蒙药学有其独特的理论体系，用以指导药物的采集、加工、炮制、配方及临床应用，也较客观地解释了蒙药的治病原理。现简要介绍如下：
药味
药味是指药物对舌的刺激，各种药物都具有独特的味道。基本药味有甘、酸、咸、苦、辛、涩六种，不同的药味具有不同的功效。
酸味：会使牙酸痒，口水外流。能镇赫依、巴达干，升协日；生温消食、开郁解痉、增进气血循环。多用于胃弱、消化不良、肠闷腹胀。如胃温衰弱用信筒子、食欲不振用山楂等。过量则使体质松弛、头晕眼花，易患血热症、胆病。
咸味：一接触舌头，口水会聚集。能镇巴达干、赫依、升协日；开郁、开胃、解痉、强壮、生温、增欲。多用于手足抽搐、便秘、腹胀、积聚、脉络阻塞、消化不良、风寒等症。如便秘用芒硝，消化不良用光明盐。过量则引起脱发、白发、咳嗽、烦渴等症。
苦味：能使口臭消失，引起反胃，有解渴感。能降协日，升巴达干、赫依；清热降火，解毒、消肿、解渴、镇静、燥腐。多用于温病、胆病、血热病、瘟疫、虫病及咽喉肿痛、中毒、恶心呕吐、烦燥不安等症。例如毒症用牛黄，协日热病用地格达等。用药过量，则损胃温，引起风、寒诸疾。
辛味：立即使人感觉刺舌头，流眼泪。能镇赫依、巴达干，升协日；祛风散寒、健胃开郁、通经开窍、燥湿止泻、消肿愈伤。多用于胃温衰弱、消化不良、食欲不振、风寒湿痹、外伤皮疮、寒性浮肿等多种巴达干病。例如：用荜茇补胃温，以辣椒治五雅曼病。用药过量可引起腰酸背痛、血热等赫依病。
涩味：粘舌、粘腭，有粗糙的感觉。降协日，升赫依、巴达干；清热降火、燥湿俞伤、止泻止腐、消肥、泽肤。多用于温病血热、疹毒、泄泻、疮疡肿毒等症，如止泻用五味子，温热症用毛诃子。过量则腹胀便秘、闭窍燥津，可引起心脏疾患等。药物效能
根据药物独立地降或升三邪的主要秉性，并遵循药味形成原理总结出药物的八种效能，分别为重、腻、寒、钝、轻、糙、热、锐，称为性味八能。八能中重、腻镇轻、细之秉性，降赫依证，升巴达干、协日；寒、钝镇热、锐之秉性，降协日证，升巴达干、赫依；轻、糙镇重、软之秉性，降巴达干，升赫依、协日；热、锐镇寒、钝之秉性，降巴达干，升赫依、协日。药味转化学说
蒙医认为，饮食或药物进入胃后，遇到胃内巴达干（相当于胃液）、协日（胃温）、赫依（相化于消化运动）等基本物质（称胃三温），即起变化，使其原有的气味改变，这种变化叫药味的转化。不仅在胃内，而且在小肠、大肠，甚至各器官都有，直至消化完了为止。甘味、咸味经转化后，为甘；酸味经转化后仍为酸；苦、辛、涩转为苦。
药味转化学说是蒙医为了尽可能全面解释药物作用原理而提出的一种学说，它解释了药物在体内的复杂效应过程。如荜茇味辛，治疗巴达干等寒性病，但辛味经消化后变成苦，可以降热，因此，对伴有热证的寒性疾病，用荜茇作调理药。
草原文化·天似穹庐罩四野·别有特色的蒙医蒙药
蒙医蒙药是蒙古族民间文化的重要组成部分。在远古时代，就产生了蒙古医学的萌芽。有元一代，蒙医蒙药获得了长足的发展。成吉思汗的《大札撒》规定：“免除医生的税赋。”元世祖曾设宫廷太医四人，特别是元太医忽思慧用汉文编写了《饮膳正要》一书，是蒙医学饮食疗法的总结。草原特产的药物深受中亚及阿拉伯地区人民的欢迎。16世纪以后喇嘛教的传入使蒙医蒙药吸收了藏医的精华，在理论研究和临床实践上都进入了一个崭新的阶段。在学术上形成了各具特点的三个学派——古代蒙医学派，藏医学派，近代蒙医学派。这一时期，有《白露医法从新》《甘露点滴》《蒙医药选编》《珊瑚验方》《观者之喜》等十几部临床医学专著问世。继17世纪方剂学巨著《方海》问世后，18世纪蒙药学巨著《认药学》、《认药白晶药签》，19世纪《蒙药正典》等相继问世。其中《蒙药正典》一书就载入879种药物，附有药物插图576张，蒙古族的医学、药学已发展到相当完备的程度。
蒙医学的知识体系，来自中医学的阴阳五行学说和医疗经验、药物方剂。但经过蒙医学家在实践中的发展，已不完全同于中医学。蒙医学的部分理论虽源于藏医学，但又并非照搬藏医学的全部理论。
蒙医成功地借鉴了藏医的三要素学说，其三要素学说为龙、赤巴，培根。龙属风、气，其功能为维持生命，包括肢体运动、气血运动，支配呼吸、消化功能。赤巴属火，有调节体温、主管饥渴与视觉功能。培根属水、土，有调节胖瘦、睡眠等功能。蒙医在此基础上，发展成为赫那、希那、巴达干、血、虫、黄水六因辩证学说。在临床医学上，形成的三根学说、阴阳学说、五大元素学说、寒热对立统一学说，七元三秽学说，六因辩证学说，肺腑脉络学说等综合运用构成了蒙医学独特的理论特色。蒙医看病采用望、闻、切、问四诊，与藏医一样是用双手切脉的。不同的是，蒙医切脉时，一手的三指即食指、中指、无名指按在患者的小臂上面，名曰切五脏六腑，另一手的三指在下面，名曰切神经系统。
其传统治疗疾病包括：
刺血疗法
刺血疗法是蒙医传统外治技术之一。据近代方志《蒙古风俗鉴》载：“自古治病有在额头或手腕放血的，不论什么病，如果来的特别快，就放血治好。”大约公元8世纪左右，蒙古族传统的治血疗法传至西藏。
针灸疗法
据《内经·异法方宜论》云：“北方者，天地所闭藏之地也，其地高陵居，风寒冰冽。其民乐野处而乳食。藏寒生满病，其治宜焫，亦从北方来。”灸焫即灸疗。
治疗骨伤之法
皮疗法
皮疗法就是用刚杀死的牲畜皮置于病人身上或裹患部以做治疗之用。内蒙地区常用羊皮、艾虎皮治疗疾病。
饮食疗法
蒙古族重视饮食疗法。元代著名的营养学家忽思慧所著《饮膳正要》一书，就是集蒙古族智慧之大成。该书提出饮食与身体健康的重要关系。其序云：“保养之法莫若守中，守中则无过与不及之病。调顺四时，节慎饮食，起居不妄，使以五味调和五脏，五脏和平，则气血资荣，精神健爽，心志安定，诸邪都不能入，寒暑不能袭，人乃怡安。”
《饮膳正要》对我国各民族的传统食品的做法、食用价值从医学角度做了全面、系统的总结，尤其是对蒙古族的传统食品做了全面详细介绍。例如在第一卷第六部分所讲的九十四种膳食用羊肉作原料的就有七十五种。有一种叫“颇儿必汤”，其原料是“羊辟膝骨”，做法为熬汤澄滤凝固而成，有“主男女虚劳、寒中赢瘦，阴气不足，利血脉，益经气”之用。书中又介绍了我国北方游牧民族所喜爱的食品“马思哥油”。其制法为“取净牛***，不任手用阿赤(系打油木器也)打取浮凝者，为马思哥油，今亦云白酥油”。“酥油”——牛奶中取浮凝，熬而为酥”。并指出其对人体之价值。
在蒙医饮食疗法中，马奶酒疗法占有非常重要的地位。常用马奶酒治疗被毒蛇和狂犬咬伤，救治受伤大出血而昏厥的病人。在《饮膳正要》中，指出马奶酒有性温、解毒、消热、助消化、强体等功能。用现代医学观点看来，它能预防和治疗各种胃肠道疾病，可降低血脂、胆固醇，对动脉硬化、冠心病、高血压等有一定疗效。
正骨
马背上的民族往往出现骑马摔伤、骨折、脱位、脑震荡等外伤。蒙古古代劳动人民对治疗这些外伤积累了丰富的经验。在清代蒙古医士以正骨而著名。据《啸亭杂录》续卷一载：“定制，选上三旗士卒之明正骨法者，每旗十人，隶上驷院，名‘蒙古医士’，凡禁廷执事人有跌损者，咸命其医治，限以日期报愈，愈其则惩治焉。齐息园侍郎坠马伤首，脑涔涔然。蒙古医士尝以牛脬蒙其首以治之，其创立愈。故时有秘方能立奏效。非岐黄家所能及者。近最著名有觉罗伊桑阿者，以正骨起家，至于钜富。其授徒法，先将笔管戕削数段，令徒包纸摩挲，皆使其节合接如未破者，然后如法接骨，皆奏效焉。”这高超的医术是建立在对人体解剖深入了解的基础上。
药物治疗
蒙古古代人民早就利用草原上生长的丰富的植物制药。据统计，蒙古药材有一千三百余种，取材于动物、植物、矿物等。药物的种类繁多，有丸药、灵药、散药、洗药、熏药、膏药、喝药、服药等。蒙古医学的药物疗法，分作清、解、温、补、和、汗、吐、下、静、养等十种。对于一些慢性疾病、传染病及北方草原民族所患的病，都有一定的疗效。
此外，蒙古民族早就运用医疗器具，据《蒙古风俗鉴》载：“医生使用的器具有针、拔火罐、灸艾子。”从内蒙地区发掘的文物中，有远古和中古时代的砭针、骨针、铜刀、铜针、捣钵、药勺、拔火罐等。近代蒙古族医学家伊希金旺吉拉生前制过许多医疗器具，其中一件为银药勺，长22.5厘米，勺柄前窄后宽，勺头部呈半圆形，直径0.8厘米，净重40克。勺柄上刻有一只桃树和一只兔子。桃树上结五棵桃子和六片叶子，分别代表五脏六腑，兔代表十二地支中的“卯”，古代蒙医行医很讲究卯时，药臼也有要用兔爪刷洗的习俗。蒙医所用的药箱为木头制做，里面分成数十个小方格，每个格子里面放一只圆而长的羊皮小口袋，用银质长柄的小圆勺在皮袋内捣药末，此为古代蒙医的传统。汉族月神神话有白兔捣药的内容，二者之间的联系，尚需研究(参看李汶忠编著《中国蒙古族科学技术史简编》)。