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单位食堂申请食品经营许可证，通常需要按照以下流程进行：
申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、、食品经营许可证的公示方法等材料。
需要注意的是，提交的申请材料、证件复印件应当使用A4纸；填写申请书应当字迹工整，使用钢笔或签字笔（蓝色或者黑色）；在申请许可过程中，申请人应当认真阅读申请书的内容。
在江苏省徐州市某学校食堂查处案件中，学校在食堂经营中通过招标方式委托一家餐饮公司对食堂进行经营管理。开学后，辖区市场监管部门在监督检查中，发现该餐饮公司没有办理食品经营许可证，虽然食堂已经以学校名义办理过食品经营许可证，并且仍在有效期内，但市场监管部门因餐饮公司没有食品经营许可证，对其进行了行政处罚。
在另一起案例中，对于单位食堂未办证罚款五万是否过重也存在争议。争议焦点包括当事人食堂为员工提供免费午餐是否应当办理食品经营许可证，以及罚款5万是否适当。
《食品经营许可和备案管理办法》已经2023年6月7日市场监管总局第10次局务会议通过，自2023年12月1日起施行。
《食品经营许可管理办法》（2015年8月31日国家食品药品监督管理总局令第17号公布自2015年10月1日起施行）对食品经营许可活动进行了规范。
依据《食品安全法实施条例》第二十八第二款规定，承包经营集中用餐单位食堂的，应取得与承包内容相适应的食品经营许可，发生食品安全违法行为应当依法接受处罚；学校等集中用餐单位应取得食品经营许可，并且承担管理责任，发生食品安全违法案件，其。
上海市市场监督管理局关于印发《上海市食品经营许可和备案管理办法》中规定，承包经营集中用餐单位食堂的，应当申请食品经营许可，取得餐饮服务类、餐饮服务连锁管理、餐饮服务管理等与承包内容相匹配的经营项目，具有食品安全管理能力，按照规定建立食品安全管理制度、配备食品安全管理人员，并对食堂的食品安全负责。
如果单位食堂未取得食品经营许可证从事食品经营活动，依据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十二条第一款的规定，由县级以上人民政府食品药品监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。
按照要求准备齐全申请材料，确保材料的真实性和完整性。
在食堂的设施设备、卫生条件、人员管理等方面严格按照标准进行建设和管理。
积极配合监管部门的预审、现场检查等工作，及时整改存在的问题。
依据《食品安全法》的规定，从事食品生产经营的单位，必须取得食品经营许可证方可开展作业。《食品经营许可管理办法》进一步明确，单位食堂提供集体用餐服务，属于食品经营行为，应当依法取得食品经营许可证。否则将被责令停业整顿。