确保车辆的最佳安全性能是斯柯达汽车的首要任务。斯柯达自2008年以来在欧洲发布的所有15款车型都获得了欧盟新车安全评鉴协会（ENCAP）及全球汽车碰撞安全测试的最高五星安全评级，目前在售的全系车型均搭载完备的安全保护配置。
斯柯达车型搭载多种先进安全辅助系统等安全配置，例如识别行人、骑行者的预碰撞安全保护系统和车道保持辅助系统等在欧洲和中国市场的一些车型可以选配。预碰撞安全系统在碰撞即将发生时会显示警示信号、发出警报声以及轻微制动。如车辆遇到突发危险情况或与行人或骑行者碰撞，车辆将自动刹车。此外，车道保持系统能够识别道路标识和车道边界，利用主动转向辅助功能帮助车辆保持在特定车道内行驶。同时，驱动防滑系统、电子稳定系统、动态电子差速锁等电子系统可以优化车辆动力表现，防抱死制动系统能够有效缩短刹车距离，这些也是斯柯达车型的标准配置，而多次碰撞制动系统则可以有效避免二次事故的发生。
斯柯达全系车型提供丰富的创新辅助系统，包括一些可选配置。有些创新系统如旅行辅助系统几年前还是豪华车型才有。旅行辅助系统的功能因车型而异，但自适应巡航控制系统始终是旅行辅助系统中的一部分。有些车型还配备了具有预判功能的自适应巡航，这个配置借助前风挡顶部摄像头和导航系统发送的数据，必要时对速度限制或转弯做出及时响应。旅行辅助还包括自适应车道辅助系统，能够识别道路施工以及车道标识。斯柯达明锐PRO以及ENYAQiV系列的一些车型配备顶配版的旅行辅助系统。
安全配置还包括紧急辅助系统、全新超车辅助功能，以及可以检测到侧后方最远70米处车辆的侧向辅助系统。
主动乘客保护系统则是斯柯达明锐、柯珞克、柯迪亚克、速派和ENYAQiV系列车型的标准配置或选装配置。该系统在检测到可能发生碰撞或侧翻时，将预先收紧前排座椅安全带，关闭车窗并打开危险警示灯。同时，斯柯达明锐PRO和ENYAQiV系列的一些车型还提供或选装防碰撞辅助系统、转向辅助功能以及离车安全预警功能。可选配的泊车辅助系统在一些车型中还提供泊车记忆功能，记录常用的停车位路径，例如穿过狭窄且弯曲的车道，车辆可随时沿着同样的路径进行泊车。
先进照明技术，保证最佳视野
斯柯达新车型搭载的LED大灯清晰明亮且节能环保，有些车型尾灯也采用LED光源。例如斯柯达柯迪亚克、明锐PRO和ENYAQiV等车型，全LED矩阵大灯是标准配置或选装配置。凭借矩阵式LED大灯技术及可单独控制的LED灯，车辆在行驶过程中可保持远光灯持续开启而不会对其他道路使用者造成眩目，因为当前部摄像头检测到车辆、行人或反光物体时，智能照明技术将自动遮挡相应区域的灯光。
安全气囊多达十个，和ISOFIX、顶部系绳锚固点一起提供更佳安全保护
斯柯达在中国市场的全系车型至少配备四个安全气囊。部分车型提供的安全气囊包括主副驾驶安全气囊、侧前方安全气囊和一、二排车窗位置的两个头部安全气囊。此外，斯柯达提供后排侧气囊作为选配。前排中央安全气囊可以在车辆发生碰撞事故时防止前排乘客头部相互碰撞而受伤。欧洲ENYAQiV系列车型配备九个安全气囊。同时，为了安全地安装儿童座椅，斯柯达全系车型标配ISOFIX儿童安全座椅固定装置及顶部系绳锚固点。
现代车身结构：扭转刚性与能量吸收
在车辆研发过程中，斯柯达致力于确保车身既具备高强度扭转刚性，又能够吸收更多的碰撞能量。在碰撞事故发生时，利用碰撞变形区域，尽可能更多的吸收碰撞能量，从而保持乘客舱的稳定、为乘员提供最大化的安全保护。同时，更出色的车身刚性可以进一步改善操控性，车身在转弯过程中不会发生扭曲，车轮指向始终与道路方向保持一致。斯柯达车型在生产中越来越多地使用热成型高强度钢材，主要应用在A柱、B柱、隔板和万向连杆等部件。
最佳行人保护
斯柯达在车辆研发过程中另一重要方面是对其他道路使用者提供最大限度的保护，特别是行人及骑行者。智能辅助系统和车身特殊设计在这方面发挥了重要作用。即便在新车早期研发阶段，也会进行200多项行人保护测试。测试包括冲击模拟器具替代行人的身体部位，如大腿撞击前保险杠或小腿撞击前保险杠，以及成人和儿童的头部撞击引擎盖或挡风玻璃等不同场景。
为了在发生碰撞时尽可能有效地保护行人，车身设计必须在发动机、减震器、引擎盖铰链、引擎盖锁和挡风玻璃雨刷轴等零部件之间保留足够的空间，因为引擎盖可以通过定向变形吸收撞击能量，而车辆前部则要避免任何不必要的锐角或坚硬结构。同时，前保险杠加固结构的能量吸收材料也有助于增强对行人的保护。此外，预碰撞安全系统和碰撞预防辅助系统等多项配置也有助于避免与行人或骑行者交通事故的发生。