目前，我国生产企业增值税出口退税采用的是“免抵退税”方法，即出口环节免征增值税，相应的出口货物所含的进项税额予以退还。免抵退税额＝出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税率，外汇人民币牌价和退税率是由国家发布的，这两个因素不存在风险，出口货物离岸价是出口企业自行申报的，而出口货物离岸价＝出口数量×出口单价。出口退税风险除了进项税额的真实性外，出口数量和出口单价真实性也是出口退税的风险点。
一是虚增用于出口退税的进项税额。
农产品出口企业税收风险有其特殊性，企业可自己开具收购发票计算进项税额，收购金额开多开少事实上由企业操控，多开收购进项税就可多抵税、多退税，在利益的诱惑下，自开农产品收购发票成为一些企业取得进项税额的“调节器”，在税务管理不到位的情况下，存在骗取出口退税的潜在风险。
有的企业购买的农产品商品原材料，没有取得销售方开具的专用发票来计算进项税额，而是通过自己开具收购发票的办法获取进项税额，这一操作手法让销售方逃了税款，购买方以优惠价购买，进项税额没少抵扣，买卖双方实现了所谓“双赢”。这类出口产品中企业并没有全部负担所含的进项税额，可是国家却把全部进项税额退给了企业，骗税风险极大。
二是虚增出口销售单价获取超额出口退税款。
虚增出口数量或者出口单价，都能虚增出口销售额，相应地虚增出口退税。有些出口企业，在同期销售的同一种产品，内销单价和外销单价相差极大，超出预警值，特别是普通产品，并没有什么技术含量，也不存在垄断经营，在当今互联网销售高度普及的情况下，外商也会货比三家，如果外销价格远远高于内销市场价格销售产品，企业有可能存在通过虚增出口单价骗取更多出口退税的风险。
三是将收购的非自产产品按自产产品申报出口退税。
出口退税政策规定，出口企业收购的非视同自产产品出口适用增值税免税政策，其进项税额不得抵扣和退税。有些企业将非视同自产的产品也当作自产产品申报退税，特别是出口品种较多的企业，容易脱离税务机关监管，故意混淆出口商品退税属性，浑水摸鱼，将不符合退税要求的外购商品直接申报退税。
四是出口销售额与企业产能不匹配。
企业产能是评估出口退税风险的一个重要指标，产销不匹配，极有可能存在出口销售数量以少报多，或者收购非自产产品出口的问题。
一是加强农产品收购发票的管理。加大农产品收购发票使用的宣传，确保收购发票开具的项目是自产农产品，严禁弄虚作假。核定企业开具农产品收购进项税额预警值，通过测算各种出口产品物耗比，确定农产品收购进项税额占全部进项税额的比例，有效防止虚开收购发票行为。定期深入企业车间仓库，查看非农产品原材料，是否都有增值税普通发票或专用发票入账，且入账数量、金额是否与实际购买量相符。
三是强化对非自产出口产品的监管。现行出口退税政策规定，非列名的生产企业出口非自产的货物（视同自产除外）实行免税处理，不适用免抵退税政策。有的出口企业就有意无意存在出口非自产货物也申报退税的问题，形成出口退税风险。税务人员要定期深入企业车间、仓库进行核查，才能发现问题，调整多退税款，强化监管，做好税收政策宣传。
四是开展对出口企业的产能核算。产能核算必须依靠真实的财务核算，财务核算健全是企业管理的基本要求，有的企业财务管理不规范，账簿设置简单，记账凭证不完整，难以准确记录、核算企业生产的财务数据，财务部门或者生产车间不能提供生产原始单据，有的仓库不能提供保管账，产成品的出入库真实数据就无法与财务部门进行核对等等，财务核算不能真实反映企业经营情况。
建议对出口企业财务核算情况进行常态治理，形成工作制度，并与纳税信用等级评定挂钩，企业财务核算必须能够真实反映生产全过程。仓库必须建立保管账，用以核算原材料和产成品出入库情况，健全财务核算对于防止企业账外经营，确保产能核算的真实性具有重要作用。