特别行政区是指在我国版图内，根据我国宪法和基本法的规定而设立的，具有特殊的法律地位，实行特别的政治、经济制度的行政区域。尽管特别行政区与一般行政区一样，都是中华人民共和国不可分离的一部分，都是中华人民共和国的地方行政区域单位，但特别行政区的特别之处在以下几个方面：
（1）行政管理权。除国防、外交以及其他根据基本法应当由中央人民政府处理的行政事务外，特别行政区有权依照基本法的规定，自行处理有关经济、财政、金融、贸易、工商业、土地、教育、文化等方面的行政事务。
（2）立法权。特别行政区享有立法权，虽然立法机关制定的法律须报全国人大常委会备案，但并不影响该法律的生效。
（3）独立的司法权和终审权。特别行政区法院独立进行审判，不受任何干涉；终审权属于特别行政区的终审法院，该终审法院的判决为最终判决。
根据基本法的规定，特别行政区是中华人民共和国享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府。因此，中央与特别行政区的关系，是一个主权国家内中央与地方的关系，或者说是中央对特别行政区进行管辖和特别行政区在中央监督下实行高度自治而产生的相互关系。这种关系的核心在于中央与特别行政区的权力划分和行使。
中央对特别行政区行使的权力主要有：中央人民政府负责管理与特别行政区有关的外交事务；中央人民政府负责管理特别行政区的防务；中央人民政府任命特别行政区行政长官和行政机关的主要官员；全国人大常委会有权决定特别行政区进入紧急状态；全国人大常委会享有对特别行政区基本法的解释权；全国人大对特别行政区基本法享有修改权；等等。
特别行政区的国家机关是我国国家机构的组成部分，性质上属于地方国家机关。根据香港基本法和澳门基本法的规定，特别行政区的国家机关包括行政长官、行政机关、立法会和司法机关。
特别行政区行政长官是特别行政区的首长，代表特别行政区，根据基本法的规定，对中央人民政府和特别行政区负责。特别行政区行政长官由年满40周岁，在香港通常居住连续满20年并在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民，或在澳门通常居住连续满20年的澳门特别行政区永久性居民中的中国公民担任。行政长官在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。
特别行政区行政长官的产生办法，基本法规定，在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。
根据香港基本法第45条的规定，香港特别行政区行政长官的产生办法，应根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达成由一个有广泛代表性的提名委员会按民主程序提名后普选产生的办法。
澳门特别行政区行政长官的产生办法与香港基本相同，但澳门特别行政区没有关于“根据循序渐进的原则，最终达到由普选产生”的规定。香港特别行政区和澳门特别行政区的行政长官任期为5年，均可连选连任一次。
特别行政区行政机关即特别行政区的政府。特别行政区行政长官为特别行政区政府首长。特别行政区政府下设政务司、财政司、律政司和各局、厅、处、署等。香港和澳门特别行政区政府的主要官员均由行政长官提名并报请中央人民政府任命，其免职也由行政长官向中央人民政府提出建议。
特别行政区立法会是特别行政区的立法机关，行使立法权。
根据香港基本法和澳门基本法的有关规定，特别行政区立法会的职权主要有以下几个方面：1、立法权。根据基本法的规定，特别行政区立法会有权依照基本法的规定和法定的程序制定、修改和废除法律。立法会制定的法律须由行政长官签署、公布方有法律效力，并须报全国人大常委会备案，如果全国人大常委会认为特别行政区制定的法律不符合基本法关于中央管理的事务及中央和特别行政区的关系的条款时，在征询基本法委员会的意见后，可将法律发回，法律一经发回，立即失效。
2、财政权。香港特别行政区立法会有权根据政府的提案，审核、通过财政预算；有权批准税收和公共开支。澳门特别行政区立法会有权审核、通过政府提出的财政预算案；审议政府提出的预算执行情况报告；有权根据政府提案决定税收，批准由政府承担的债务。但立法会通过的财政预算案须由行政长官签署，并由行政长官报送全国人大常委会备案。
3、监督权。立法会有权听取行政长官的施政报告并进行辩论；对政府工作提出质询；就公共利益问题进行辩论。
基本法规定，行政长官如有严重违法或渎职行为而不辞职，可以进行弹劾。香港特别行政区立法会全体议员的1/4以上，澳门特别行政区立法会全体议员的1/3以上可以提出弹劾联合动议。动议经立法会通过以后，立法会应组成调查委员会进行调查，如调查以后认定有足够的证据证明行政长官有严重违法和渎职行为，立法会以全体议员2/3多数通过，可以提出弹劾案，报请中央人民政府决定。
4、其他职权。立法会有权接受当地居民的申诉并进行处理，香港立法会还有权同意终审法院法官和高等法院首席法官的任免。
香港基本法和澳门基本法均设专节规定司法机关。由于香港属普通法系地区，因而香港的司法机关只有法院，检察机关则作为行政机关的一部分。澳门属大陆法系地区，澳门的司法机关除法院外，还包括检察机关。
按照香港基本法的规定，除因设立香港特别行政区终审法院而产生变化外，香港原有的司法体制基本不变，各级法院是香港特别行政区的司法机关，行使香港特别行政区的审判权。但为了行使终审权，必须对原有的法院系统进行适当的调整。根据香港基本法第81条的规定，香港特别行政区设立终审法院作为最高法院；将原香港最高法院更名为高等法院，内仍设上诉法庭和原诉法庭；将原地方法院更名为区域法院；原裁判司署法庭和其他专门法庭仍予以保留。终审法院法官和高等法院首席法官的任免还须行政长官征得立法会的同意，并报全国人大常委会备案。
澳门特别行政区法院的设置，基本保留原有分为普通法院和行政法院两套平行的法院系统的体制。澳门基本法对此进行了保留，在普通法院之外仍设行政法院，管辖行政诉讼和税务诉讼的案件。
香港、澳门特别行政区的法律制度不仅自成体系，而且在总体上不属于社会主义性质。特别行政区法律制度的构成要素主要有：
特别行政区基本法是根据我国宪法，由全国人大制定的一部基本法律，它反映了包括香港同胞和澳门同胞在内的全国人民的意志和利益，体现了国家的方针政策，是社会主义性质的法律。基本法既是我国社会主义法律体系的组成部分，同时又是特别行政区法律体系的组成部分。
在我国社会主义法律体系中，其地位仅次于宪法。但在特别行政区法律体系中，基本法又处于最高的法律地位。正如香港基本法第11条的规定，香港特别行政区立法机关制定的任何法律，均不得同本法相抵触。
香港基本法第8条规定：“香港原有法律，即普通法、衡平法、条例、附属立法和习惯法，除同本法相抵触或经香港特别行政区的立法机关作出修改者外，予以保留。”澳门特别行政区也作了类似的规定。但原有法律予以保留必须具备一定条件，即不与基本法相抵触或者未经特别行政区的立法机关作出修改。
特别行政区享有立法权，除有关国防、外交和其他根据基本法的有关规定不属于特别行政区自治范围的法律之外，立法会可以制定任何它有权制定的法律，包括民法、刑法、诉讼法、商法等法律。只要制定的法律符合基本法，符合法定程序，就可以在特别行政区生效适用。
全国性法律是全国人大及其常委会制定的法律。由于特别行政区将保持其原有的法律制度，因而全国性法律一般不在特别行政区实施。但特别行政区作为中华人民共和国不可分离的一部分，有些体现国家主权和统一的全国性法律又有必要在那里实施。因此，在特别行政区实施的全国性法律也是特别行政区的法律渊源之一。