首先，国外并无明确提出研究型医院这一概念，我国借鉴国外医院的发展经验，结合自身特点，于2003年首次提出研究型医院概念。原解放军总后勤部副部长秦银河等人随后从理论角度，全面论述了研究型医院内涵。
本课题结合文献研究法、政策分析法及专家咨询法，将本市高水平研究型医院概念定义为：以解决人群重大疑难疾病为发展目标，综合实力或部分特色专科上在国际具有显著优势，通过开展医学创新成果、临床转化应用和培育高层次医学人才为核心，致力于推动行业整体水平提升，引领行业发展方向的高水平医院。
高水平研究型医院的建设核心内涵，包括：
第一，高水平研究型医院应强调临床与科研并举的发展模式，同时优先落实分级诊疗，释放自身优质医疗资源；
第三，高水平研究型医院应摆脱跟踪式发展，着力聚焦科研引领和自主创新的发展目标；
第四，高水平研究型医院应有能力和平台，带动本市研究型医院体系化建设，推动医疗行业整体水平提升。
二、本市高水平研究型医院的评价标准
通过文献归纳法及扎根理论，梳理出6个维度30个指标来评价研究型医院，6个维度包括：
第一，研究型医院文化。包括专技人员人均SCI因子、专技人员人均国家级科研项目、专职科研人员占专技人员比例、人均科研经费等。
第二，人才队伍培养。包括国家级人才、国家级青年人才、导师队伍、和学术任职等。
第三，科技创新能级。包括国家级奖项、省部级奖项、高水平论文、国家级重点项目、国家级项目。
第四，成果转化能力。包括国际及国家专利（第一完成人）、国家及省部级审批临床新技术、新业务;新药证书或医疗器械批文;科研成果转化项目比率。
第五，学科平台建设。包括设立国家级重点学科及重点专科数、省部级重点学科及重点专科数、国家级研究中心及重点实验室数、省部级研究中心及重点实验室数和举办国家级学术会议次数（一年度周期）为具体的评价标准。
第六，临床医疗技术。包括临床标准或指南被我国或国际标准收录数、临床路径管理病种数、重点考核并重排名、出院患者中外省患者比例和急危重症抢救成功率。
三、本市高水平研究型医院建设瓶颈
要能够有效发挥对医药健康产业的协同创新支撑支持作用，现有大型公立医院与研究型医院之间，存在着不小鸿沟。根据二、本市高水平研究型医院的评价标准及本市大型公立医院现实情况，本市高水平研究型医院建设瓶颈重点体现在功能定位、发展导向、考评机制、激励机制、支撑保障、组织文化等方面。
功能定位方面：大型公立医院肩负着大量且重要的医疗、教学与政府指令性任务，临床研究。对于转化类研究的战略地位，需从顶层设计提高定位。
发展导向方面：公立医院的机构发展目标与医药企业的发展目标存在差异，难以一味要求公立医院为医药企业的发展服务。
考评机制方面：目前大型公立医院的绩效考评对其开展临床研究，研究考评仍以“重床位、论文、重评奖、重专利而轻产业转化”为主，尤其是转化类研究的激励十分有限。
激励机制方面：虽然2015年市政府即出台《关于进一步促进科技成果转移转化的实施意见》，其中提及诸如科技成果作价入股、股权奖励，但在实际操作层面，由于缺乏更为细致的利益分配方案与实施细则，以至于实际转化活动难以推展。
支撑保障方面：不少新技术、新产品需经历产业孵化、产业培植才能发展壮大。特别是一些基于医疗机构自主研发创新的成果转化、产业化，不仅需要院企合作，亦需要大量资本的不断加持，但目前本市专业的支持服务保障体系严重不足。
组织文化方面：转化意识在科技成果转化中，是推动产业化成功与否的决定性因素之一。而目前本市大型公立三甲医院院部管理团队与临床科研专家队伍中，科技成果转化的专业和领军人才短缺、转化意识仍十分薄弱。
四、国外研究型医院建设经验
有介于了解了目前公立医院建设研究型医院的建设方向，因此需要对国内外研究型医院及医疗研究圈建设经验进行梳理，为本市研究型医院进一步提升提供有力依据。
一是，人力资源充足。美国麻省总医院作为全美第一大研究型医院，有超过1400位科学家，其中很多是全球著名的科学家；另外还有3600位多研究支持人员。专职科研人员将近2300人。
二是，人员聘用灵活。美国国家实验室人员聘用方式主要为合同聘用及项目聘用制，可根据研究项目的需求随时进行人员结构优化；专职科研人员采用终身制及非终身制聘用管理：终身制人员选聘严格、由国会设置专款拨付薪酬，非终身制人员的薪酬依据所参与的科研项目进行结算，通过绩效奖金来激发工作热情。科研人才、平台专业人才均有明确晋升制度、薪酬考评体系，为不同类别人才提供清晰的职业上升通道。
三是，大量资金扶持。从国际发展经验看，国际政府对转化医学的重视程度日渐增高，在医学转化方面的投入也日渐增加。美国国立卫生研究院NIH每年投入数百亿美元（占NIH年度预算的52％）用于基础研究，2021年，财政拨款为429.36亿美元。而新建的NCATS（国家转化科学发展中心）作为NIH指导转化科学发展的机构，每年额外投入数亿美元支持临床的转化项目。
五、提升本市高水平研究型医院建设的对策建议
上海应积极借鉴国际先进国家和地区的经验，分两步对本研究型医院的建设进行有效规划。其一，促进大型公立医院中的研究型医院可持续发展；其二，鼓励社会办医力量参与研究型医院建设，建议以阿特蒙医院为试点，尽快形成研究型医院功能。
（一）促进大型公立医院中的研究型医院可持续发展
（二）鼓励社会办医力量参与研究型医院建设
上海亟待从“放宽准入”和“加强监管”两方面入手，建议以阿特蒙医院为试点，鼓励社会办医力量参与研究型医院建设。
阿特蒙所在研究型医院，可与本市三甲医院错位协同发展。一是，诊疗任务不同，该主要收治大样本量疑难危重患者群体，让研究人员始终保持对新领域新技术的探索；二是，服务对象不同，该院主要面向药企及专家提供转化及临床试验服务；三是，该院以研究及临床试验团队作为重要组成部分，组建一支提供专业的临床试验服务团队，可对本市乃至全国的临床试验机构提供诊断及数据解读服务；四是，该院重点打造从电子病历系统（EMR）到临床试验数据采集系统的无缝链接，并通过区块链、联盟链、隐私计算技术，实现临床试验数据的远程、实时监查，全程保障数据安全，可追踪可溯源，全面提升临床试验数据的数据安全、采集效率、审查效率，为本市所有研究型医院提供数据服务。五是，该院打造为专注临床研究转化服务的研究型医院平台，获得药物临床试验机构（GCP）资质后，按现有开放床位200张计算，每年预计可承接药物临床试验50项，直接推动20个以上创新药物的加速上市，带来500亿以上产业增加值；完成二期建设、床位规模扩展至500床后，每年预计可承接药物临床试验100项以上，可拉动千亿级的产业规模，诞生一批生物医药“独角兽”企业，有望真正建成世界级的生物医药创新集群。
此外，政府可依托“一网统管”平台，引入“智慧医疗”“智慧医保”技术，确保“患者安全、治疗有效、费用可承受”这三条底线不被突破。以区块链、量子技术等新技术为载体，加强遗传信息安全、生物安全、受试者权益与数据安全等重要问题的精细化、智能化管理。