“预防为主、综合防治”是我国农作物病、虫、草害综合治理的基本原则，具体措施包括植物检疫、农业防治、生物防治、物理机械防治、化学防治五个方面。
植物检疫是指由国家颁布条例和法令，对植物及其产品特别是苗木、接穗、种子等繁殖材料进行管理和控制，防止危险性病虫草害的传播蔓延。
生物防治是利用有益生物及其产物来抑制病原物的生存或活动，从而减轻病虫害的发生的防治方法，大约可包括以下几大类型：
一是以虫治虫，即利用天敌昆虫防治害虫。
二是以菌治虫，以真菌和细菌应用最广泛。细菌主要有苏云金杆菌、松毛虫子杆菌、青虫菌、杀螟杆菌等，真菌主要有白僵菌和黑僵菌等。
三是以菌治病。主要的农用抗菌素有阿维菌素、春雷霉素、井冈霉素等，可防治多种病害。
四是以其他生物防治鼠虫草害。森林引鸟（啄木鸟、家燕等）、田间放养家禽、青蛙，可以降低虫、草危害等。
农业防治是一种最基本的防治方法，具体包括以下几个方面：
一是选用抗病品种。利用抗病品种来控制植物的病虫害是最为有效、经济和易行的措施之一，对于防治许多难以运用耕作措施控制，而又缺乏有效农药的病害，如土传病害、病毒病害、大面积气传病害显得尤为重要，而且可以有效解决化学农药环境污染问题。
三是合理轮作倒茬。轮作可以有效降低土传病虫害的发生，轮作时要全面考虑，既要减轻病虫害，又要符合生产的要求。
四是加强田间管理。主要有适当调整播期，加强肥水管理，合理整枝、修剪，适期采收，改变种植方式（如平畦变高畦，适当密植）等。
物理防治是利用各种物理因子、机械设备以及多种现代化工具，预测和防治病、虫、草、鼠等危害。包括人工器械、光学、电学、声学、力学、放射物理捕杀、诱杀等。
化学防治是使用化学农药防治病虫草害，是夺取农业丰收的重要措施，但如果使用不当，会污染环境和农产品、造成人畜中毒甚至死亡。因此，在应用时要严格按照《农药合理使用准则》和《农药安全使用规范总则》要求进行。