2001年，五角大楼在'9-11'事件中遭到破坏。五名基地组织劫机者将美国航空公司77号航班撞向大楼西侧，造成184人死亡。这是自1812年华盛顿在战争中被英国人烧毁以来，首次发生针对华盛顿政府设施的重大外国袭击。袭击发生后，建筑的西侧被修复，并在撞击点增加了一个小型室内纪念馆和礼拜堂。2008年，一个9人特别节目·五角大楼11事件受害者建造的室外纪念馆开放。
1941年5月，史汀生告诉美国总统罗斯福（FranklinD.RooeveltRoad）陆军部需要额外的空间。1941年7月17日，由国会议员克利夫顿-伍德鲁姆（CliftonWuDrum）就建造新陆军部大楼的提案组织了一次国会听证会。听证会上，吴鼓对陆军部代表尤金提出异议-准将将军雷博尔德向陆军部施加压力'空间问题'提供'整体解决方案'而不是建造更多的临时建筑。雷博尔德同意在五天内向国会议员报告。陆军部要求其工程总监布雷洪-萨默维尔将军提出了一项建设计划。
1941年9月11日，五角大楼建造合同敲定，总金额为3110万美元，五角大楼也在同一天破土动工。布里恩·萨默维尔将军（布雷翁omervell）是这个项目的负责人，莱斯利·格罗夫斯上校（Leliegrove）作为军方首脑，他监督了整个建设过程。在设计要求中，萨默维尔将军要求结构设计应能承受高达1000千帕的楼面荷载，使建筑在当前战争结束后可以长期使用。由于第二次世界大战期间钢材供应短缺，五角大楼被建成钢筋混凝土结构，使用了从波托马克河挖来的680，000吨沙子，并在五角大楼入口处开辟了一个泻湖河。为了尽量减少钢材的使用，建造了混凝土坡道而不是电梯。号建筑的外墙是由石灰石制成的。战争期间，五角大楼的设计和建造节省了建造军舰的钢材。
五角大楼的建筑和结构设计工作与施工同时进行最初的图纸于1941年10月初提供，大部分设计工作于1942年6月1日完成。1941年12月7日珍珠港事件后，设计和建造的压力突然增加，萨默维尔要求在1943年4月1日前提供100万平方英尺（9.3公顷）的空间使用。为了保护邻近的阿灵顿国家公墓的景观，五角大楼的高度被严格限制在24米，表面部分为5层。
海军扩建项目：办公空间的设计和建造、会议/训练室和各种辅助空间以适应海军的存在。
五角大楼纪念馆：为了纪念9·它是为2008年9月11日五角大楼地区的184名受害者建造的建筑始于2006年，于2008年9月11日向公众开放。
以右图为例，从北侧开始顺时针方向移动，其五个立面入口分别为商场平台、河流平台、大厅（或地铁站）南停车场和直升机停机坪。在河的入口处有一个6米长的门廊，它位于东北部，面向华盛顿在河的入口处还有一个阶梯式的平台，作为博林空军基地和五角大楼之间摆渡人的码头。南面的停车场与西南立面相邻，五角大楼的西侧面向华盛顿大道。
五角大楼周围是密集的道路交通网络，五边形市和南部的水晶城是阿灵顿的广泛购物区、商业和高密度住宅区。阿灵顿国家公墓在北部。尽管五角大楼位于弗吉尼亚州美国的六位数邮政编码属于华盛顿特区。国防部长、参谋长联席会议和四个军种都有自己的邮政编码。
主楼分为五个同心的五边形环，分别命名为'A'到'E'地下室还有多余的'F'和'G'环）整个建筑由10条辐条走廊连接，总长17.5英里（28.2公里）E'圆形办公室是唯一可以看到外面的办公室，通常由高级官员使用。建筑内还展示了一些历史展品，主要分布在'A'环和'E'环区域。五角大楼的地下部分被用来'B'和'M'分别代表地下室和夹层。地上有五层，编号从1到5。房间号由楼层决定、同心环和办公室号码。以2B315室为例代表处位于二楼B环3号走廊。虽然建筑结构有些复杂，但仍然充分考虑了便利性，这可以确保工作人员在十分钟内步行通过五角大楼的任意两点。
五角大楼纪念馆对游客开放，但只对美国公民开放，而且需要提前预订。游客必须在周二和周四至少提前14天最多提前90天预订（不包括节假日）上午10点和下午1点。对于外国游客，你必须通过你的大使馆申请访问。
参与翻修项目的承包商被赋予了重建袭击中受损部件的额外任务。这个额外的项目被命名为'凤凰计划'PhoenixProject项目项目）2002年9月11日，凤凰计划完成之后，五角大楼将长期进行加固和重建，该项目将持续到2010年，以增强其抵御爆炸等恐怖袭击和其他灾难的能力。
五角大楼受损部分修复后，在撞击区修建了一个小型室内纪念馆和小教堂。在911袭击五周年之际，由184束光组成的纪念碑从五角大楼的中央庭院点亮，每束光代表五角大楼袭击的受害者。此外，每年五角大楼受损的一侧都会悬挂一面美国国旗，晚上大楼的一侧会被蓝色灯光照亮。此外，还制定了室外纪念馆的建设计划，该纪念馆于2006年开工，并于2008年9月11日向公众开放。这座五角大楼纪念馆占地2英亩（8100平方米）公园由184条长凳组成，每个受害者一条。这些长椅根据遇难者的年龄排列在77航班的航线上，年龄从3岁到71岁不等。
除了77号航班之外，基地组织几乎同时劫持了另外三架航班，其中两架飞机撞上了纽约曼哈顿的世界贸易中心，另一架飞机在宾夕法尼亚州坠毁。9·911事件造成了数千人伤亡。包括机上265名乘客在内，世贸中心地区650人和五角大楼地区125人死亡。