根据特别法优先于一般法适用的法律适用规则，商法是民法的特别法，对于商事行为，商法有特别规定的，优先适用商法，包括商事习惯，然后才适用民法。这是商事行为和民事法律行为在法律适用上的原则区别。商事交易具有营利性、连续性、快捷性的特点，商事主体因为从事商事营业经营的职业性，具有注意程度要求高而保护程度低的特点。为使商事行为法律制度适应商事交易和商事主体的这些特点和需求，在具体法律制度层面上，各国商法一般都针对民法中的一般民事法律行为规则作出某些针对商事行为的特别规定。
我国《民法总则》第11条规定：其他法律对民事关系有特别规定的，依照其规定。对于该条规定的理解，特别是其中所表述的“其他法律”到底所指为何，学者之间的见解有所不同，但大部分学者认为此处所称“其他法律”最主要的是指商事法律，以商法的地位最为显著。
各国商法中为商事行为对一般民事法律行为制度作出的特别规定涉及法律行为制度的各个方面和不同的具体法律行为，并形成普遍认可的常见的若干类型商事特别规则。后文将予详述。
2.行为动机与目的的区别
行为是指人有意识的活动。动机和目的是人做出任何行为时不可避免的心理活动的产物。一方面动机和目的具有很强的主观性，另一方面，动机和目的也具有一定的客观性，特定类型、特定性质的行为往往具有同样的动机和目的。无论商事行为，还是民事法律行为，都是抽象程度很高的一般概念。虽然商事行为多种多样，各种具体商事行为千差万别，行为人的动机和目的难免具有多样性，但是所有商事行为的行为人却有一个一致的动机和目的，即营利。“在传统商法之立法与理论上，大多将这种营利目的理解为行为实施主体的终极目的。”
一方面，民事法律行为的多样性比起商事行为有过之而无不及；另一方面，从财产行为到身份行为，从有偿行为到无偿行为，各种民事法律行为之间的差异性比各种商事行为之间的差异性更大。所有民事法律行为唯一的共性是意思表示的存在，如果说所有的民事法律行为的行为人具有共同的动机和目的，它只能是抽象意义上的追求私法上一定法律效果的发生。显然，某些民事法律行为的行为可能具有营利目的，但是营利不是所有民事法律行为的行为人共同的动机和目的，例如行为人结婚的行为或者赠与行为都不是为了营利。如前文所述，营利目的是商事行为的核心构成要件，可以作为区分商事行为和一般民事法律行为的最重要参考标准。
3.行为方式的区别
商事行为以营业行为为主，表现为在管理者的管理下，有计划地、不间断地投入人力、物力和财力进行某种经营活动的行为。对于一个商主体，在判断什么是“属于经营商事营业”的行为时，就必须注意到属于经营商事营业的不仅有典型和通常的行为，如证券买卖行为、不动产担保交易行为、票据签发行为、公司重组行为等，还包括所有与商事营业有间接关系的行为，诸如附属行为、辅助行为、准备行为和清算行为等，都属于经营商事营业。
一般民事法律行为不需要具有营利目的，更不会以营业行为的方式进行。同样性质的行为，比如房屋租赁，如果是商人在经营商事营业过程中的准备行为，则属于商事行为，如果是一般民事主体的非营业行为，则属于民事法律行为。而且以营业方式进行的行为，即使不具有明显的营利性，也属于商事行为，例如商场为客户提供免费的物品保管服务的行为。因此，行为方式的不同可以作为区分商事行为和一般民事法律行为的另一重要参考。此外，除了行为的连续性、反复性、不间断性特征，行为方式的不同也体现在商事行为通常具有计划性，这也是一般的民事行为所不具有的。计划性强调的是行为人“不仅有经营的目标，还要对实现经营目标的措施和所采取的手段作出具体安排。”
4.行为主体的区别
私法中的主体可以分为自然人和组织体两大类。我国《民法总则》将民事主体分为自然人、法人和非法人组织三类，后两类属于组织体；法人又分为营利法人、非营利法人和特别法人，其中非营利法人包括事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等，特别法人包括机关法人、农村集体经济组织法人、城镇农村的合作经济组织法人、基层群众性自治组织法人；非法人组织包括个人独资企业、合伙企业、不具有法人资格的专业服务机构（例如律师事务所、会计师事务所等）。上述各种类型的民事主体都可以从事民事法律行为。
商事行为的行为人主要是商事主体，即商人，也可以是一般民事主体。商事主体分为商自然人、商合伙和商法人，基于商事行为的营利性，商事主体主要包括自然人、营利法人和个人独资企业、合伙企业、不具有法人资格的专业服务机构等非法人组织。除行为主体的形态和类型外，根据商法中的主体法定原则，商事主体资格的取得通常都需要通过国家商事登记机关的登记，取得特定的营业许可证明文件，故商事登记制度也可以作为判断商事主体身份的依据。各国商法大都规定了商事行为的推定制度，即商事主体从事的一切行为推定为商事行为。因此，行为人的商人身份可以作为区分商事行为和一般民事法法律行为的重要参考。
5.行为形式的区别
行为，作为一种客观存在，无论是商事行为还是一般民事法律行为，都必然以一定的形式存在。虽然现代私法原则上采取形式自由原则，法律仍然可能基于某些原因对一些特定的行为规定形式上的要求。法律对行为的形式的要求，既可能影响行为的成立或者也可能影响行为的效力。一方面，商法对某些商事行为的形式要求比民法对相同性质的民事法律行为的形式要求更加自由和宽松；另一方面，商法对某些商事行为的形式要求比民法对相同性质的民事法律行为的形式要求更加严格。这两种倾向都是存在的，更进一步说明了商法和商事行为的复杂性及其相较于民事法律行为的不同之处。
商法之所以对某些商行为的形式要求更自由和宽松，首先是为了满足商事交易对于灵活性、便捷性和形式多样性的更强烈需要；其次是因为考虑到商人的交易和法律经验，他们的自身保护能力更强，对他们给予特别保护的必要性也因此降低。例如《德国民法典》第766条、第780条和第781条规定，民事主体所作的债务担保行为或债务承认行为必须以书面方式为之，否则即为无效。而《德国商法典》第350条规定，即使债务担保行为或债务承认行为以口头方式为之，该担保行为或债务承认行为亦对商人有效。
商法之所以对某些商事行为的形式要求更严格，首先是为了交易相对人的合理信赖，维护商事交易赖于存在的信用基础；其次是为了应对商事行为的整体性和投机性对社会产生的负外部性，维护整体的交易安全和交易秩序。例如立法对票据行为规定了严格的形式要件，使票据行为具有要式性和文义性特征。又如前文中分析的关于公司对外担保的规则，公司法采取了较之于民事担保更为严格的合同有效条件，在民事担保中有效的合同很可能在公司担保（商事担保）中是无效的。
6.意思表示的不同地位
意思表示是指行为人把产生一定的私法上效果的内心效果意思，以一定的方式表达于外部的行为。恰如德国民法学者指出的，“法律行为要求意思的表达，这一意思的表达使所制定的规则产生效力，它就是意思表示。”意思表示不仅是民事法律行为的构成要件，而且是民事法律行为的核心要素，这一点是毫无疑问的，但意思表示是否同样也是商事行为的构成要件则取决于对商事行为性质的理解。如前所述，对于商事行为的性质，如果采取“法律行为说”，则意思表示也是商事行为的构成要件；如果采取“独立行为说”，则意思表示不是商事行为的构成要件，只是商事行为中的商事法律行为的构成要件。