1．农业规模化、产业化缺乏制度基础。目前，我国人均占有耕地约１．４亩，只相当于世界平均水平的４０％，劳动力人均占有耕地是耕地面积较大国家的１％。如此的生产规模，即使搞成“绣花农业”，也无法实现整体的现代化。与此同时，农村劳动力向城镇转移存在诸多制度约束。据有关部门调查，我国农民工的实际劳动小时工资只相当于城市职工的１／４。按国际通行惯例，一个地区最低工资标准大约相当于本地区社会平均工资的４０％―６０％。这种局面不利于农村劳动力转移、土地依法有序转让和形成规模经营。
2．农村发展长期存在金融服务的制度性缺失。从有关部门抽样调查的６个省１２个乡镇看，近几年银行贷款几乎为“零”，信用社贷款平均每乡只有１００万元左右。全国大部分乡级信用社事实上已经资不抵债，基本上失去了支持农村经济发展的功能。
3．农村发展缺乏公共财政的制度性保证。
（1）公共产品与公共服务投入短缺。长期的投入不足，使得乡村公路、小型农田水利、通讯设施等方面的建设普遍落后。农村公共卫生建设欠账多，新型农村合作医疗制度刚刚起步，支农资金严重分散。
（2）免征农业税后，农民其他负担依然较为沉重。除了农业生产资料涨价过快以外，主要是教育、医疗负担重，农民“因病致贫”、“因学致贫”的问题比较突出。
对策：
1．加快财政制度创新，为新农村建设提供物质基础。
（1）加大农村基础设施建设投入。积极支持新型农村合作医疗制度和农村最低生活保障制度的建立，加大农村公共卫生投入，建立疾病防疫监控体系，防治农村地方病、传染病和人畜共患疾病的发生，加快解决农村改厕、改水、改灶问题，切实改善农民的生产生活条件。
（2）建立完善的农村教育投入机制。今明两年全部实现９年制免费义务教育，“十一五”期间全部消灭农村中小学危房。同时，设立农民技术培训专项资金，大规模开展农村劳动力技能培训，通过民办公助等方式，对青壮年农民进行实用技术培训，推进农业人口非农化进程。
（3）整合“三农”资金投入渠道。将目前分散为１５个渠道的政府支农资金，按使用性质和方向进行调整。
（4）大力支持农业科研体制改革，增加农业科技及科研成果推广的投入。提高农业科技在国家科技投入中的比重，形成符合市场经济原则的农业科技投入和科技成果转化补贴机制。
（5）逐步完善粮食生产补偿机制。推进农业结构战略性调整，提高农业综合效益和竞争力。
（6）推行“省直管县”财政管理体制和“乡财县管乡用”方式，以有效增强县域经济活力，提高服务“三农”的能力。
2．保障务工农民的合法权益，从体制上推动工业化、城镇化进程。
（1）应加快改革以户口管制为标志的城乡分治二元体制，进一步清理和取消各种针对务工农民流动和进城就业的歧视性规定，降低农民进城的“门槛”，从法规制度上为农民就业和有序流动创造条件。
（2）形成城市对农村发展的带动机制，尽快制定保护务工农民权益的法律法规，依法保障农民工的基本权益。建立农民工最低工资制度和工资发放保障机制，彻底解决务工农民工资偏低和工资拖欠问题。
（3）建立城乡统一的劳动力市场，实现务工农民与城市职工同工同酬，并积极探索建立务工农民的社会保障制度，为农民“进得来、留得住、创得业”创造良好的社会制度环境。
3．建立有效的农村融资渠道，为农村农业发展提供基本的要素支持。
（1）加快改革农村信用社体制。巩固和发展农村信用社改革试点成果，进一步完善治理结构和运行机制，提高信用社对农户贷款的覆盖面。
（2）改造中国农业银行和农业发展银行。农业发展银行应重新定位，使其从单纯的“粮食银行”转变为支持农业综合开发、农村基础设施建设、产业结构调整、农产品进出口的综合型政策性银行。
（3）建立邮政储蓄资金的回流机制。借鉴国际经验，采取强制措施，实现农村资金的体内良性循环。
（4）完善农村信贷政策。可考虑适当调大农业贷款浮动利率的空间，以适应农村融资规模小、风险大的特点。可通过财政贴息制度和必要的税收优惠，支持农业项目开发。
（5）鼓励、支持农村小额信贷机构发展，培育农村民间金融机构。
4．转变政府职能，建立健全农民利益保护机制。
（1）农村基层政府的职能应尽快转变到维护社会稳定和组织引导农民进行新农村建设上来。
（2）把新农村建设纳入本区域城乡经济社会发展的总体规划，根据当地自然条件和经济文化发展的客观需要，突出建设重点，区分轻重缓急，确保稳步推进。采取多种形式积极扶持农村商品生产经营，着力扶持龙头企业，依靠市场力量实现规模经营；引导和鼓励支持农户根据自愿原则建立新型合作经济组织，由组织内成员共同完成从生产资料供应到农产品加工销售的全部过程。
（3）建立耕地保护和节约集约用地机制，建立健全对被征地农民的合理补偿机制。积极推进党组织领导下的村民自治机制建设，实行“村财乡理”，切实维护农民利益。