2025年化肥进口关税配额总量为1365万吨。其中，尿素330万吨；磷酸氢二铵690万吨；复合肥345万吨。
2025年化肥国营贸易关税配额数量分别为：尿素297万吨，磷酸氢二铵352万吨，复合肥176万吨。国营贸易企业中国中化集团公司、中国农业生产资料集团公司在国营贸易总量内申请关税配额。
2025年化肥非国营贸易配额数量分别为：尿素33万吨，磷酸氢二铵338万吨，复合肥169万吨。非国营贸易企业在非国营贸易总量内申请关税配额。
2025年化肥进口关税配额实行先来先领的分配方式。凡在工商行政管理部门登记注册的企业，在其经营范围内均可申请化肥进口关税配额。
企业申领化肥进口关税配额实行先来先领，直至化肥进口关税配额总量申领完毕。企业申领化肥进口关税配额时，其可申领的起始关税配额数量根据以往实际关税配额使用情况设定，在起始关税配额数量内企业可分次申领《化肥进口关税配额证明》。企业报关进口后或将未使用的化肥进口关税配额退回后，可在不超过起始关税配额数量的范围内再次申领化肥进口关税配额。
2025年起始数量以2024年起始数量为基础，并按2024年核销率进行调整：
（一）核销率在80%以上的企业，上调40%；
（二）核销率在50%—79%的企业，上调20%；
（三）核销率在25%—49%的企业，维持不变；
（四）核销率在25%以下的企业，扣减50%；
（五）2024年之前有业绩，但2024年没有申领化肥进口关税配额证明的企业，起始量维持不变；
（六）新申请企业：起始关税配额2000吨。
（七）2025年关税配额起始申领量最高不超过50万吨，最低不低于2000吨。
自2022年9月29日起，全国范围试点实施《化肥进口关税配额证明》电子数据与报关单电子数据的联网核查。企业向受商务部委托的化肥进口关税配额发证机构（以下简称关税配额发证机构）申领化肥进口关税配额，需提供以下材料：
（一）《化肥进口关税配额申请表》及申明报送材料真实性的承诺函；
（二）具有法律效力的进口合同或委托代理的进口合同；
（三）银行信用证或其他付汇凭证；
（四）提单或其他能证明货物所有权的有效凭证；
（五）关税配额管理机构要求出具的其他材料；
（六）2025年度内首次申领的新申请企业除提供上述规定材料外，需同时提供营业执照及企业代码，中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业需提供批准证书或依据《外商投资企业设立及变更备案管理暂行办法》取得的备案回执。
各关税配额发证机构负责受理所在地企业化肥进口关税配额申请，并在5个工作日内为申请材料齐全、符合条件的企业签发《化肥进口关税配额证明》。
首次申领化肥进口关税配额的企业，可通过各关税配额发证机构以邮寄、快递、现场提交的方式向商务部行政事务服务大厅提交申请和上述第六条第六款所要求材料。经商务部审核备案后，企业即可向关税配额发证机构申领化肥进口关税配额证明。
《化肥进口关税配额证明》有效期3个月，最迟不得超过2025年12月31日。延期或者变更的，需重新办理，旧证撤销同时换发新证，并在备注栏中注明原证号。
企业在报关进口的10个工作日内，通过商务部业务系统统一平台向关税配额发证机构提交预核销已使用《化肥进口关税配额证明》的申请。预核销的已使用关税配额不计入企业可申领的起始关税配额数量，企业可按预核销数量再次申领《化肥进口关税配额证明》。企业办理全部付汇、清关手续后，需通过商务部业务系统统一平台向关税配额发证机构提交正式核销已使用《化肥进口关税配额证明》的申请。正式核销手续应在清关后3个月内完成。
对于确需延期付汇的企业，需由企业出函说明情况，并承诺在付汇后，持银行出具的境外汇款申请书（企业联）到关税配额发证机构正式核销。
企业需将未使用或未全部使用的《化肥进口关税配额证明》在有效期满后15个工作日内向关税配额发证机构提出退回申请。企业退回的未使用化肥进口关税配额数量归入全国未使用化肥进口关税配额总量。
商务部配额许可证事务局负责全国《化肥进口关税配额证明》核销工作的监督和管理，并将分季度监测、公布企业《化肥进口关税配额证明》的核销率，即企业已核销数量（含预核销数量）/企业已申领总量。
商务部配额许可证事务局督促关税配额发证机构提醒第一季度末累计核销率低于25%的企业及时交回未用关税配额，对第二季度末累计核销率低于25%的企业给予警示和警告，对第三季度末累计核销率低于25%的企业，采取扣减50%起始关税配额数量、暂停发放新的《化肥进口关税配额证明》等措施。
企业全年核销率将作为该企业下一年度起始关税配额数量的设定依据。
化肥进口关税配额剩余量不足年度配额总量20%时，商务部配额许可证事务局将每半个月公布一次全国化肥进口关税配额剩余数量。
申请企业应遵守国家安全生产等有关法律法规，对其报送材料的真实性负责，并同时出具加盖企业公章的承诺函。企业如有伪造、变造报送材料的行为，将追究其法律责任。
伪造、变造或者买卖《化肥进口关税配额证明》的，将追究其刑事责任。
对有上述违法行为的企业，关税配额管理机构3年内不受理其《化肥进口关税配额证明》申请。
自2024年12月15日起，关税配额管理机构受理化肥进口关税配额申请并发放2025年《化肥进口关税配额证明》。