一、农民专业合作社财务会计制度的特殊性
(二)成员账户设置的特殊性
(三)合作社内外经济业务核算的特殊性
合作社对内是以服务为目的，对外追求利益最大化，所以在会计核算上应对社内外经济业务区别对待。农民专业合作社与其成员的交易、与利用其提供的服务的非成员的交易，应当分别核算。如设置“成员往来”科目核算合作社与其成员的经济往来业务，设置“应收款”、“应付款”科目分别核算合作社与非成员之间发生的各种应收以及暂付款项、应付以及暂收款项等。
(四)盈余分配核算的特殊性
盈余分配是合作社财务管理工作的核心，也是处理成员与组织之间以及成员相互之间利益关系的核心。盈余分配的特殊性主要表现在：(1)专业合作社从当年盈余中提取公积金，量化给每个成员，计入成员个人账户。(2)可分配盈余按成员与本社的交易量(额)比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的60％；其余部分按照出资额和公积金份额的比例分配给社员。(3)每年的分配方案要经社员大会讨论决定。结合此特殊性，财务会计制度设置“本年盈余”科目核算合作社本年度实现的盈余；设置“盈余分配”科目核算合作社当年盈余的分配(或亏损的弥补)和历年分配后的结存余额；设置“应付盈余返还”科目核算合作社按成员与本社交易量(额)比例返还给成员的盈余；设置“应付剩余盈余”科目核算合作社以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到本社成员的份额，按比例分配给本社成员的剩余可分配盈余等。
(五)会计核算方法及报表编制的特殊性
农民专业合作社提供的会计信息主要是为广大社员服务。当前各地农民专业合作社规模小、组织化程度低，且合作社的财会人员素质相对较低。鉴于会计信息主要使用者和编制者的具体情况，应尽可能简化合作社经济业务的会计核算方法，使合作社财务会计制度既要能够解决会计核算和财务管理问题，同时又要力求简化，方便执行。具体表现在：(1)减少科目数量。规定合作社需要设置的会计科目数仅37个(另可增设4个)。(2)包含对合作社的财务管理、内部控制制度等方面的要求，便于合作社财会人员掌握和运用。(3)基本采用历史成本计量模式，不引进公允价值计量属性。(4)核算方法简单。集中反映现阶段农民专业合作社常见的业务和交易，对不常见的业务和交易采用合并、简化等处理方法，如对无形资产摊销的处理、对长期借款利息的处理等。在报表编制上，不要求合作社编制和对外报送现金流量表。设计“盈余及盈余分配表”、“成员权益变动表”等，以全面、客观地反映合作社盈余、盈余分配及成员权益的情况。
(六)内部治理与外部监督的特殊性
合作社应实行社员民主理财与政府监督指导相结合。民主理财是对合作社财务工作实施监督指导的前提，政府部门的监督和管理是合作社实施民主理财的保证。制度规定，合作社会计信息应定期、及时向本合作社成员公开，接受成员的监督，对于成员提出的问题，会计及管理人员应及时解答，确实存在错误的要立即纠正；财政部门对合作社的会计工作进行管理和监督；农村经营管理部门依照对合作社会计工作进行指导和监督。
二、农民专业合作社财务会计制度的问题
(一)合作社管理者及社员缺乏会计知识，可能造成会计信息失真、监督乏力
(二)缺乏明确具体的合作社税收政策，不便于基层税务部门操作执行
(三)内部控制制度形同虚设，给合作社的发展带来隐患
(四)合作社财务会计制度特殊性较大，不利于合作社的可持续发展
三、农民专业合作社财务会计制度落实的建议
(一)加强会计知识培训，提高会计信息质量
(二)进一步明确合作社具体税收政策，逐步取消税收优惠
由于我国合作社尚处于起步阶段，建议现阶段凡是涉及农村、农业、农民方面的税收优惠政策，符合条件的农民专业合作社都应该享有。财政部、税务总局应尽快明确对合作社加工、服务收入的税收优惠政策。建议对合作社出售的经过简单加工和深加工的农产品区别对待。对合作社销售的简单加工的农产品可免征增值税，而对深加工的农产品征收增值税。从长远看，随着合作社的逐步壮大，应逐步取消税收优惠，减少合作社对政府的依赖。在合作社发达的西方国家，大多数合作社同普通企业一样要交纳增值税、土地税等。政府不应鼓励对合作社提供减免税费等直接资金支持，因为这类补贴不利于合作社的独立、可持续发展。
(三)借助审计手段和政府监督，提高合作社的经营管理水平
目前各国审计合作社的做法不同，如加拿大规定必须按照“普遍采用的审计原则”对合作社进行审计；德国规定必须由合作社成立的特殊审计联盟对合作社进行审计。借鉴国外经验，建议我国采用内部审计和外部审计相结合的方式。对规模较小、社员联系密切的合作社可加强内部审计，配备内部审计人员或组建内部审计委员会，由监事会负责对本社的财务进行内部审计，审计结果向成员大会报告；同时保留成员大会委托外部审计机构对本社的财务进行审计的权利。对大合作社，建议进行外部审计，可以聘请注册会计师审计，也可接受政府审计。通过审计，促进合作社内部控制的完善。此外，为比较不同合作社的管理水平，建议农村经营管理部门针对不同类型的合作社选择不同的指标体系，每年对合作社的财务和机构绩效进行考核，以提高合作社的经营管理水平。