现行的《农民专业合作社财务会计制度(试行)》(以下简称原制度)既包括合作社财务制度的内容，又包括合作社会计核算的内容，即合作社财务制度与会计制度合并在一起，没有作明确区分。新制度首先从制度体系上明确区分为《农民专业合作社会计制度》和《农民专业合作社财务制度》两项制度，分别对合作社的会计核算业务和财务管理内容进行具体规定，从而有利于更好地指导合作社开展财务会计工作，适应新时代合作社发展要求。
二、新增或删除了部分会计科目
(一)资产类科目
(二)负债类科目
新制度设置了10个负债类一级科目，与原制度相比，新增了应付劳务费、应交税费、应付利息等3个一级明细科目。
(三)所有者权益类科目
新制度设置了6个所有者权益类一级科目，与原制度基本一致，但对股金、专项基金、资本公积和盈余分配等4个明细科目的核算内容作出部分调整。
(四)损益类科目
新制度设置了9个损益类科目，与原制度相比，新增了税金及附加、财务费用和所得税费用等3个费用类科目。
(二)调整完善资产的分类与核算
1.引入“生物资产”的分类和核算要求。新制度充分吸收借鉴了我国《企业会计准则第5号——生物资产》关于生物资产的有关内容，将生物资产分为消耗性生物资产、生产性生物资产和公益性生物资产三大类，并就三大类生物资产的定义、包含内容和相应的会计处理分别进行了规范。同时，删除了原制度中关于牲畜(禽)资产、林木资产的有关分类及会计处理内容，对合作社资产的核算内容和范围作了扩充性调整完善。
3.规范核算资产折旧与摊销。明确了固定资产折旧必须按月进行折旧，改变了原制度中固定资产折旧“按年或按季、按月提取固定资产折旧”的做法，将无形资产的摊销年限调整为“自可供使用时开始至停止使用或出售时止，并应当符合有关法律法规规定或合同约定的使用年限”。
(三)调整完善支出的分类与核算
1.对其他支出的核算内容作了补充调整。新制度规定，其他支出包括生物资产的死亡毁损支出、损失，固定资产及产品物资等的盘亏、损失，防灾抢险支出，安全生产支出，环境保护支出，罚款支出，捐赠支出，确实无法收回的应收款项损失等。新制度对其他支出的构成作了列举式的规定，相比之下，比原制度中关于其他支出的定义更加明确具体，对会计实务更具实操指导性。
2.补充完善了经营支出的核算内容。与原制度相比，新增了“与农业生产经营有关设施建设运营，开发经营农村民间工艺及制品、休闲农业和乡村旅游资源等发生的支出”等内容，充分考虑了新制度与乡村振兴战略的衔接一致。
(四)补充了涉税业务的会计核算
新制度在负债类科目下增设了“应交税费”科目，在损益类科目下增加“税金及附加”和“所得税费用”科目，对合作社按照税法等规定计算缴纳的各种税费，包括增值税、企业所得税、消费税、城市维护建设税、资源税、房产税、土地使用税、车船使用税、印花税、教育费附加及地方教育费附加等和合作社代扣代缴的个人所得税等业务进行规范会计核算。
(五)明确了盈余及盈余分配有关内容及核算
1.明确了盈余的定义及计算。与原制度相比，新制度在本年盈余的计算中考虑到了扣减合作社在日常活动应负担的税金及附加、为筹集生产经营所需资金发生的财务费用以及合作社按照税法有关规定计算的当期所得税应纳税额，因此，新制度下盈余的计算更加全面准确。
2.明确了合作社盈余分配的顺序。新制度在合作社盈余分配的顺序上充分保持与《农民专业合作社法》的一致，即合作社在弥补亏损、提取公积金后剩余的本年盈余为可分配盈余。合作社按照有关法律法规和合作社章程规定向成员进行盈余返还和盈余分配、将全部或部分可分配盈余转为成员对合作社的出资时，应当减少可分配盈余。
四、优化了财务报表的格式及内容
(一)优化了财务报表的内容和格式
1.报表的内容。新制度专门设置了一个章节对合作社财务报表的定义、内容和构成等进行了详细规定。新制度下，合作社财务报表包括会计报表及其附注。其中，合作社的会计报表包括资产负债表、盈余及盈余分配表、成员权益变动表等。
2.报表具体格式。新制度删除了原会农社01表资产负债表中关于盘亏、毁损和报废、无法收回、尚未批准核销的应收款项、存货、对外投资、农业资产、固定资产、在建工程等有形资产以及注销和无效、尚未批准核销的无形资产等补充资料的填报。
(二)调整了盈余及盈余分配表的列报项目及顺序
总之，与原制度相比较，新制度从制度体系上就将合作社会计制度和财务制度作了明确区分，新制度聚焦规范合作社会计核算，专业性和实操指导性更强。同时，新制度充分考虑新时代农民专业合作社多元化、综合化发展的趋势，补充完善了有关会计科目和账务处理，充实了涉税业务、财政补助资金等核算内容，对现行制度下存在的诸多缺陷与不足进行了规范性调整和完善，满足了合作社多元化资产类型、多种业务范围以及各种新业务的核算需要，有利于促进合作社精细核算，提升会计核算水平和会计信息质量，为乡村振兴战略实施提供重要的经济信息和财务数据支撑。