1、全层施肥。在翻地前将有机肥料撒在地表，随着翻地将肥料全面翻入土壤中。这种施肥方法简单，省力。肥料施用均匀，但肥料利用率低。目前，这种方法适用于用量大、养分含量低的精制农家肥的施用。
2、集中施肥。腐熟程度高的有机肥(如商品有机肥)一般采用在定植穴内施用或挖沟施用的方法，将其集中施在作物根系部位，可充分发挥其肥效。
3、追肥施用。腐熟程度高的有机肥(如沼气肥)速效养分含量高，可作追肥施用。
4、有机肥料和无机肥料配合施用。有机肥料与无机肥料优缺点各异，长期的农业生产实践证明，单施有机肥料或无机肥料，都不能适时、适量满足作物生长的需要，只有两者配合施用，才能充分发挥各自的优点，两者取长补短，互相补充，缓急相济，充分发挥肥料的增产潜力，达到高产优质和培肥改良土壤的双重效果。
首先，要降低生产成本。一是就地采用有机原料，不要远距离调运，增加成本；二是减少销售中间环节，生产与销售近距离对接；三是搞好售后服务，组织科技下乡，使肥料快速发挥肥效。
其次，要足墒适温施用。无论在何种土壤上施用，都要有充足的墒情促其迅速分解转化。气温在10℃―30℃的范围内肥效较好，当气温低于10℃或高于35℃时，肥料转化、吸收就会产生障碍。
第三，要配套正确施用。一是为了使肥料体现长效与速效的持续效应，凡是施用生物有机复合肥的大田，每亩要配施碳铵30公斤左右，然后再根据不同作物需要配施其它营养元素，不能用生物有机复合肥取代其它肥料。二是作基肥施用，每亩用量不超过50公斤。特别是塑料大棚种菜的更不能超量施用。三是土壤墒情不足时，施用后要及时抗旱调墒。
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有机肥料按其养分含量与化学肥料相比，前者是养分种类多，氮、磷、钾、钙、镁、硫和微量元素都有，而后者比较单一，氮素化肥只含氮，磷素化肥只含磷，钾素化肥只含钾，即使是复合肥料也只含氮、磷、钾等有限几种养分。但是，有机肥料所含各种养分种类虽然齐全，其浓度却比较低，以鸡粪为例，它的氮含量约为1.6%，磷含量约为1.5%，钾含量约为0.9%，即100千克鸡粪含氮（N）1.6千克，磷（P2O5）1.5千克，钾（K2O）0.9千克。化肥中尿素含氮46%，即100千克尿素含氮（N）46千克，氯化钾含钾60%，100千克氯化钾含K2O60千克，化肥所含养分浓度比有机肥高得多。有机肥料中含有大量的有机质，这是化肥所没有的。有机肥料施入土壤后要经微生物分解、腐烂后才能释放出养分供作物吸收，化肥则施入土壤后即能发挥作用。所以，有机肥料含养分种类多，浓度低，释放慢；化肥则与之相反，养分单一，浓度高，释放快。两者各有优缺点，有机肥应与化肥配合施用才能扬长避短，充分发挥其效益。
有机肥料的作用有以下两方面：
（1）改良土壤，培肥地力。
有机肥料中的主要物质是有机质，施用有机肥料增加了土壤中有机质的含量。有机质可以改善土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
（2）增加作物产量和提高农产品品质。
有机肥料中除氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸等物质，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。有机肥料还含有多种微量元素，如畜禽粪便每100千克中含硼2.2～2.4克[8u58药材网www.8u58.com]，锌2.9～29.0克，锰14.3～26.1克，钼0.3～0.4克，有效铁2.9～29.0克。有机肥和化肥配合施用增产效果显著，而且能改善产品的品质，使蔬菜中硝酸盐、亚硝酸盐含量降低，维生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
有的有机肥料改良土壤，培肥地力的作用大一些，如秸秆、草炭、堆肥等等；有的有机肥料则以供应农作物所需养分为主，如人粪尿、鸡粪等等，这种差别主要视不同有机肥料中有机质和含氮量之间的比例而定。有机质的结构物质主要是碳（C），所以这种比例称为碳氮比（C/N），C/N大于30的有机肥料其作用以改土为主，C/N小于30的有机肥料其作用以供应养分为主。作物秸秆的C/N在100左右，施入土中，改良土壤的作用很大，由于所含氮素数量很少，在分解腐烂过程中不仅不能释放出氮素，还要从土壤中吸收氮，秸秆还田时有的地方要加施一点化学氮肥才能加速腐解过程。
有机肥一般是做基肥一次施入
基肥（底肥）施用
基肥，一般叫底肥，是在播种或移植前施用的肥料。在翻耕时，将有机肥均匀施入，随着翻地将肥料翻入土中，这种方法简单，易操作，能够起到很好的改良土壤的目的，但于其均匀施入土壤，不能全部甚至大部分接触根系从而被根系利用，因此，肥料利用率这势必造成多余的浪费，带来一定的经济损失，其次也容易产生土壤障碍。因此该方法比适合于种植密度大的作物。
追肥施用
有机肥用作追施的方法有土壤深施和根外追肥两种。土壤深施一般将有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。根外追肥是将堆肥与10倍的水混合均匀，静置后取其上清液，借助喷雾器将肥料溶液喷洒在作物叶面，以供叶面吸收。
用作种肥
种肥的施用方法有多种，如拌种、浸种、条施、穴施等。拌种是用少量的清水，将有肥溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀地沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1：10的比例，把种子放入溶液中浸泡12~24h，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。开沟或挖穴后将肥料施入耕层3~5cm的沟、穴中，再在肥带附近播种，种肥距保持在3cm以上。用作种肥肥料要求养分释放要快，不能过酸、过碱，肥料本身对种子发芽无毒害作用，堆制后充分腐熟的有机肥是很好的种肥。
用作育苗肥
充分腐熟的有机肥料，分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以10%的发酵充分的发酵有机肥料加人一定量的草炭、蝇石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用。
有机肥全层施肥与集中施肥
全层施入是将有机肥撒满地表，通过耕地使有机肥施入全土层中，这种施肥方法在有机肥较多(每亩4000~)或者作物密度较大的情况下可以应用。集中施入土壤中就是通过开沟把堆肥施入作物的根系附近，这种施肥方法在肥料较少（每亩1500~)和土壤肥力比较低的情况下，值得采用。
生物有机复合肥料，采用有机肥料与无机肥料相配合，并伴有多种微生物或高能化合物的面市，很受农民欢迎，效应比较明显，一是能改良土壤理化性状，增强保水、保肥性能，提高持续供肥能力；二是能显著抑制棉花、瓜类的枯萎病和水稻纹枯病等病害，增强抗逆能力；三是能改进农作物的品质，特别是对提高西瓜、甘蔗、草莓等水果的甜度十分明显；四是能促进农作物增产，一般施用生物有机复合肥的比单一施用化肥的增产10％左右；五是能减轻农业环境的污染，可大量生产无公害的食品。
有机肥优点：有机肥中的维生素、黑腐酸、黄腐酸、棕腐酸，及低分子的有机酸、丁酸等，除直接影响植物营养功能外，还有生理活性和刺激作用，增强呼吸作用，促进根系生长，直接影响土壤环境形状。缺点：使用有机肥料也有存在养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。传统的有机肥的积制和使用也很不方便。人畜禽粪便、垃圾等有机废物又是一类脏、烂、臭物质，其中含有许多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源。无
有机菌肥是指生物有机肥。有机肥和生物有机肥属于包含关系，即前者包含后者。有机肥通常是在人工控制和一定碳氮比，水分，通风情况下通过微生物发酵作用，转化成有机肥。通过堆肥化过程，是将不稳定的有机物转化为稳定的腐殖质过程。有机肥是一类具有土壤改良剂和有机肥料。而生物有机肥则是在有机肥的基础上添加了微生物菌，有效活菌数(cfu)，亿/g≥0.20。
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