在实际工作中，笔者发现总有许多村集体经济组织对上级拨入的资金不能正确核算，或将专项应付款记入村集体的补助收入进行会计核算，年终将上级拨入的所有资金全部由“补助收入”科目转入“本年收益”，虚增了村集体的收益，或将补助收入记入其他收入，不能正确核算上级拨付的补助资金。这些处理方法不符合《村集体经济组织会计制度》规定，结合日常工作及会计制度规定，笔者作以下梳理。
一、村集体补助收入与专项应付款的区别和联系
《村集体经济组织会计制度》规定，补助收入是指村集体经济组织收到财政、其他有关部门和社会团体的各项补助资金。专项应付款是村集体经济组织收到财政、其他有关部门和社会团体拨入的具有特定用途的各项专项资金。虽说补助收入和专项应付款都是指村集体经济组织收到的财政、其他有关部门和社会团体拨入的资金，二者的共性就是无需偿还，但仍存在诸多差异：
(一)拨款界定内容不同。专项应付款一般在拨款时，就明确为某某项目资金，如“能源村建设资金”、“示范村建设资金”和“水利建设资金”等;而且其拨款部门不仅包括国家财政部门，同时也包括其他部门，如农业部门、水利部门、林业部门等，还包括国有企业。而补助收入一般由财政等部门拨入，不明确限定专门用途，一般以“某某补助款”的形式出现。
(三)拨款资金性质不同。从性质上讲，补助收入属于收益性收支，专项应付款属于资本性收支。所谓收益性收支是指该项收支的发生仅仅与本期收益有关。收益性收支计入当期收益，列入村集体经济组织的收益分配表，以正确计算会计主体的当期的收益成果。村集体经济组织行政方面的开支，只涉及一个会计年度，属于收益性支出，上级拨入的款项是收益性补助。所谓资产性收支是指该项收支的发生不仅与本期收益有关，而且与后续会计期间的收益有关，或者主要是与以后各会计期间有关。资本性收支列入村集体经济组织资产负债表，作为所有者权益或资产，以真实反映会计主体的财务状况。购建资产、公益事业建设形成的固定资产开支，将涉及多个会计年度，是资本性支出，上级拨入的款项是资产性补助。
在实际会计核算工作中，村集体经济组织对上级拨入的各项资金，应分清拨入资金的性质，分门别类地选用“补助收入”科目或“专项应付款”科目进行会计处理，以确保村集体的“本年收益”及“会计报表”的真实准确。
二、村集体补助收入与专项应付款的会计处理
(一)“专项应付款”的会计核算
具体账务处理如下：
1.收到上级拨入专款：
借：银行存款
贷：专项应付款
—××建设项目
2.发生支出时:
借：在建工程—××建设项目
贷：银行存款
3.工程竣工后，办理工程竣工决算和工程资金结算：
贷：应付款—某某施工单位
银行存款
4.工程验收交付使用时，结转工程成本：
(1)形成固定资产
借：固定资产—××建设项目
贷：在建工程—××建设项目
同时结转，
借：专项应付款—××建设项目
贷：公积公益金
(2)未形成固定资产
(二)“补助收入”的会计核算
补助收入是村集体经济组织收到财政等有关部门的补助资金，没有特定的用途，是村集体经济组织收入的一部分。
“补助收入”账户属于收入类账户，按补助项目设置明细科目，贷方登记实际收到的财政补助收入数，借方登记财政补助收入的缴回数，平时该账户的贷方余额反映财政补助收入累计数。年终结账时将“补助收入”科目的贷方余额转入“本年收益”科目的贷方，结转后本账户应无余额。具体账务处理如下：