食用菌菌种分三种即母种（一级种）、原种（二级种）、栽培种（三级种）
1.制作母种（一级种）
1.1菌种采集?
选择健壮无病虫害的食用菌子实体。经表面消毒后，放在无菌的厚纸上，使子实体菌褶向下，在通风条件下经过12--24h，等子实体放出孢子后，将纸折叠起来风干，放入塑料袋中，里面放几粒干硅胶，封好口，放入2--4℃冰箱中，可保存起来长期备用。
1.2母种培养基制作?
配方：马铃薯200g、琼脂20g、葡萄糖20g、纯净水1000ml。
先把马铃薯切成大约1cm大的小方块，放入1000ml纯净水中煮30min，过滤后加入琼脂、0.2-0.3%的磷酸二氢钾、再加入20g葡萄糖，溶解后分别装入试管，每个试管装量1/5-1/4，用棉塞封好试管口，外加塑料膜扎紧，放入压力灭菌锅1.3㎏/cm灭菌30min，待温度降至60℃将试管摆成30-35度倾斜面，冷却后观察几天，无受到杂菌污染即可接种，孢子液用灭菌的自来水将孢子稀释，在无菌操作环境下将孢子悬浮液移到试管琼脂斜面上，在25℃下培养，很容易萌发生长成菌丝，然后用石蜡封口置于4-5℃恒温箱中可保存6个月。
2.制作原种（二级种）
将木屑78%、麦麸20%、糖1%、石膏1%加入水拌匀（100kg料加125kg水），培养基原料拌匀后拿试纸测ph值，ph值在6-7为宜，然后装入大口的罐头瓶至瓶肩部，将培养料压平压紧，抹干净瓶的培养料，拿完好无破损的塑料薄膜扎紧瓶口，放入压力灭菌锅1.4-1.5㎏/cm灭菌1.5-2h，冷却至25℃即可进行无菌接种，用接种针从母种试管斜面上挑取少量菌丝体接入瓶中，接种后在25℃恒温箱中培养30d菌丝可长满，即可作为原种（二级种）。
3.制作栽培种（三级种）
栽培种就是将原种扩大繁殖，栽培种培养基制作和原种培养基制作一样，装瓶方法一样，但是因为栽培种菌种数量远远大于原种数量，生产上栽培种灭菌需利用室外专门的常压灭菌室灭菌，即盖一个两米见方的灭菌室，里面支一口大铁锅注满水，锅上放木板，将装入瓶中的培养基整整齐齐码在木板上方，点火加热至100℃，保持10-12h，待自然冷却至不烫手转入室内，到培养基降温至25℃即可进行无菌接种。一瓶750ml的原种可接70-75瓶左右的栽培种，接种后在25℃恒温环境中培养30天菌丝长满，即可作为栽培种（三级种）。原种和栽培种在培养菌丝期间每3d要检查一次，以去除被杂菌污染的菌种并做无害化处理。
二、食用菌菌种的保存方法
食用菌菌种保存的原理是利用低温、干燥、缺氧等手段来降低菌丝体的新陈代谢作用，以保持菌种在生理、形态、遗传上的稳定性。食用菌菌种保存的方法有很多，但对于中小规模的食用菌生产者来说，一些简单的土办法经济实惠，效果也不错，这里主要介绍4种常用的食用菌母种保存方法：
1.斜面低温保存母种法
这是最普遍最简单的一种保存方法，也是在食用菌的生产中最常用的菌种保存方法。菌种在斜面培养基上成熟后，放到恒温箱中5℃保存，每隔7个月移植转管一次，在菌种的保存过程中要保证琼脂湿度适宜，此法适宜90%以上的食用菌菌种的保存，但不宜保存草菇菌种，因为草菇是高温型菌种，要在10-12℃保存，4-6℃低温容易引起菌丝体死亡。
2.石蜡封口保存母种法
把蜡纸裁成7cm见方，放入高度酒精中浸泡2-3min，点燃酒精灯，将母种试管管口在酒精灯上烤一圈，用浸泡好的蜡纸扎紧试管口，将蜡纸完全浸入融化的石蜡液体中，使蜡纸紧紧贴在试管壁上，等石蜡凝固后检查不漏气，放到恒温箱中5℃保存。
3.玻璃纸封口保存母种法
用明胶15g、硫酸铜2g、美蓝指示剂2滴溶于100ml热水中，配制成封口剂，将培养好的母种试管口朝下蘸上封口剂，贴上消毒好的玻璃纸。放到恒温箱中5℃保存，此法可保存菌种一年以上。
4.菌丝体液体保存法
5.麦粒保存法
首先选无病虫害的小麦，在20℃的水里浸泡5h，使麦粒的含水量在25%，取出凉干麦粒表面水分，装入试管，每个试管只能装1/3，然后用高压锅在压力120kg/cm下保持40min。将试管从高压锅中取出摇散麦粒，接入一滴菌丝悬浮液并摇一摇，使菌丝悬浮液均匀地沾满麦粒，放在温度25℃环境中培养，待大多数麦粒出现菌丝即可拿出，放在5℃恒温箱中保存。此法可保存母种一年半以上。