司法鉴定意见在实践中出现了以下几种争议形式：一是共同鉴定过程中或者一个鉴定小组内不同成员之间就同一鉴定事项存在的意见争议。二是多头鉴定、重复鉴定导致的不同鉴定意见之间的争议。三是审查鉴定意见过程中合议庭成员之间的不同意见。四是当事人对法官关于鉴定意见评价结果的争议。以上四种意见争议存在于不同的主体间和不同的阶段。本文仅探讨多头鉴定、重复鉴定引发的鉴定意见争议。
1.多头鉴定
多头鉴定是指不同的鉴定部门或单位就同一鉴定事项进行鉴定，而后得出相同、相近或相互存在争议的鉴定意见的现象。多头鉴定现象的存在加大了诉讼活动的复杂性，给诉讼的进行和证据的采信带来了更大的难度。多头鉴定现象普遍存在的原因是由我国建国以来实行的多头负责的鉴定架构局面所造成的。长期以来，公检法内部的鉴定机构、经司法行政部门批准成立的社会鉴定机构(包括依托于高校等其他单位设立的鉴定机构)、卫生行政部门设立的中华医学会、各行业鉴定机构等都在各自为政的状态下进行着“独立”的鉴定，这种非制度化的权力之间的博弈造成了局面的混乱和质量的差异。多头鉴定问题的迫切性促成了我国的司法鉴定制度改革，解决这一问题也是遴选国家级鉴定机构的目的之一。司法鉴定统一管理体制的建立和初步完善对这种现象未能有效遏制，多头鉴定问题仍然困扰着诉讼活动的进行，必须继续给予足够的重视和理性的解决。
2.重复鉴定
重复鉴定是指就同一个专门性问题，对第一个鉴定意见有争议而又进行的两次以上的鉴定。由于我国立法上缺乏对重复鉴定次数的限制，因此重复鉴定现象达到了泛滥的程度。重复鉴定的情况下必然出现多个鉴定意见，因此极易发生相互冲突;反过来，相互冲突的鉴定意见又导致了法官采信的困难和当事人的不信任，又会促成又一次鉴定的进行。这种恶性循环造成了久鉴不决的尴尬和负累，成为司法鉴定制度乃至整个诉讼制度的一个令人头疼的难题。
3.重新鉴定
(二)司法鉴定意见争议的危害
司法鉴定的方法是运用科学技术手段、专门知识、执业经验和职业技能对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断。其中，“科学技术”是指人类在利用自然和改造自然过程中形成的反映自然、社会、思维等客观规律的知识体系;“专门知识”是指人们在某一领域的生产劳动及实践中积累起来的专业知识、方法和规律的总结。由以上定义可以看出，司法鉴定活动虽然不是仅凭直观、直觉和逻辑推理来实现鉴别和判断的，但仍然是司法鉴定人主观对客观的认识过程，由于受认识主体自身差异、认识水平和认识方法等差异，出现鉴定意见的争议是必然的结果，只要没有达到影响诉讼正常进行的程度，适度的争议更有利于在定分止争的同时发现事实的真相。
1.司法鉴定意见争议泛滥引发了司法鉴定公信力的下降
2.司法鉴定意见争议泛滥大大增加了诉讼成本
3.司法鉴定意见争议严重影响着诉讼效率
4.司法鉴定意见争议的最直接、最关键的危害是发挥不了鉴定在司法证明中应有的作用
二、司法鉴定意见争议的成因分析
(一)制度上的原因
1.司法鉴定统一管理体制尚不完备
2.认识不一致，立法上没有限制重新鉴定的次数
我国三大诉讼法中关于司法鉴定活动的规定总共不足10条，且绝大部分只是关于基本概念和基本原则的宽泛性规定，我们很难从中获得具有具体操作性的规范指导，这种立法状态给司法鉴定的委托、进行和采信活动留下了太多的自由空间，难免造成多头鉴定、重复鉴定以及分歧鉴定意见难以采信的问题。有鉴于此，当务之急是根据我国的物质条件、鉴定现状和社会需求制定专门的《司法鉴定法》，并在《司法鉴定法》中对重新鉴定的情形、重新鉴定的委托、重新鉴定的次数、重新鉴定的期限等问题进行详尽的规定。
3.法律规定造成了当事人鉴定权利的不齐备或不对等
例如刑事诉讼法并没有规定侦查机关负有告知犯罪嫌疑人、被告人鉴定过程的义务，他们也就理所当然地会因为鉴定过程的不公开、不透明而对其结果产生怀疑，进而提出补充鉴定、重新鉴定的申请。“正义不仅应当得到实现，而且应当以人们看得见的方式得以实现，没有公开就无所谓正义。”还如回避问题直接关乎程序的公正与否，许多当事人直至开庭审理阶段才得知自己关于回避事项的知情权和申请权，进而会轻而易举地以违反回避义务为由否定之前的鉴定过程和结果，申请启动重新鉴定。另外，我国当前关于司法鉴定人出庭作证的管理规范十分匮乏，导致法官对案件事实的认知和证据的采信难以进行，不能直接有效地对鉴定意见进行庭上质证，专业性极强的鉴定意见也无法仅凭一个书面结论说服对其不利的一方当事人。
4.我国缺乏关于法官如何采信鉴定意见的审查判断标准或规范要求
在科学证据面前，法官总是因为自己专业知识的匮乏而感到尴尬和难堪，这也使司法鉴定在诉讼中拥有了不可替代的重要作用，使鉴定人在整个诉讼环节中扮演了至关重要的角色。而无论在哪种法系和诉讼体制下，鉴定人掌握着某个专门问题的专门知识才是他们拥有用武之地的原因。可是，许多司法鉴定的意见直接关系着案件事实认定的具体方向，甚至在如亲子鉴定等特殊问题上承担着几近全部的认定功能，这似乎是科技时代诉讼所要面临的必然风险，因为鉴定人正在一步步地“侵略”着法官事实认定的领地，如果法官不能通过有效的方式对鉴定意见进行鉴别，那么诉讼结果的可靠性也值得怀疑。
为弥补法官审查能力和审查标准的不足，最高人民法院于2007年颁布了《技术咨询、技术审核工作管理规定》，这一规定在一定程度上提高了法庭对鉴定意见的审查能力，但是由于技术辅助部门为法院的内设部门，与过去法院内设鉴定机构时“既当运动员又当裁判员”的模式没有实质区别，因此违背了我国诉讼制度改革去职权主义的方向。
(二)管理上的原因
1.关于司法鉴定机构和司法鉴定人的准入、资质和水平的管理不够严格规范
《决定》出台以后，司法部颁布实施了《司法鉴定机构登记管理办法》和《司法鉴定人登记管理办法》，对司法鉴定机构和司法鉴定人的申请程序、准入条件以及审批机关的准入程序进行了规定。但是，仅凭这两个规定来进行各类各项的准入工作，仍存在诸多制度、体制和机制上的困难。对于“三大类”以外的鉴定事项，国家司法行政部门要商“两高”确定等级管理制度和办法。由于商“两高”机制可行性不足，因此“三大类”以外鉴定项目的准入登记管理工作在各省出现了五花八门的做法，也给了以权谋私者以可乘之机，批准登记的司法鉴定人和司法鉴定机构出现了良莠不齐的现状。
2.司法鉴定技术标准体系不完善，标准化工作滞后
司法鉴定标准与标准化是保证司法鉴定质量的必然要求，科学证据的本质属性也允许和应当对其进行较高水平的标准和标准化建设。同时，标准和标准化工作也将大大推动司法鉴定行业的科技创新和整体发展。鉴定的高标准会彰显出科技进步带来的经济和社会效益，从而更大程度地体现鉴定对科技创新的需求，而科技的进一步发展也将使司法鉴定成果更具科学性和实用性，在这种相互促进的良性互动中司法鉴定行业的技术水平和鉴定能力才能得到整体提升。现实中标准与标准化工作问题较多，公安与司法行政之间协调问题、标准更新问题、标准细化问题等，这些问题必然进一步加剧多头鉴定和重复鉴定。
3.司法鉴定中的“册中册”和“册外册”造成混乱
(三)技术上的原因
1.司法鉴定常规技术资源有限
鉴定意见的客观性主要由科学性所决定，科学性离不开持续更新、投入仪器设备和实验室环境。社会司法鉴定机构对基本仪器设备的投入非常有限，更新投入更是“九牛一毛”。科学性离不开优秀的技术人员团队，自然科学分工越来越细，需要多学科、多人协同作战，一些社会司法鉴定机构为控制成本最低限度聘用技术人员。
2.国家对司法鉴定科技支撑投入有限
只有在科技的强有力支撑下，司法鉴定的功能作用才能顺利实现和发挥。目前，我国司法鉴定技术还存有较大的发展空间，与世界上司法鉴定最发达的国家相比，还有一定的差距，司法鉴定的科技支撑体系还不够完善。这种不足，使科学技术向司法鉴定领域的引入和推广受到了影响，不能够使司法鉴定所需的技术及时发挥作用，或者在引进时采用简单挪用的方式，不能恰当满足司法鉴定的技术需要。
(四)其他原因
1.当事人趋利避害的思想
由于法律上缺乏对重复鉴定次数的限制，当事人为了获得于已有利的鉴定意见便不断地申请重新鉴定，直至获得自己满意的鉴定意见为止。这种双方当事人想要利用鉴定意见上的优势获得审判前的第一步胜利的心理是我国重新鉴定大量出现的原因，这不仅反映了当事人不正当的参与诉讼的心理，而且也在一定程度上暴露了一些鉴定机构缺乏中立客观的鉴定精神的现状。
2.法官运用鉴定意见的传统思想
司法鉴定价值和功能的不断凸显，使鉴定和审判之间的关系处理问题摆在了法官面前。只有正确处理好鉴定和审判的关系，才能既发挥鉴定的功能，又保证审判的公正。目前主要存在两种错误倾向：一是法庭过于依赖鉴定意见。出现这种现象的原因是法庭意在通过整体利用鉴定意见来规避审判的风险，也使自己的审判任务大为减轻;二是法庭对鉴定意见缺乏信任，动辄启动重新鉴定，尤其出现鉴定意见分歧的时候喜欢采用少数意见服从多数意见的方法。