重庆市级肥料登记品种有复混肥料、有机－无机复混肥料、有机肥料和水稻苗床调理剂。
2、肥料样品检测
市农委委托重庆市农业技术推广总站（重庆市化肥商品质量监督检验站）承担重庆市级肥料登记的产品检验工作，申请人不再承担检测费用。肥料样品检验报告由重庆市化肥商品质量监督检验站送交市农委，仅作为省级肥料登记使用。
3、生产企业考核
市农委委托各区县农业行政主管部门承担辖区内申请复混（合）肥料、有机－无机复混肥料、有机肥料以及床土调酸剂登记的生产企业进行现场考核。具体办法按《重庆市农业委员会关于委托区县农业行政主管部门开展肥料生产企业现场考核的通知》（渝农发〔2013〕354号）执行。市农委委托重庆市农业技术推广总站承担部级肥料登记生产企业考核工作。考核单位对肥料生产企业质量管理、生产条件、质量检验和规章制度考核结果的真实性负总责。肥料生产企业的场地和设备要满足生产相应肥料的需要，要有详细的质量控制记录、肥料生产和销售台帐，要建立具有原料和成品检测能力的化验室，没有化验室的企业要委托有肥料检测资质的单位检测，并有相应委托检验协议和质检报告。
对同一生产企业申请同类产品登记时，在第一次考核合格后五年内若生产条件未发生改变，可不再组织生产企业考核，其登记申请资料中肥料生产企业考核表可提交加盖生产企业公章的原考核表复印件，并注明“与原件一致”；如生产企业生产条件发生变化，则需要重新组织考核。对同一生产企业申请不同类产品登记的，需要按照产品种类组织考核。
4、肥料登记的办理程序和有关要求
申请人办理重庆市级肥料登记，须将申报登记材料送达重庆市农业行政审批大厅。用于办理登记肥料样品，应由属地区县（自治县）农业主管部门按有关规范在生产现场抽取并封样，样品量不小于600克。由区县（自治县）农业部门或申请人送到市化肥商品质量监督检验站。检测机构应在25个工作日内完成样品检验并出具检验报告。市农委在接到检验报告后的12个工作日内完成对申报材料的审核及登记证的制作和发放工作。
肥料登记证的有效期为五年。申请人办理肥料登记续展的，应当在登记证有效期满2个月前提出。肥料登记证有效期满后方提出续展登记申请的企业，应重新办理肥料产品登记手续。