菌种的质量直接关系到产量的高低和栽培的成败。菌种质量好，加上合理的栽培管理，就容易获得高产稳产;菌种质量差，难于获得高产，甚至绝收。因此，优质的食用菌菌种，是广大菇农栽培食用菌获得高效益的先决条件。
二、菌种的类型
1.菌种的分级
菌种根据使用的培养基不同和用途不同，分为母种、原种和栽培种(也称生产种)三级，并相应地分别称为一级种、二级种和三级种。
(2)原种。是把培养好的一级菌种接种到木屑、棉籽壳、麦草、稻草、谷粒等为主的楷体培养基中扩大培养所得到的种，常以透明的玻璃瓶或塑料瓶为容器，也称为瓶装种或二级菌种。原种主要用于菌种的扩大培养，有时也可直接出菇。
(3)栽培种(生产种)。是为适应大规模栽培(生产)的需要，由二级菌种扩大培养而得到的菌种，常以塑料袋为培养容器，也称为袋装种或三级菌种。栽培种一般只用于生产，不能用于再扩大繁殖菌种，否则会导致生活力下降，菌种退化，给生产带来减产或严重损失。
2.菌种的类型
食用菌的种型主要分为固体菌种和液体菌种两类。
(1)固体菌种。是在固体斜面培养基上培养得到的菌种。根据培养原料的不同可分为下面多种：
①琼脂等菌种。常用的有琼脂、马铃薯、葡萄糖培养基(简称PDA培养基)，胡萝卜培养基等。
③谷粒菌种。是以小麦、大麦、燕麦、黑麦、玉米、高粱、谷子等禾谷类种子为主要原料制备的菌种，其中以小麦*常用。麦粒菌种具有菌丝生长快，生活力强等优点，但要注意防止老鼠偷食。
⑤木块菌种。是以圆柱形、锥形或楔形小木块为主要原料制备的菌种。用于银耳、木耳、香菇等的段木生产和代料人造菇木生产上。
(2)液体菌种。是采用液体培养基，接入菌种，经培养而得到的菌种，菌丝体在液体中呈絮状或球状。液体菌种采用摇瓶培养和深层发酵技术培养，具有发菌快，周期短，菌龄一致等优点，但所需设施比较昂贵，目前尚未在生产上大面积应用。