1.在供应链中各节点企业之间的协作深度低
日本根据调查信息的信息传输效率，商品供应链上的信息，每个企业之间的信息共享水平提高了3%，将可以减少34%的库存，节省23%的流通成本，30%的营业额，增加了23.5%的整个供应链利润。
2.大型连锁超市供应链中的物流发展缓慢
我国物流基础设施相对落后的现象比较严重例如：道路交通状况紧张;包装、集装箱条码标准化程度低;货架、车辆、托盘搬运设备老化严重;大型连锁超市物流是道路、交通、通讯、仓储设施系统工程，因而需要各部门和国家统一监管。
我国物流业社会化、专业化程度不高，大多数的第三方物流发展缓慢;长期受到行业限制;地域分割影响严重;网点小、散、差的状态普遍且不统一;这种状态下的物流配送中心导致供应链的总体效益不高，不能产生规模经济双方的积极性受挫。分散、低效、高耗的物流组织形式，减弱了整个供应链的竞争力。
二、生鲜农产品供应链管理的概述
1.生鲜农产品的供应链
生鲜农产品供应链是一个全面的结构模式，包括农资供应商、农业生产者(生产)、农产品和消费流通，它不仅是一个连接生产-生产-生产-效应-“消失”的物流链，信息链和资金链，而且是一个附加价值链。
2.生鲜农产品的特点
(1)生鲜农产品供应链中参与主体多元化
从生鲜农产品的供应链结构上可以看出，它涉及农业、商业、交通运输业、仓储业、信息服务业、金融业等。由第一产业跨越至第三产业。
(2)生鲜农产品供应链中结构的分散性
从繁杂的种子、化肥等投入供应商、生产者、经销商、消费者的结构特点来看，生鲜农产品的传播由于供应链结构不稳定，经营复杂现象，成本太高。
(3)生鲜农产品供应链中食品安全的严苛性
三、连锁超市主导生鲜农产品供应链的主要问题
1.目前大型连锁超市仍不能成为生鲜农产品供应链的主体
我国生鲜农产品供应链以中国农户的批发市场为核心，即通过简单的包装后的农产品批发市场，以小批量的形式进入农贸市场后。这种模式下的供应链是中国农产品的主导地位。和鲜活农产品供应链管理模式的大型连锁超市应以市场需求为核心，通过投资的大型连锁超市生鲜农产品基地建设、农业协会和农民种养殖行业共同建立稳定的合作关系，并通过自建生鲜农产品物流配送中心，以大型超市连锁店提高无公害生鲜农产品供应链模型。这种超市生鲜农产品供应链的模式还不能成为目前我国生鲜农产品供应链的主体。
2.食品安全的隐患影响了连锁超市的消费者购买
四、生鲜农产品在连锁超市供应链管理发展中的启示
1.大型连锁超市应在政府的支持下继续推进“农超对接”
2.构建大型连锁超市生鲜农产品流通供应链的信息管理体系
(1)大型连锁超市生鲜农产品供应链的资源信息集成
(2)在大型连锁超市生鲜农产品供应链的标准运作功能建立
从业务运作标准体系的角度看，生产阶段生鲜农产品的品级、质量、包装、加工生产状况、种植过程和使用信息都必须纳入到信息数据库。鲜农产品物流信息存储与运输、物流、运营、冷藏、冷链运输、信息及设施等方面还需要包括企业信息数据库。销售阶段信息商品包装的新鲜农产品，销售单位，显示信息和销售信息也需要包括业务系统，根据业务信息管理功能的各种标准。