菌种退化是指整个菌体在多次接种传代过程中逐渐造成菌种发酵力(如糖、氮的消耗)或繁殖力(如孢子的产生)下降或发酵产物得率降低的现象。对此，首先要鉴定是否由于染菌引起产量下降或菌种生长延缓，可直接进行镜检判断或采用划线分离来确定是染菌还是菌种退化；其次要判断是否由于培养条件引起的暂时性变化，可通过培养几批菌种观察生长代谢情况来确定。
菌种退化的原因有两方面：一是菌种保藏不妥；二是菌种生长的要求没有得到满足，例如，遇到某些不利的条件，或失去某些需要的条件，或诱变型新菌株发生回复突变而丧失新的特性。
如果发现菌株已经发生退化，产量下降，则要进行分离复壮。因为在菌种发生衰退的时候，并不是所有的菌体都衰退，其中未衰退的菌体往往是经过环境考验的、具有更强生命力的菌体。因此，采用单细胞菌株分离的措施，即用稀释平板法或平板划线法，以取得单细胞长成的菌落，再通过菌落和菌体的特征分析和性能测定，就可获得具有原来性状的菌株，甚至性状更好的菌株。对于某些菌种，还可配合其他办法分离单细胞菌株，如对芽孢杆菌，可先将菌液用沸水处理数分钟，再用平板进行分离，从所剩的孢子中挑选出最优的菌体来。
如果遇到某些菌株，即使进行单细胞分离仍不能达到复壮的效果，则可改变培养条件，以达到复壮的目的。例如，AT3.942栖土曲霉的产孢子能力下降，可适当提高培养温度，恢复其能力。同时，通过实验选择一种有利于高产菌株而不利于低产菌株的培养条件，能够得到产量较高的菌株。如果将单菌落分离和一定的培养条件相结合进行复壮，则更为有效。
此外，产生退化现象的原因多为基因突变，所以使用诱变剂处理，对退化类型的菌株具有杀伤力，则经诱变剂处理后再进行单菌落分离，就可得到复壮的菌株。同样道理，其他不具诱变作用的物理和化学因素也可用于复壮处理，但需针对具体菌种进行具体分析，以采用的复壮方法。
2022第九届国际生物发酵产品与技术装备展览会（济南）
2022年7月14日-16日|山东国际会展中心（济南市日照路1号）
4展联动、600+品牌、共享36000+买家、40000㎡展示面积
同期举办：中国（山东）精酿啤酒展、中国（济南）玉米深加工产业展、中国国际酿造技术装备（山东）展、济南国际药机展
支持单位：山东省商务厅、山东省工商业联合会、山东省工业和信息化厅
主办单位：中国生物发酵产业协会
承办单位：上海信世展览服务有限公司
协办单位：山东省生物发酵产业协会、山东省水处理协会
院校单位：中国医药教育协会、中国食品发酵工业研究院、中科院天津工业微生物研究所、江南大学食品学院、山东省科学院生物研究所、齐鲁工业大学、华东理工大学、河南工业大学、浙江科技学院、华南理工大学
BIOCHINA2022目前已成为生物发酵产业年度不可缺席的行业盛会，展品覆盖、生物工程、发酵工程、细胞工程、蛋白工程、医药、生物医药（抗生素、疫苗等）、生物饲料、生物农药、生物肥料、生物化工、发酵产品（氨基酸及有机酸、淀粉及淀粉糖、酵母及衍生物、酶制剂、发酵功能制品）、食品饮料、酒等生产加工所需的各种新产品、新技术、新装备、新工艺，打造集“展示、商贸、学习、交流”为一体的综合服务平台！