近年来，由于化学肥料对环境和土壤的严重破坏，不仅污染了环境、使生态不断恶化、土壤出现硬化、酸化、盐渍化等诸多问题，而且降低了农产品的质量。为了促进农业可持续发展，实现以生态、安全、高产、优质、高效为目标，世界各国都在为了找最好的解决方案而不断努力。微生物肥料对土壤改良有很好的效果，土壤中的病害得到了防治，提高了农作物的产量，并且可以使化肥的用量减少，从而保护环境，对促进“绿色生态农业”的发展有很大的帮助。那么，微生物菌肥主要菌种及作用机制有哪些？
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芽孢杆菌类
芽孢杆菌是一大类用于微生物肥料中的菌种，由于其芽孢的独特生物学特性而获得广泛应用。普遍认为，芽孢杆菌生防机制主要有营养和空间位点竞争、抗菌物质产生、溶菌作用、诱导植物抗病性等方面。其生防效果是以上几种方式作用的综合结果。
目前应用比较广泛的芽孢杆菌有：枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、菊糖芽孢乳杆菌。可防治蔬菜、樱桃、葡萄、葫芦和胡桃的白粉病、霜霉病、疫病、灰霉病等病害。
解淀粉芽孢杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)已在美国作为杀菌剂登记，用于防治土传的丝核菌和镰刀菌；也作为植物生长调节剂登记，促进植物生长。中国利用枯草芽孢杆菌防治植病害的应用研究也达到了世界先进水平，现已开发出一批生防作用优良的枯草芽孢杆菌菌株，如Bs-916、B908、B3、B903、B1333、XM16、BII、PRs5、ZH-2。
解淀粉芽孢杆菌国内已分离到多株生防菌株对于细菌性条斑病菌、灰葡萄孢、链格孢、尖孢镰刀菌、黑曲霉、粉红单端孢以及油菜丝盘核菌均有良好的防治效果。
菊糖芽孢乳杆菌是一株既产芽孢又产乳酸生防菌株，目前广泛应用于蔬菜果树等种植中土传病害的防治。
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乳酸菌类
乳酸菌是GRAS（GenerallyRecognizedasSafe公认的安全级）菌株，同时乳酸菌也是一种PGPB（植物促生细菌）菌株。广泛应用于保健品、食品、饲料等领域。乳酸菌应用于农业种植中，不仅可以促进作物生长，抑制杀灭病原菌、诱导作物自身保护机制的启动，还可以改善土壤环境，降低土传病害的发生，解决土质恶化等问题。
目前防病微生物肥料中应用的乳酸菌主要有植物乳杆菌和希氏乳杆菌。乳酸菌发酵过程中可以产生植物生长素类物质GA、IAA、ABA和多种氨基酸，其代谢产物中的多种有机酸能显著增加土壤中游离钙磷离子的含量。产生多种抑菌物质，如苯乳酸、四羟基苯乳酸、3-苯基乳酸、乳酸菌素等，这些物质可以有效抑制农作物病原菌。研究表明乳酸菌可以有效抑制菠菜枯萎病、黄瓜炭疽病、十字花科根肿病等病害。
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霉菌类
目前用于防病微生物肥料中的霉菌主要是木霉属(Trichoderma)的一些种，如：哈茨木霉(T.harzianum)、绿色木霉(T.viride)、康氏木霉(T.koningii)、木素木霉(T.lignorum)、钩木霉(T.hamatum)、长枝木霉(T.longibrachiatum)、多孢木霉(T.polysporum)及绿粘帚霉(T.virens)。哈茨木霉对立枯病、菌核病、腐霉病、灰霉病等多种病害有较好的防效，其发酵液可对采后茄子进行生物保鲜。绿色木霉用来防治蜜环菌、轮枝菌、紫韧草菌、葡萄拟茎点霉和灰葡萄孢等病菌引起的各种病害；木素木霉的干燥孢子处理烟草的株穴可防治白绢病。
用于线虫防治的微生物肥料中的霉菌主要用淡紫拟青霉和普可尼亚厚垣轮枝菌。厚垣轮枝菌能有效地寄生根结线虫卵和雌虫，普可尼亚厚垣轮枝(V.chlamydosporium)能寄生南方根结线虫、花生根结线虫、大豆胞囊线虫的卵和雌虫,是一种重要的线虫生防菌。这两种霉菌可以有效寄生于线虫的卵和雌虫，有效降低线虫的侵染几率。
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假单胞菌类
假单胞菌是生防微生物的重要类群，也是自然界分布最广的微生物之一，其繁殖快、定殖能力强、营养要求简单，具有抑制多种植物病害和促进植物生长的作用而被广泛研究。同时假单胞菌是根际中重要的细菌，对于维持作物根际的微生物态平衡起着重要作用。目前应用于防病微生物肥料的主要假单胞菌有：荧光假单胞菌、铜绿假单胞菌和绿针假单胞菌。其中绿针假单胞菌对于烟草黑胫病、辣椒疫病、瓜类枯萎病及果蔬灰霉病防治效果良好。
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防病微生物生防机制
防病微生物的生防机制是多种多样的,如产生抗菌素、重寄生、溶菌作用、竞争作用和诱导抗性等。由于大多数据是在试验条件下获得的,而田间条件要复杂的多，所以实际上可能两种或三种机制同时起作用，也可能是在植物不同部位或不同发育时期某一机制在起主要作用。总结如下表：