是不平等的，所以，放在行政诉讼可以完全解决这个问题。
那么，最高院的司法解释怎么规定的呢？在法院审理这类的行政协议案件当中，应当对被告订立、履行、变更、解除行政协议是否有法定职权，是否滥用职权，法律是否正确，是否遵循法律程序，是否明显不当，是否履行相应相对法定职责进行合法性审查？
但是，在民事诉讼案件审理中考虑这些问题吗？不考虑。有没有解除的法律职责，适用法律是否证据，是否明显不当，要进行一个全面的合法审查，要把它定性准确，然后放在行政诉讼当中解决。
5、那么特许经营协议，在行政诉讼和民事诉讼上还有什么不同？
一是成本方面，如果是按民事诉讼的，诉讼费也是很多老板被挡在诉讼大门之外的一个主要的一因素。很多企业因为特许经营协议没有履行，有的三年，五年，甚至有的十年，十几年，那这种如果不履行的，会导致企业受到很大的损失。一般特许经营的标的是比较大的，如果交诉讼费动则几十万，上百万的诉讼费，对于企业来说无疑是一个很大的问题，所以选择行政诉讼是有优势的。一般行政诉讼费用是50块，但是还要看具体的案件。
第三，特许经营协议纳入行政协议，使得法院对于行政的合法性进行全面审查，不受当事人诉请范围的限制。在民事诉讼当中，法院审理的范围仅限于原被告提出的，原告提出的诉求或者反诉。然后围绕着这个请求来展开审查和调查，举证都是围绕这个来展开，那行政诉讼是吗？不是，行政诉讼是全面审查，更有利于当事人权益和公共利益的保护。
在各地都有一些特许经营协议，但是也有存在纠纷的情况，我们在办理这些案件的过程当中发现有很多是案子做错了，原本是简单的案情，权利也很清楚，法律关系也很明确，结果案子做错了。建议各位企业主如果有特许经营协议纠纷的，还是向专业的团队进行了解。
本文法律知识并不代表其法律建议，如遇同类问题应当具体分析。