当然，《清代地方政府》仍有自身的关怀。瞿同祖先生在“引言”中开宗明义：“这本书打算描述、分析和诠释中国清代州县级地方政府的结构与运作。”具体研究方法包括：一是在特定情境结构中分析州县衙门中人的行为模式；二是除了研究“正式的”政府运作，还考察了“非正式的”政府运作；三是解释法律规定与法律实践之间产生的落差与原因。为了实现这一研究旨趣，瞿先生将史料扩展到地方政府的档案、记录、函牍以及牧令、幕友等人的传记、笔记、札记，另有方志、散文和杂记。在一部正文仅13万字的著作中，征引史料多达370种（范忠信序，第16页）
，在数据库出现之前确实令人叹为观止。这种在多元史料中爬梳、分析和解释清代地方政府的组织结构与运作模式的研究方法，至今仍有示范意义。
通过描述、分析、诠释来呈现清代州县政府的组织结构与运作功能，是瞿同祖先生写作本书的旨趣所在。但是通观本书各章的基本内容，我们仍然可以发现州县衙门的组织结构存在“架屋迭床”的弊病；层层叠叠的律例和则例，对于牧令的权力与行使也作出了堪称详尽严密的规范，可是在行政活动与司法实践中规避律例绕道而行的操作并不鲜见；稍微重大的决策问题，都要遵守“请示汇报”的程序，然而“欺上而不瞒下”的现象仍然普遍存在。而处于制度表达与社会情境存在严重落差语境中的地方官员，必须自行决定如何决策，才不至于激发社会冲突，同时又能得到上司的首肯和默许。这是一个难题，但又必须面对和解决。正是在这种情况下，才滋生出多如牛毛、令人感到一头雾水的社会惯例与官场惯例。
原因何在？瞿同祖先生在“结语”中概括说：清代地方政府的行政与司法，受到“行政法典”和《大清律例》的严格规制。这些法律不仅非常详密，而且格外追求一致、合理、准确、服从与集权。但是，这些规范也带来了操作困难，还导致了效率低下。而其原因则是，一、条文过于严苛、僵化，不准州县牧令作出个人判断或创设规则；二、这些法律没有给地方性差异留下变通的余地，从而妨碍了牧令根据本地特殊情况作出相应调整的行政方法。（第331页）也就是说，是制度表达与实际情况之间的严重落差造成了州县牧令的行政困境。
下面，笔者沿着《清代地方政府》的思路作些申述与发挥。
（一）清代中国以儒家“仁政德治”为意识形态，从而导致以下悖论。一是推行“薄赋轻徭”“中央集权”与“量入为出”“原额财政”等财政原则，故尔正项税率偏低，且完全由朝廷掌控（分配和奏销），不准地方官员随意调整，以致根本满足不了州县行政（包括司法）的日常经费开支，甚至地方政府没有基本的行政预算。正是由于州县行政缺乏起码的经费保障，地方官员也就难免东挪西借甚或不惜亏空钱粮；由此，他们不得不向辖区百姓低价购买行政用品，甚至强行索取，其结果必然是税外加税、费外有费。在清末，被誉为循吏的李超琼，在江苏各县任职约20年，累计公私亏空多达10万两。直到李超琼死后，这笔巨额亏空，经由其任职的各县士绅募捐筹措，方才弥补了结。
二是财政短缺使得州县政府跟不上人口增长、行政事务日趋复杂的趋势。换句话说，人口越来越多，流动越来越频繁，行政事务越来越杂，导致管理越来越困难，可是与汉唐以降历代皇朝相比，清代州县衙门的总量居然保持基本不变。同时，州县“经制”或“额设”的佐杂官员、书吏与衙役，也没有作出相应增加，即州县仍然是“一人政府”，牧令也仍然是“全能官员”。这些情形，不仅制约了州县政府的治理能力，而且严重影响了州县政府对于地方社会的治理效果。为了完成复杂繁琐的行政工作，牧令只能听任“经制”之外“枵腹从公”的书吏和衙役大量涌入衙门，参与行政活动，这就导致了管控的难题，也导致了严重的腐败。传统说法认为，牧令只是“治事”而非“治人”的官员；笔者以为，他们不但要“治事”而且要“治人”。实际上，管控书吏和衙役，要比府道两司管控牧令的难度更大。
（二）清代中国仍然信奉“外儒内法”的政治哲学原则，仍然遵循“明主治官”的行政技术路线，为此制定了繁于秋荼、密于凝脂的律例规则。正是这种“治官”技术，使其走上了自我背反的道路，陷入了律例错乱的陷阱，最终产生了牧令治理的困境。
二是皇帝之所以不愿意通过全面修改律例的方式满足现实的行政需要，是因为他们既不愿意牺牲道德政治的理想，更不愿意承担由此产生的骂名，这个“锅”皇帝不想背。在这种情况下，官员必须发挥他们的聪明才智，想出既不影响政治大局，又能灵活应付不断产生的行政难题。如果官员想出的办法实用，皇帝即予认可；否则也很简单，拿官员来治罪，这个“替罪羔羊”的后果官员得认。总之，道德和法律打造的华丽巨船的外表虽然依旧，但是随着一块接着一块替换朽坏的木板，这艘巨船的内部零件就发生了诸多变化，并满足了日益变化的行政运作的需要。也就是说，瞿同祖先生所谓“一致、合理、准确、服从与集权”的律例体系，尽管出现了脱离社会情形的很多漏洞，但却得到了维持。这是因为，经由各级官员的集体努力，那些漏洞被巧妙修补了。不过，这些“头疼医头，脚疼医脚”的修修补补并不完美，也造成了各种各样的问题，甚至成为了行政窳败的渊薮。
诚所谓曲高而和寡，儒家经典对牧令提出了极高的道德要求——忠君、爱民、清廉、勤政，而“一人政府”“全能衙门”则赋予牧令远远超越他们能力和精力的任务，进而又用密密匝匝的法律规制、层层叠叠的上司监控将牧令捆绑得严严实实。但是，这套制度设计似乎未能认真考虑“十里不同风，百里不同俗”的民间社会的固有特性，从而给牧令带来了这套制度意想不到的难题，也使他们陷入行政与司法的困境之中。
检阅《清代地方政府》一书，我们还可以发现很多可圈可点的细节。比如在讨论征税问题时，瞿同祖先生提到汪辉祖只接受完了税的原告诉状（第232页）这一情形。作为牧令催征钱粮的一种手段，拒收欠税的原告呈词，在清代各地应该都采用过。在《龙泉司法档案选编》收录的官版“呈词”中，即有原告必须填写的“新粮”和“旧粮”的栏目；在《望凫行馆宦粤日记》中，杜凤治也多次记载了自己拒收未纳钱粮的原告呈词。又如，关于“门子”与“门丁”的叙述告诉我们，前者是衙役，具有“公”的身份；后者是长随，属于“私”的身份。（第103页，第131页，第133页）再如关于原告出具“遵依”文书、被告出具“甘结”文书的介绍（第134页），在《龙泉司法档案选编》中也能得到印证。这些为当下清代司法实践研究所忽略的细节，瞿先生在半个世纪前就作出了精确解释，实属难能可贵。
（本文括号标注的页码，参见瞿同祖：《清代地方政府》，范忠信、晏锋译，法律出版社2003年版。）