土地增值税清算回迁安置房的税务处理：（一）本地安置——视同销售收入：纳税人用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房按视同销售处理，并按照国税发〔2006〕187号文第三条（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。纳税人支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给纳税人的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费；（二）异地安置——视同销售成本：纳税人采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按《国家税务总局关于纳税人土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
1、房屋征收部门VS房屋实施单位
第四条规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。第五条规定，房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的。
2、市县级政府作出房屋征收决定
（1）第十七条规定，作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号）第三条关于非直接销售和自用房地产的收入确定的规定：
(一)房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：【即换抵投分+职工福利/奖励】
1、按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;
2、由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
(二)房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。【即自用或出租产权为转移，不列收入不扣成本，不征土地增值税】
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号)第六条关于拆迁安置土地增值税计算问题的规定：
（一）本地安置：房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。【同步确认：视同销售收入和视同销售成本】
（二）异地安置：开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。【单独确认：视同销售成本】
（三）货币补偿：货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
【解读】
1、正常销售VS视同销售：
至于土地增值税清算过程中所涉及的本地安置回迁房，究竟是按照视同销售处理还是按照正常销售处理，很多专家也给出了处理意见，如国家税务总局清河县税务局公职律师杨志忠老师认为，正常销售价格是【签订房屋征收补偿安置协议时】的回迁安置房评估价格，而视同销售价格一般认为应按照【交房时】的同期同类市场价格确定。
同时在现行税收法律法规中，对视同销售的规则，主要是针对属于应税行为的无偿转移或没有销售对价的业务，这类业务在会计上不做收入处理，为了避免国家税收利益的损失，需要用一个统一的视同销售征税规则来予以规范。而对于回迁安置房的对价，政府与被征收人签订房屋征收补偿安置协议中已经进行了约定，也就无须再视同销售来进行税务处理。
2、营业税时期对拆迁房的税收规定
根据《国家税务总局关于个人销售拆迁补偿住房征收营业税问题的批复》(国税函[2007]768号)的规定：
（一）关于拆迁补偿住房取得方式问题
房地产开发公司对被拆迁户实行房屋产权调换时，其实质是以不动产所有权为表现形式的经济利益的交换。房地产开发公司将所拥有的不动产所有权转移给了被拆迁户，并获得了相应的经济利益，根据现行营业税有关规定，应按“销售不动产”税目缴纳营业税；被拆迁户以其原拥有的不动产所有权从房地产开发公司处获得了另一处不动产所有权，该行为不属于通过受赠、继承、离婚财产分割等非购买形式取得的住房。
综上所述，目前实务界主流观点及通常做法认为，产权置换行为的实质是房地产开发公司将所拥有的不动产所有权转移给了被征收人，并获得了被征收人付出的相应经济利益——占用土地开发商品房的权利，应按照【正常销售】进行后续税务处理，而不是按照视同销售来处理。
政府回购的对价一般有两种方式：
一是土地出让金【全额】方式，即在通过招拍挂方式收到土地出让金时，拿出一定的比例支付给开发商，作为开发商销售回迁安置房的对价。土地出让金全额方式下，房地产开发商应确认的土地成本，就是土地招拍挂的成交价。【实务中较为常见方式】
二是土地出让金【差额】方式，即在通过招拍挂方式收取土地出让金时，减除需要安置被征收人产权置换部分的评估价格，在土地出让合同或补充协议中，约定由开发商配建回迁房的面积及回迁房的评估价格，并由开发商与回迁户另行签订回迁房产权调换协议及商品房预售合同。土地出让金差额方式下的土地成本，则为其缴纳的土地出让金加上回迁安置房的评估价格。
根据《土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第九条规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：(一)隐瞒、虚报房地产成交价格的;(二)提供扣除项目金额不实的;(三)转让房地产的成交价格的低于房地产评估价格，又无正当理由。
根据《土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十四条规定，条例第九条(三)项所称的转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，是指纳税人申报的转让房地产的实际成交价低于房地产评估机构评定的交易价，纳税人又不能提供凭据或无正当理由的行为;第十三条规定，条例第九条所称的房地产评估价格，是指由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评定的价格。评估价格须经当地税务机关确认。转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入.
在税收实务中，这一规定的核心在于判断何为“无正当理由的低价”，是否具有合理的商业目的，是否以减少国家税收利益为主要目的。而政府回购价格，是根据《国有土地上房屋征收评估办法》规定，经过专业的房地产价格评估机构独立、客观、公正地出具的评估价格，应当属于具有合理的正当理由的情。所以，对于签订了征收补偿协议的政府回购价，即使在当前看来属于价格偏低的情况，税务机关也不应该进行纳税调整。