第二类茶叶初制企业是没有种植茶叶，向外收购茶青（茶叶鲜叶）进行初制加工，生产各类初级农产品毛茶的初制加工厂。这类初制企业销售生产的茶叶农产品应缴纳增值税。如果初制企业是小规模纳税人，其应纳增值税直接用不含税销售额乘以6%的征收率，即：应纳增值税=销售额×征收率
如果初制企业是一般纳税人，应纳增值税计算则比较复杂，要求先计算出增值税的销项税和进项税。销项税按销售的毛茶不含税销售收入乘以初级农产品税率13%计算。进项税计算包括收购的原材料，加工过程中耗用的辅料、动力、包装物，购销原料及产品的运输费等。收购的原料茶青按农产品收购发票上的买价乘以13%扣除率，计算增值税进项税，运费按取得的合法运输发票上的运费金额乘以7%，计算增值税进项税，其他包装物、辅料、动力等，则按取得的增值税专用发票抵扣联上的税额抵扣。没有取得增值税专用发票的不得抵扣。
应纳增值税则按销项税减进项税的差额纳税，即：应纳增值税=销项税-进项税。
第三类茶叶初制企业是拥有茶园，但自产茶叶不能满足生产需要，既加工部分自产毛茶，也对外收购部分茶青加工毛茶的初制茶叶加工厂。这类初制加工厂生产经营涉及到两种情况，一是生产部分自产毛茶，二是生产部分外购毛茶。前者是免税业务，后者是应税业务，按照增值税条例上规定“兼营不同税率的货物或应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额。未分别核算销售额的，从高适用税率”，所以，这类初制企业首要的是对自产和外购生产的毛茶销售额分别核算。这样自产毛茶纳税才能按前面第一类初制加工企业所述“农业生产者销售的自产初级农产品免征增值税”情况处理，外购茶青生产的毛茶则按前面第二类初制企业所述情况缴纳增值税。如果不将自产和外购分别核算，按税法规定自产免税部分也会视同外购从高适用税率纳税。
二、茶叶生产农场或林场
这类企业茶叶种植、生产规模往往较大，大部分采用初制、精制一条龙生产，即初制生产毛茶后又用毛茶生产精制茶，当然也有少部分农、林场只从事初制加工生产毛茶。由于农、林场的茶园是企业投资种植，如果只从事茶叶初制加工，生产的毛茶属于自产农产品。如前所述，无论是一般纳税人，还是小规模纳税人均不需要缴纳增值税。但从事一条龙茶叶生产的农、林场，其生产的精制茶属于工业产品，应当缴纳增值税，茶叶工业产品增值税率为17%，该类企业如果是小规模纳税人，其应纳增值税直接用不含税销售额乘以6%的征收率，即：应纳增值税=销售额×征收率
如果是一般纳税人，其销售精制茶的销项税应按工业产品17%的税率乘以不含税销售额计算。其进项税只计算当期加工产品耗用的动力、燃料和包装的进项税额，而原料进项税即生产精制茶耗用的毛茶进项税计算有所区别，因为耗用的毛茶是自产农产品，不是外购农产品，用自产毛茶直接加工精制茶，耗用的原料毛茶不能抵扣进项税，故耗用原料的进项税不予计算，如果是外购原料毛茶加工精制茶，则应计算进项税，但注意与自产毛茶加工精制茶分别核算。进项税计算出来后，如前所述第二类初制加工企业一般纳税人相同，应纳增值税则按销项税减进项税的差额纳税。
例如：某农场本月用自产毛茶生产精制茶20吨并全部销售，取得销售收入40万元，本月外购毛茶10吨，买价共计7万元，已验收入库，并开具收购发票。如果农场是小规模纳税人，本月应缴增值税为2？郾4万元（40×6%），直接用销售收入乘以征收率计算应缴增值税；如果农场是一般纳税人，本月应纳增值税为5？郾89万元（40×17%-7×13%），即用销售收入40万元乘以精制茶税率17%计算出销项税为6？郾8万元，用外购毛茶买价乘以农产品毛茶扣除率13%，计算出进项税0？郾91万元，销项税减进项税之差为当期应纳增值税。
从上例可知，生产精制茶耗用的自产毛茶不能计算进项税抵扣。并且一条龙茶叶生产企业一般纳税人的税负比小规模纳税人高得多，要合理避税，可考虑不申请为一般纳税人资格或单独成立由农场（林场）控股的茶叶精制法人企业，在加工精制茶时对农场的原料毛茶实行购买，这样，就可以抵扣原料进项税，合理降低税负。
三、茶叶精制加工厂
茶叶精制加工企业从企业类型上讲是工业企业，其生产的产品均为工业产品，增值税率为17%.如果茶叶精制企业为小规模纳税人，其纳税计算与前面农、林场一条龙茶叶生产企业小规模纳税人计算相同；如果是一般纳税人，其销售精制茶的销项税应按工业产品17%的税率乘以不含税销售额计算。但是，有一种情况例外，就是茶叶精制企业外购部分茶叶不用于加工生产，而是做商贸流通，直接出售。这时，计算这部分货物的销项税要根据所购商品的属性分析计算，如果购入的是精制茶，取得了17%增值税专用发票，在销售时仍按17%计算销项税；如果购入的是农产品毛茶，取得发票是13%增值税专用发票或农产品销售发票、农副产品收购发票等，销售时要考虑该外购农产品毛茶没有通过生产加工，没有改变其原来的商品性质，精制企业购入只是用于商品贸易直接销售。所以，销售该商品时，仍按农产品毛茶税率13%计算销项税。但要注意的是，涉及兼营不同税率业务，会计核算要分开，否则应从高适用税率计算应纳增值税。在实践中，这种情况比较特殊，企业发生类似经营活动，应向税务部门解释清楚，否则，税务部门将要求精制茶叶企业一般纳税人销售货物一律按17%缴纳增值税。
精制茶叶企业一般纳税人的增值税进项税计算也比较复杂，主要是耗用原料的进项税计算，与初制加工企业一般纳税人相比，两类企业取得原料的途径不尽相同。精制茶叶企业取得原料途径比较复杂，一般有四种情况需要考虑分析：一是原料购入时取得了增值税专用发票（一般纳税人企业开具的发票），就直接按专用发票上的税额抵扣；二是没有取得增值税专用发票，只取得农产品销售发票（小规模企业或自产农产品企业开具的发票），则应按发票上毛茶农产品金额乘以13%的扣除率计算原料进项税；三是既没有取得专用发票，也没有取得农产品销售发票，而是企业直接向外收购的毛茶原料，由企业自行开具农副产品收购发票，这就应按收购发票的收购价格乘以13%的扣除率计算原料进项税；四是没有取得任何发票的原料，按增值税条例规定一律不得计算该原料进项税。
茶叶精制加工企业增值税销项税和进项税计算出来以后，按销项税减进项税的差额纳税。