农产品供应链管理是当今国内外研究的热点之一，农产品供应链管理是其中的一个重要的研究方向，并成为农产品生产、加工、交易和流通企业有力的竞争工具之一。随着农产品贸易自由化、全球化进程的加快，农产品从最初的生产到最终用户的管理行为日趋复杂，对农产品安全与质量的要求日益严格。
在这种形式下，农产品的生产经营单位应从组织生产、满足日益变化的个性化需求、降低物流运作成本、严格农产品安全与质量出发，由农产品生产者到消费者组成的供应链管理来协调解决这些问题。
1.对农产品供应链管理的市场导向观念认识不足，难以形成计划、生产、运输、交易销售、服务和监管为一体的食用农产品供应链。大部分农户、经销商一盘散沙，农户生产或养殖的产品直接交由经销商收购，或者直接去农贸市场销售，没有计划性，对市场变化反应慢。生产组织分散，经营规模小，组织化程度低，削弱了供应链组织的竞争优势。
2.食用农产品供应链组织中缺乏真正有领导能力的核心企业。在现实的管理实践中，食用农产品供应链的核心企业多是加工生产企业或销售企业，然而这些企业受自身规模的影响，或过多地考虑自己的利益，在供应链中所起的领导作用不明显，这削弱了食用农产品供应链作为战略联盟的整体竞争优势。社会化资源整合能力的不足等使得供应链管理中参与各方处于断裂或较少关联的自流状态下，形不成供应链的一体化组织协同运作。
3.市场竞争的无序导致供应链人为割裂，供应链一体化程度低。首先，食用农产品市场法律法规建设的薄弱和区域性壁垒导致市场分布的人为割裂;其次农产品交易的市场体系、交易方式、服务手段建设的落后，很难使全国农产品供应链形成统一高效的一体化网络。
4.农产品供应链流通基础设施建设落后，缺乏统一的食用农产品供应链质量安全管理信息平台;冷链物流建设落后;食用农产品供应链质量监管体系不健全，等等。
5.不重视供应链管理中极为关键的信息化平台的搭建，造成信息不对称，从而引起经营成本、管理成本、决策成本、采购成本、运输成本、包装成本、生产加工成本、市场成本无形中被加大和农产品市场价格波动比较大。
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