甲公司向A市工商行政管理局发出请求函，请求对该局辖区内的乙公司制造的侵犯其商标权的保温杯和包装的行为进行查处。A市工商行政管理局进行查处后，出具行政处罚决定书，认定乙公司使用的商标与甲公司的注册商标构成近似，侵犯了甲公司的注册商标专用权，决定对乙公司处以责令立即停止侵权、罚款2万元、销毁侵权物品的处罚。乙公司亦作出不再侵权的承诺。因甲公司再次发现乙公司存在侵权行为，遂起诉至法院要求判令乙公司停止侵权并赔偿损失30万元，法院认为乙公司行为侵犯了甲公司注册商标专用权，且重复侵权，侵权故意明显，遂全额支持了甲公司索赔请求。
在另一起案件中，甲公司起诉乙公司侵犯其外观设计专利权，该专利产品主要用于摩托车外壳，要求判令乙公司停止侵权并赔偿经济损失20万元。在提起民事诉讼的同时，甲公司向当地知识产权局提出行政举报，主张被控侵权产品的使用单位丙公司（摩托车整车生产单位）的产品侵犯其外观设计专利权。当地知识产权局在立案后，考虑到专利侵权民事诉讼尚未审结并作出生效裁判，遂中止了该行政案件的处理。
知识产权行政保护与司法保护相结合组成了我国知识产权公力救济模式——“双轨制”模式。但是在实践中，在当事人同时选择行政保护和司法保护时，难免会出现一些冲突。一旦行政机关对侵权行为所作出的认定结论与人民法院的认定结论不一致，无论孰是孰非，都将严重损害了法律权威，更会让知识产权权利人无所适从。同时，由于行政保护的终局决定必须接受司法机关的复审，即司法最终解决原则的存在，行政行为一旦被人民法院确认错误或无效、撤销，也将挫伤行政机关的执法积极性，损害其执法权威。此类冲突案件的不断涌现，使得如何处理知识产权行政保护与司法保护的配合与衔接成为司法实践的重要课题。为此，本文以行政保护中最具代表性的行政处罚以及司法保护中最具代表性的民事侵权诉讼为视角，对两者之间的冲突及其产生的原因进行系统的梳理和研判，以求能够提出相应的解决对策及完善手段，促进知识产权保护工作的完善和健全。
冲突形成的原因
知识产权行政处罚案件与民事侵权案件产生冲突源于行政权与司法权在知识产权保护方面的竞争，其产生并始终存在的核心原因还在于：
立法因素。我国在知识产权方面的立法均在赋予权利人采取民事诉讼方式制止他人侵权的同时，也赋予了权利人通过申请行政机关对侵权人进行行政处罚来制止并惩罚他人侵权行为的权利，这就使得两者发生冲突在理论上成为可能。
职权因素。一些侵犯知识产权的行为不仅损害了私人权益，而且扰乱了正常的社会秩序，侵害了国家与社会公众的利益，加之知识产权的特殊性，就有必要通过司法与行政两种途径对其予以保护，从而使得行政机关和司法机关对于具体侵权行为如何定性则成为两者产生冲突的必然原因。
历史因素。虽然知识产权民事诉讼已经有了长足发展，但是由于我国是个有着五千年悠久文化历史的行政大国，国家行政成为整个社会的重心。我国所推行的知识产权保护工作始终呈现出“从上至下”的模式，部分知识产权权利人在遭遇侵权时依然习惯求助于行政机关而非法院。
成本因素。知识产权的行政保护追求效率，具有成本较低和效率较高的特点，措施比较直接、迅速、有力，程序也相对简单，行政处罚中的权利人心理满足感更强。而知识产权民事侵权诉讼则存在诉讼周期长、费用高、赔偿标准低等缺陷。此外，行政处罚案件中的处罚决定书等行政文书可以作为证明效力较高的证据在民事侵权诉讼中提交，减轻权利人证明责任。
现有模式的弊端
现阶段，处理知识产权行政处罚案件与民事侵权案件冲突的处理模式主要存在以下三种：
一是独立判断。即知识产权行政处罚与民事侵权诉讼互不干涉，各方均可自行审查并作出决定而无需等待对方作出决定。
二是司法优先。即知识产权行政处罚以民事侵权诉讼裁判结果为依据，行政机关将以法院生效裁判作为认定事实、作出处罚的依据。
三是行政优先。即知识产权民事侵权诉讼以行政处罚结果为依据，尊重行政机关所作的决定，保持行政执法与民事诉讼的统一。
形成统一的理念
我国现阶段知识产权侵权现象普遍较为复杂，仅仅依靠司法救济保护知识产权太过单薄，急需行政保护，特别是行政处罚这一行政执法方式的支持，所以如何解决这种冲突成为我们必须面对的首要问题。笔者认为，必须引入新的处理模式来处理两者冲突，那就是——统一理念下的行政处罚效力优先、司法终裁。
统一理念，主要包括两个方面，一是统一行政机关内部有关知识产权侵权处罚方面的执法理念；二是统一行政机关与司法机关有关知识产权侵权认定方面的理念。
统一知识产权行政管理部门对于知识产权侵权处罚方面的执法理念。一是健全行政管理部门之间、行政管理部门与企业之间的沟通渠道，建立区域乃至全国范围的知识产权预警机制，统一各机构执法理念，鼓励执法、集中执法；二是建立并培养专业的知识产权行政执法队伍，不断提高专业化执法水平和执法效率。
行政处罚优先，主要包括两个方面：一是证明效力的优先，二是维权手段的优先。
证明效力的优先。主要指在处理知识产权民事侵权诉讼中，若所涉侵权行为已为行政职能机关出具的发生法律效力的行政公文（如行政处罚决定书）所确认的事实，当事人可无需再举证证明。
维权手段的优先，主要指在知识产权保护中，鼓励权利人首先选择行政保护（特别是行政处罚）的途径制止他人侵权行为，其次才是司法保护。知识产权已经不是一种纯粹的私权，而是一种具有公权因素的私权。加强知识产权行政保护既是国际大势所趋，也是我国知识产权保护的现实要求。知识产权行政保护是一种基于职权的主动保护，其基层机构数量更多，也更贴近普通民众，启动程序简单、启动成本低，处理措施直接、迅速、有力，处理程序也相对简单，制裁及保护效果更佳。所以，对于知识产权侵权案件，应当充分发挥中国特色，鼓励当事人首选行政保护，而司法保护应当只有在行政机关无法就侵权赔偿责任达成调解时介入侵权诉讼。
司法终裁，是指司法机关通过行政诉讼对行政机关的具体行政执法行为进行审查。司法应当充分利用行政权威推广知识产权保护理念，借行政“东风”营造知识产权保护氛围。同时，伴随着知识产权审判“三合一”的不断推进，知识产权刑事、行政、民事案件的审判理念将逐步统一，民事诉讼、行政执法及行政诉讼的工作理念、判断标准、审查尺度都将完全相同。
解决冲突的建议
笔者认为，就法院而言，可以在以下几个方面进行努力，以构建解决知识产权行政处罚案件与民事侵权案件冲突的新审理模式：
全面推行知识产权三合一，促成司法内部统一。通过构建大知识产权审判格局，逐步推行知识产权三合一审判模式，全面整合知识产权民事、刑事、行政审判力量，避免因行政法与民事审判标准不一致产生的冲突。
强化行政诉讼法实施力度，加强司法对于行政行为审查。司法机关应当充分利用对于具体行政行为的合法性审查这一手段，加大对于知识产权行政诉讼案件的审查力度，强力推行法院有关知识产权保护方面的理念和做法，通过司法权的实施影响行政权的执行，监督并支持行政机关依法行政，保护知识产权。
加强司法机关与行政机关的协商，出台能为各方所接受的司法解释，促进法律观点统一。一方面，司法审查作为外部因素，可通过行政诉讼、司法建议等形式传递法院对于知识产权侵权判定的原则、理念，逐步对知识产权行政执法施以影响；另一方面，各级法院可以主动加强与行政机关的协商，出台一些能够为各方普遍接受的司法解释、行政规章、通知、会议纪要等文件，督促行政机关从内部规范其知识产权保护执法工作。
加强基层司法机关与行政机关的协调，统一意见。地方各级有知识产权案件管辖权的法院，应通过联席会议、通报会、座谈会等多种形式加强与同级有知识产权行政执法权的行政机关的沟通协调，通过对个案、处理方式、处理理念的统一，以点带面、以类带片，求同存异，统一执法尺度，逐步推行行政机关与司法机关执法观念的统一。