菌肥，顾名思义就是菌+肥，菌就是各种有益微生物，肥可以是有机肥，也可以是氮、磷、钾、中微量元素等无机肥料。
这里需要注意，生物防治作用的菌剂（淡紫拟青霉、苏云金芽孢杆菌等），不属于肥料。
其他分解土壤农药、重金属、调节酸碱度的生物修复菌剂、加速有机物腐熟的腐熟剂，不属于肥料的功能，不做延伸。
菌肥的主要作用，是由活菌决定的。
一、菌肥的作用有以下几方面：
1、改善土壤养分供应状况
菌肥主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解、释放。菌剂在代谢过程中释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，使被土壤固定的无效肥料转化成有效肥料，改善了土壤中养分的供应情况、通气状况及疏松程度。
2、促进作物生长
菌肥的使用，促进了刺的产生，调节、促进作物的生长发育。菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生。
3、增强作物抗病抗逆能力
菌肥中部分菌种具有分泌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病和；大量的田间试验证明，菌肥的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。如对棉花黄枯萎病，稻瘟病，小麦的白粉病、茎腐病，蔬菜猝倒病、立枯病、青枯病等有一定的防治和抑制作用，大量实验表明地恩地微生物菌剂可有效抑制某些种类线虫病的发生。菌肥还有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性，从而有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高产量、改善品质
使用微生物肥料可以提高农产品中的维生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸盐含量，使生产出来的农产品好吃又好看，卖个好价钱。可不同提高作物产量20-30％。
二、菌肥的正确施用
菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，遇风天还会发生被风吹跑，可与有机肥混合深施效果较好，也可以与营养土混合用于蔬菜育苗，也可在蔬菜定植时穴施或沟施。
（2）菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应靠近作物根系，才能发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2～3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线杀死菌种。
（3）菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15～20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。
（4）保持土壤适宜的温湿度条件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤温度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。在土壤持水量小于30%时要及时浇水，并及时中耕松土以保持土壤墒情、提高土壤温度。
（5）配制营养土：一般取田园土（无农药污染的田园土）60kg，发酵腐熟的人、畜、禽粪便30kg，加复合菌肥10kg，搅拌均匀即可。该营养土可用于农作物、蔬菜、瓜果、果树等育苗、养苗等使用。
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