1、一级菌种：琼脂煮好后分放至试管并消毒，然后斜放试管，待冷却后接种。接种后用塞子将试管口堵上，置于培养箱内培养得到一级菌种。
2、二级菌种：将煮熟大豆及谷粒置于无菌条件下晾干，然后装入玻璃瓶中并密封，接着置于高压锅中高压灭菌，之后将一级菌种接种至玻璃瓶中并封口，于培养室培养。
3、三级菌种：制作方式与二级菌种基本一致，培养基一般选用煮熟的麦粒、玉米粒及棉籽。
一、怎么制作菌种
1、一级菌种
（1）向烧杯内放入切成块的土豆，然后煮30多分钟，煮好后过滤溶液备用。
（3）煮好后，将汁液分放至试管，再用高压锅消毒杀菌。消毒后将试管斜放，直到冷凉凝固后即可开始接种。
（4）用酒精对嫩蘑菇做杀菌处理，然后在无菌箱内切成小块，接种至琼脂基质上面。
（5）用塞子堵上试管口，再将琼脂基质放入培养箱内，待长满菌丝后即可形成一级菌种。
2、二级菌种
（1）将煮熟的大豆和谷粒置于无菌的条件下晾干，再装入经过高温杀菌的玻璃瓶内。
（2）将瓶子封口，放入高压锅中，经高压灭菌后放在无菌室冷凉。
（3）将培养瓶放至无菌箱内，再放入一级菌种，用的小匙挖出黄豆大小的菌种接种入玻璃瓶。
（4）接种后要封口，再将玻璃瓶放到培养室中，待长满菌丝后即可备用。
3、三级菌种
（1）制备方式与二级菌种基本一致，培养基可使用煮熟的麦粒、玉米粒及棉籽。
（2）三级菌种的菌丝长满后即可取出来培育，经历三级菌种的培育后可完全制成平菇菌。
二、菌种选育的优缺点
1、自然选育
（1）优点：方便操作，而且可以纯化菌种，防止菌种衰退，确保生产的稳定性，通常也可以提高产量。
（2）缺点：工作量大，效率比较低，而且进展也比较慢，自然突变的机率比较小，通常比较难筛选到理想的菌株。
2、诱变育种
（1）优点：突变率一般比较高。
（2）缺点：遗传性质不太稳定。
3、杂交育种
（1）优点：将同一个物种里的2个或者多个优良性状集中在一个新品种中，一般可以产生杂种优势，从而获得比亲本品种更强，或者表现更好的新品种。