有机肥和化肥的具体使用比例因根据土壤特点和植物特点来适合配比。
有机肥使用比较宽泛，化学肥料使用应该注意施肥用量。
化肥和有机肥结合施用，尤其是底肥，是农业方面专家学者和技术人员一贯倡导的施肥的好方法。是根据化肥和有机肥的基本性质而言的。化学肥料的性质是速效、见效明显，但效力持久性差（尤其是氮素类化肥），磷、钾肥效力尚持久些。而有机肥虽效力及各种营养成分大大低于化肥，但它的效力较持久。对培肥土壤有很好的作用。
有机肥料是否可以直接加入无机肥料有机肥或无机肥单独使用，各有优点，如果将二者同时使用或交替使用，可发挥两类肥料的优点，互相弥补缺点。
根据肥料的性质，有些肥料可以混合使用，混合后双方优点互补，增进肥效，如无机的过磷酸钙肥料和有机的肥料混合使用就是一例。有些肥料则不能混合使用，如果盲目使用，就可能劳力费神，肥效降低甚至毒害鱼类，如磷肥与石灰、草木灰等强碱性物质混合时，则生成了不溶性的磷酸三钙，影响肥效，这类肥料就不能混合使用。
番石榴的施肥管理：
番石榴定植第1年，每株施三元复合肥（氮、磷、钾含量均为15%）2千克、豆麸1千克（或肥量相当的鸡粪、猪粪等有机肥）、硫酸钾0.2千克、贝壳灰0.5千克；定植第2年按上一年的施肥量增加1倍；定植第3年不再增加施肥量，或可根据树势、产量增加施肥量。
（1）幼龄树施肥
追肥以勤施薄施为原则，一般每培养1次新梢施肥2次，于新梢萌芽及新梢长40厘米时各施肥1次，以速效氮为主，每株施腐熟的粪水或麸水加0.3%尿素液肥2.5~5.0千克，或施尿素25克加钾肥50克。
（2）结果树施肥
①促梢壮花肥每次剪梢促花后，施三元复合肥（氮、磷、钾含量均为15%），占全年施肥量30%,石灰粉1千克。
②保果肥、壮果肥果实生长期，施三元复合肥加硫酸钾，占金年施肥量30%.
③采果期肥采果前，施腐熟的禽畜粪肥、农家肥或花生麸，占全年施肥量40%,此时停施化肥。
④叶面肥在新梢转绿期、花蕾期、幼果发育期各喷1~2次0.5%硫酸镁、0.1%硼酸或0.2%硼砂溶液，间隔期7-10天，或根据元素缺乏情况根外追肥。
雨季注意排水，旱季注意灌水，冬季果园深沟蓄浅水，入冬后畦面可覆盖地膜保温保墒。
有机肥，多数都是农家肥比如牛粪，羊粪，鸡粪，鸭粪等粪肥，很多工业下脚料比如味精厂下脚料。粮食下脚料，比如淀粉厂下脚料，药渣。有机质，按照国家标准，主要是检测碳元素的含量。很多有机肥包括那些。常见的家畜粪便、秸秆、塘泥、绿肥植物、饼肥、人粪尿等都属于有机肥。施用腐熟的有机肥后，能改善土壤理化性质和生物活性，增加土壤有机质含量。
而生物菌肥这种有机生物介质的主要指标是有效活菌和有机质，它主要是施于土壤中来中和菌类促进菌平衡的，它适合于在有机质中促进有机质的分解，无机肥一般泛指化学肥料，如复合肥、二铵、大量元素等，都属于无机肥的范畴，化学肥料能够快速补充作物的营养元素，促进作物快速生长，缩短作物生长周期，对于提高产量有些非常好的作用。
三种肥料的成分区别。简单的理解，有机肥中主要养分是有机成分，无机肥的养分主要是以无机成分为主，生物菌肥的主要成分则是以不含任何养分的微生物菌类为主。但是话说回来，农家肥毕竟每年不够用，要需要使用无机肥，无机肥肥效快，在农作物的生长期起到决定性的作用，一般我们这里一茬庄稼要施用一到两次无机肥，已促进植物生长。
有机肥：养分比较全面、肥效较长、含有多种微量元素、增强作物的抗病能力、提高产量、能够改善土壤的有机质等效果。
终上述可见，化肥搭配有机肥施用，对作物的生长等是比较理想的，达到了取长补短的效果，同时也给作物各个生长周期保证了养分的需求。
如化肥与有机肥搭配施用，还可调节土壤酸碱度，增加土壤养分、提高化肥利用率、还能提供作物一个长效的肥力等效果。
这个问题需要考虑两个方面，一方面是是否会造成无机肥损失，另一方面是是否会导致有机肥发酵效果。
正像你所说的，氮肥会降低有效性，因为氮肥加入后经微生物分解，可能会变成氨气损失掉。但是其他的肥料不会损失，因为有机肥发酵不产生废液，而其他肥料也不会变成气态，所以不会造成损失，微肥也不会变成气态或者液态的损失掉。
但是，无机肥的加入从一定程度上来说是给发酵的物料引入了盐分，可能会导致微生物的死亡，从而导致发酵速度降低。当然这是我的个人推测，没有实验数据做支持。
另外，我建议你在发酵完以后再添加无机肥，这样即使你添加氮肥也不会损失，而且不用担心发酵速度受影响。