种植业化肥污染。2013年，我国农业种植化肥施用量为5911.9万吨，比2000年增长42.3%，比2010年增长6.3%。长期以来，我国农村盲目施肥、过量施肥现象普遍，存在不少问题，主要表现在以下方面。
一是不同区域化肥施用量严重失衡。经济发展水平较高的东南沿海和中部灌溉区域化肥投入水平高，华东、华南、华北、华中地区单位播种面积化肥施用量远高于全国平均水平，而西北、西南和东北地区低于全国平均水平。2010年全国各省(自治区、直辖市)仅有甘肃、西藏、贵州、黑龙江、青海5个地区低于225千克/公顷(国际公认的化肥施用安全上限)。其中，海南、天津、福建、广东、陕西、河南的单位播种面积化肥施用量是安全值的两倍以上。
东南沿海地区降雨量大、河网发达，农业种植超量施用化肥，化肥流失率高，导致河流氮、磷等营养性物质超标，出现水体富营养化；中部灌溉区域降雨量适中，大部分地区为平原地区，由于大面积农业种植，造成化肥施用总量高，氮、磷等下渗对地下水构成严重的影响。
种植业农药污染。我国是世界第一农药消费大国，单位面积化学农药的平均用量比世界平均用量高2.5倍～5倍。目前我国农药的利用率不足30%，2010年我国农药施用总量51.94万吨，流失量为31.31万吨，流失率为60.3%。其对土壤、水源、空气及农副产品产生了极大危害。农药残留超标已成为我国食品安全面临的主要问题之一。
畜禽养殖业污染。畜禽养殖业已经成为我国的主要污染源之一，其主要原因有两方面：一是我国规模化畜禽养殖业近年来得到迅速发展，规模化畜禽养殖独立于农业种植，造成畜禽养殖产生的粪尿等废弃物无法合理利用，随意堆放或直接排入环境造成严重的污染问题。二是我国畜禽养殖业生产成本较高，养殖业利润较低，而养殖废弃物COD、氮、磷等污染物含量高，采用工业化治理技术进行处理的投资和运行成本高，养殖企业现有利润无法支撑。这造成养殖废弃物得不到合理治理，偷排、过量施用等现象严重，造成养殖业对环境的严重污染。《第一次全国污染源普查公报》显示，全国畜禽养殖粪便产生量达24344万吨，尿液产生量为16255万吨。我国规模化畜禽养殖业化学需氧量、总氮和总磷排放量达到1268.2万吨、102.48万吨、16.04万吨，分别占农业源主要水污染物排放量的95.8%、37.9%和56.3%，占全国主要污染物排放总量的41.9%、21.7%、37.9%。
水产养殖业污染。水产养殖污染在农业污染中所占比例较小，但水产养殖污染大部分直接影响当地水环境，其影响和危害也不容忽视。随着集约化水产养殖的发展，部分河流、湖泊围网养殖飞速发展，大量的饲料和添加剂被使用，未能充分利用的饵料和水产养殖业的排泄物造成水体营养物含量超标，引起水体污染。
农业面源污染防治对策及措施
农业面源因其量大、面广，发生的随机性，导致农业面源污染治理的难度大，与工业和生活等点源污染的治理存在本质区别。为全面、有效控制农业面源污染，急需探索适合我国特点的污染防治措施和对策。
首先，转变农业环境污染管理方式。农业面源污染防治不能仅仅依靠各类工程措施，更应建立在科学管理的基础之上。运用治理工业点源的工程治理思路来治理农业面源污染，只能起到一时一地的污染防治作用，不能从根本上改变我国农业面源污染的现状。应在遵循统一性原则、可行性原则、差别化原则和配套性原则基础上，建立农业环境管理制度体系(农业源头投入总量控制制度；农业环境影响评价制度；农业产业准入制度)、农业环境友好的三级技术标准规范体系和农业环境政策体系。根据农业污染特点和治理难度，从有利于源头控制的角度考虑，从农业产业结构调整、农业准入、农业技术政策、生产规范标准、农业绿色补贴等方面着手，确定农业环境污染管理方式，以便有效支撑农业污染物减排、农业增效和农民增收相统一。
第四，落实农业区域环境质量目标责任。以科学发展观为指导，按照法规规定，强化县级以上农业行政管理部门、环境保护部门、国土资源管理部门、林业部门等在农业生态环境保护上的职责，加大工作力度，在资金和政策措施上给予保障。地方各级农业行政管理部门、环境保护部门、国土资源管理部门、林业部门要加强工作配合，可以通过建立农业生态环境保护联席会议制度等方式，保证各部门在日常工作中加强沟通和团结合作；各部门内部也要将职责分工落实到业务部门和人员，为农业生态环境保护工作落实提供组织保证。
作者单位：许振成、贺德春，环境保护部华南环境科学研究所；吴根义，湖南农业大学
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农业面源污染的产生，是由于农业生产活动中过量和不合理的肥料、农药、农膜等生产资料的投入，不合理的耕作方式和作物秸秆处理、畜禽粪便与污水随意排放等活动，直接或间接地将各种污染物排入环境中，引起土壤、水、大气环境质量下降，从而对人类和农业生物生存产生危害。
根据《第一次全国污染源普查公报》，2007年我国农业源排放化学需氧量1324.09万吨，总氮270.46万吨，总磷28.47万吨，分别占全国污染物总排放量的47.3%、57.2%、67.3%。农业源污染物排放量已经超过生活源和工业源，成为主要污染源。
随着近年来对环境保护的重视，工业、生活污染得到深入治理，污染物排放量得到一定程度的控制，农业污染治理也提到了重要地位。“十二五”期间，国家将以规模化畜禽养殖为重点的农业污染物减排纳入目标责任考核指标进行考核，农业源污染物排放量得到一定程度的降低。根据《全国环境统计公报2013》，2013年我国农业源排放化学需氧量1125.8万吨，氨氮77.9万吨。但是农业源污染物排放量在全国污染物总排放量中所占比例较高，COD、氨氮排放量分别占到47.8%、31.7%。