如您取得以下发票，直接在【抵扣类勾选】模块进行勾选：
（1）电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票（数电票）
（2）农产品收购发票
（3）从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票
2.进入【发票勾选确认】—【抵扣类勾选】。
3.点击【抵扣勾选】—【发票】模块，【勾选状态】选择“未勾选”，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”，点击查询。勾选对应的发票，点击提交。
二
如您取得以下发票，需要进行【待处理农产品发票】预处理，再进行抵扣勾选：
（1）增值税发票管理系统开具的自产农产品销售发票（税控票）
（2）从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票
A
如收到增值税发票管理系统开具的自产农产品销售发票
进入【上海市电子税务局】—【我要办税】—【税务数字账户】—【发票勾选确认】—【抵扣类勾选】模块。
点击【待处理农产品发票】-【自产农产品销售发票】进入。
录入“开票日期起”、“开票日期止”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择“类型”。点击【提交】按钮，完成操作。
B
如收到从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票
点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下选择何种抵扣标准。
关闭提示信息，录入“开票日期起”、“开票日期止”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择“类型”，勾选后点击【提交】。
三
如您收到税务机关代开的农产品发票，需先进行补录操作，再进行勾选：
（1）代开农产品销售发票
（2）代开3%农产品专用发票
1.进入【抵扣勾选】—【发票】—【代开农产品发票录入】模块。
3.经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】—【发票】模块对这些发票进行勾选。
四
如您取得海关缴款书（进口农产品），直接在【抵扣类勾选】模块进行勾选。
3.点击【抵扣勾选】—【海关缴款书】模块，【勾选状态】选择“未勾选”，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”，点击查询。勾选对应的发票，点击提交。
如何在税务数字账户
进行农产品加计扣除勾选？
温馨提示：只有已归类为农产品深加工企业才能使用该模块，且当月归类，次月生效。对于农产品深加工企业，在实际生产领用时，可加计扣除1%。当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
2.选择“是否用于增值税加计扣除”，并填写“本次加计扣除税额”。