一、名股实地转让交易被“穿透”征收土增税
(一)典型案例
2004年12月，A置业公司与B投资公司通过公开拍卖，竞得X地块(面积314,501平方米)，两竞拍人与X房产局签订了《国有土地使用权出让合同》。
2005年5月，C实业公司(投资比例51%)、D投资公司(投资比例30%)、E置业公司(投资比例14%)与F建屋公司(投资比例5%)投资成立项目公司G公司。
2005年6月，A置业公司与B投资公司将X地块转至G公司占有，G公司向X房产局申请土地登记，但未实际办理。
2007年3月，G公司以资金困难、无力支付X地块土地出让金为由，向X房产局申请，与H集团成立合资公司，共同开发X地块。
2007年5月，G公司与H集团的5个成员公司(以下简称H成员公司)签订《合作协议书》，约定六方共同成立项目公司开发X地块，项目公司取得X地块《国有土地使用证》后，G公司将其持有的项目公司股权全部转让至H成员公司，转让溢价款为133,033,923元，计算公式：314,501平方米(X地块面积)×1.8(容积率)×235元/平方米。
当月，六方共同成立项目公司I公司，注册资本12.5亿元，6个股东出资情况为：G公司2.5亿元，占20%;H成员公司各出资2亿元，各占16%。其后，I公司支付了X地块土地出让金12.2561亿元。
2007年8月，X政府为I公司颁发了X地块的《国有土地使用证》。当月，G公司将其持有的20%股份转让给H成员公司之一，G公司未作纳税申报。
(二)税局观点
X地税局认为：G公司取得股权转让收入未申报纳税，构成偷税，应当补缴税款。G公司转让其持有的I公司20%股权的行为实际上属于土地转让行为，应当按照《合作协议书》约定的价款133,033,923元确认收入，缴纳土地增值税。
(三)争议焦点
本案争议焦点为：G公司转让其持有的I公司20%股权，是否构成土地使用权转让，从而需要补缴土地增值税
(四)法院观点
法院认为：G公司的行为实质上构成国有土地使用权转让，应当补缴土地增值税，理由如下：
1、X地块最初由X房产局出让给A置业公司与B投资公司，后将X地块变更至G公司名下，由G公司进行土地登记。G公司为该地块真实受让人，实际享有国有土地使用权出让合同项下的所有权利与义务。
2、从“股权溢价款”的计算来看，G公司转让股权实质上构成土地使用权转让。G公司转让其持有的I公司20%股权时，获得133,033,923元“股权溢价款”的计算方式为：314,501平方米(X地块面积)×1.8(容积率)×235元/平方米。从该计算方式可以看出，G公司获得的“股权溢价款”是根据X地块的土地面积和容积率等进行计算。
综上，G公司虽未办理X地块《国有土地使用证》，但其实际占有并处分了土地使用权，且客观上G公司通过股权转让的外在形式，实现了土地增值，取得了相应的经济利益，故G公司的行为实质上构成国有土地使用权转让。
(五)案例启示
上述3个批复在合法性和普遍适用性方面引起了广泛讨论。就合法性问题来说，反对派认为3个批复违背了税收法定原则。根据税法规定，只有有偿转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物的行为，才属于土增税应税行为。转让股权不是法定应税行为，对此征收土增税违反税法规定。支持派则认为3个批复体现了实质课税原则，根据经济目的和经济实质，对以股权转让之名行房地产转让之实的行为“穿透”课征土增税，有利于打击避税行为，实现个案公平正义。
虽然存在上述争议，但实践中，已有很多判例肯定了“名股实地”可以“穿透”征收土增税。对此，企业应当注意从以下4个方面防范风险：
1、转让股权所对应的公司资产不能完全由土地使用权、地上建筑物及附着物组成，可以适当加入固定资产、无形资产等其他类型的资产，避免被认定为“名股实地”。
4、在商业交易模式允许的情况下，尽可能避免土地占有权或使用权权在不同主体之间的流转，包括资产直接流转和通过资本交易模式间接实现的资产流转。通过缩短土地流动链条，降低土增税风险。
二、未单独核算商铺增值额被调整土增税
2006年6月，A公司在X市发改委备案开发商品房项目“X家园”，X家园包含普通住宅和商铺。2008年10月至12月，X家园项目陆续竣工，根据《商品房预售许可证》记载，X家园可售建筑面积为29,901.10㎡。
2014年8月，X市地税局直属税务分局再次通知A公司补正清算材料。A公司报送了《土地增值税清算纳税申报主表(二)》，自报应补缴土地增值税为825,657.44元。
2014年9月，X市地税局直属税务分局完成《X家园项目土地增值税清算审核报告》，作出《税务事项通知书》，将应补缴土地增值税金额964,739.84元和土地增值税纳税审核结果一并通知A公司。
X市地税局直属税务分局认为：A公司以“X家园”作为一个核算对象进行笼统和混合财务核算，没有分清或者分摊应归集于普通住宅、商用房的成本和费用，没有分别核算普通住宅和商用房增值额，违法税法规定。
A公司是否应当分别核算普通住宅和商铺的增值额
其一，“非普通住宅”应当拆分为“非”和“普通住宅”，即原文意在表明，开发项目中同时包含普通住宅和其他房屋的，应分别计算增值额。
其二，“非普通住宅”应当拆分为“非普通”和“住宅”，即原文意在表明，开发项目中包含住宅，且可以区分为普通和非普通的，应分别计算增值额。
我们认为，第二种理解更为合理，理由如下：
企业应当注意从以下3个方面防范类似风险：
1、事先与税务机关沟通，明确当地税务机关口径。
2、有条件的情况下尽可能按照当地税务机关发布的文件进行区分核算。
3、确有不服的，在提起行政复议时，可以一并申请复议机关对抽象行政行为进行审查。
三、发票抬头与项目公司不符，不能列入土增税扣除范围
1992年6月，经X省计划厅、X省经济合作厅审批同意，A开发公司与B置业公司合资成立了C公司。C公司注册资本为1,000万美元，A开发公司占48%，其中，以X地块作价300万美元出资，现金出资180万美元;B置业公司占52%，现金出资520万美元。
2006年6月，C公司取得X地块的《国有土地使用证》。
2011年8月，X省Y市Z区地税局作出《土地增值税清算通知书》，认定C公司“已符合土地增值税清算条件”，“自收到本通知之日起90日内”办理土地增值税清算手续。
2011年12月，C公司委托D会计师事务所进行土地增值税清算鉴证，并出具《土地增值税清算鉴证报告》。
2013年6月，C公司向Y市税务局评估分局提交《关于确认X项目土地增值税清算结果的报告》。认为：其根据税务机关发出的土地增值税清算通知和要求，已聘请中介机构D会计师事务所作出了土地增值税清算鉴证报告，并按鉴证报告结果申报缴纳土地增值税1,111万元。
2014年7月，Y市税务局向C公司送达《土地增值税清算核实意见书》。称涉案项目已初核完毕，请于接到通知书之日起5日内对以下内容进行核实：取得土地使用权所支付的金额调减96，120元;房地产开发成本调减154，722，682.69元……初核结果为：……应缴纳土地增值税31,790,144.80元，已缴土地增值税9,077,255.18元，应补缴土地增值税22,712,889.62元。
X省税务局认为：C公司列入土增税扣除项目的成本中，1992年、1993年的设计费、土地出让金、土地转让公证费、增容费的发票抬头均为“A开发公司”。这些发票在本项目的土地增值税清算时不得扣除，故应当调减扣除项目。
C公司取得以A开发公司为抬头的发票，对应成本能否列入土增税扣除项目
企业应当注意从以下4个方面防范类似风险：
2、当地税务机关发布的文件另有具体或细化要求的，按照当地政策执行。
4、不成立项目公司，合作进行房地产开发，取得“双抬头”凭证的，在经当地税务机关认可后，可以以分割单的形式确认扣除项目。
四、与政府签订合同转让闲置土地，不能免征土增税
2014年2月，X国土资源局与A公司签订《国有建设用地使用权出让合同》，将X地块出让给A公司，A公司受让该土地用于建设X项目。
2017年12月，X国土资源局作出《闲置土地认定书》，指出因政府原因导致X地块闲置，认定上述土地为闲置土地。
2018年1月，X政府作出《关于收储X地块国有土地使用权的批复》。当月，X土地收购储备中心与A公司签订《国有土地使用权收储合同》，约定A公司同意将上述地块的国有土地使用权由X土地收购储备中心按8,409.11666万元的价格收储。
2019年9月，X税务局Y分局作出《税务事项通知书》，通知A公司X项目应补非住宅土地增值税4,754,540.94元
X税务局认为：A公司将X地块转让给X土地收购储备中心，不属于土增税免税范围，应当补缴土增税。
A公司将X地块转让给X土地收购储备中心，能否免征土增税
本案争议源于对“征收、收回”的理解。实践中，纳税人往往有一种刻板的认识，即只要是政府或政府部门取得纳税人的房地产，都属于征收或征用，可以适用土增税免税政策，这种理解是错误的。理由如下：
1、政府作为民事主体取得纳税人房地产，不属于“征收、收回”，不能免税
征收或征用是一种行政法律行为，虽然政府及其部门在大多数情况下是行政执法机关，与纳税人之间是管理与被管理的行政法律关系，但是在某些特殊情况下(如不适用《政府采购法》的一般政府采购行为)，仍然可能构成民事法律行为的主体，与纳税人处于平等的法律地位。
因此，区别“征收、收回”和民事法律行为中的房地产转让，关键在于以下四点：
(1)主体有无法律规定的权限
(2)有无经过法律规定的程序
(3)收回的法律形式是《征收土地告知书》还是合同
征收、征用是一种行政法律行为，通过《征收土地告知书》的形式实现，而房地产转让是一种民事法律行为，通过双方意思表示一致，签订合同实现。
(4)对价有无溢价
“征收、收回”也应当支付对价，但这种对价是补偿性的，以公平、合理为基本原则，通常不会有溢价。民事法律行为中的房地产转让，其对价是按公允价值确定的，相较于房地产的账面净值，通常会有较高的溢价。
本案中，X土地收购储备中心收回了闲置的X地块，首先，X土地收购储备中心没有征收权，其次，X土地收购储备中心没有通过《征收土地告知书》的形式收回，而是与A公司签订《国有土地使用权收储合同》，再次，X土地收购储备中心支付了8,409.11666万元，有较高溢价，可见案涉土地的收回是一种双方协商一致的民事法律行为而非征收或征用。
2、“征收、收回”有特定含义，如不满足法律规定条件，可能仍不能免征土增税
企业应当注意从以下2个方面防范类似风险：
1、深入研究当地税务政策，明确哪些情况属于“征收、收回”免征土增税的范围，对政府收回土地能否免征土增税有一个预判。
五、实物形式的拆迁补偿不能单独归集为拆迁还建面积的收入和成本
2008年3月，A公司开始对X项目进行房地产开发。
2013年6月，X项目竣工结算。
2016年11月，A公司申请对X项目进行清算，并提供了《清算报告》。根据《清算报告》，X项目应缴土增税897,214.4元，已预缴9,351,044.87元，应退税8,453,830.47元。
2018年1月，A公司向X州Y市税务局递交了《关于土地增值税清算几个事项的请示》，提出X项目拆迁还建面积7,970.04㎡，根据税法规定，拆迁安置房应当视同销售计算收入，同时可以等额计入扣除项目。故A公司确认拆迁还建面积对应的销售收入和扣除项目相等，此部分面积增值额为0。
2019年3月，X州Y市税务局作出《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》，认为X项目应缴纳土地增值税8,267,736.86元，已预缴9,351,044.87元，应退税1,083,308.01元。
X州税务局认为：A公司在清算处理中采取的是一一对应的原则，而X州Y市税务局在清算审核中强调的是开发产品受益原则。开发中的拆迁行为，不仅仅是为了还建一一对应的同类产品，而是服务于整个项目，因此，A公司实物形式的拆迁补偿的受益对象为X项目全部开发产品，在审核处理中，应将拆迁还建产品视同收入的同时，将等额确认的拆迁补偿费列入为整体项目的开发成本，按税法规定的归集分配方法在X项目中进行打通计算。
实物形式的拆迁补偿应按清算单位归集，还是单独归集到拆迁还建面积当中
法院认为：双方争议实际上不是成本归集方法的争议，而是拆迁还建的这部分房屋是否专属于某一种房屋业态的专属成本，即按照专属法归集成本在本案中是否有适用条件。
专属拆迁补偿费强调明确指向性和受益的唯一性，指向性是指拆迁补偿费是针对被拆迁房屋下面的土地而言，指向的是土地，而不是新建房屋;唯一性是指某一业态(区分普通住宅、非普通住宅和其他开发产品)的专属成本仅使该业态受益，而与其他业态无关的成本。
本案中，根据原告提供的《拆迁补偿协议》约定，以住宅补偿住宅，以商铺补偿商铺，这是补偿的一种方式，但并不能说明因为拆除住宅而发生的成本，专属于新建住宅，而与新建的商铺无关，也不能说明拆除商铺发生的成本，专属于新建商铺，而与新建的住宅无关。故应以事实为依据，以受益性为原则来判断实物补偿发生的拆迁成本是否是专属成本。
拆迁补偿费属于土地成本，因此，实物拆迁补偿费计入土地成本在拆迁时点，不论拆迁协议如何约定，拆迁的目的是为了整片土地的进一步开发，受益的是整块土地。本案中，没有证据证明因为拆除住宅而获得的用于进一步开发的地块只用来开发住宅，也没有证据证明因为拆除商铺而获得的用于进一步开发的土地只用来开发商铺，因此，没有证据证明实物补偿方式的拆迁补偿费属于专属成本。故应将实物拆迁补偿的拆迁补偿费视为非专属成本按照建筑面积法进行分摊。
基于前述理由，在案涉项目没有适用专属法归集成本的条件时，X州Y市税务局将该项目拆迁补偿费计入整个开发项目成本，采取建筑面积分摊法计算土地增值税，兼顾合法性与合理性原则，符合法律规定。
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)，“房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第三条第(一)款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费”。由此可见，拆迁还建项目，安置房应视同销售确认收入，同时，可以等额确认拆迁补偿费，计入土增税扣除项目。
一些企业认为，拆迁还建面积的视同销售收入与扣除项目完全相等，故无需确认这部分面积对应的增值，这种想法是错误的。
本案中，法院提出了一个重要概念，即成本费用的“专属性”，同时描述了“专属性”应当包括“明确指向性”和“受益的唯一性”两个条件，足可见法院对土增税成本分摊受益原则之例外的深刻理解。实物拆迁补偿之所以确认成本，是因为企业为了取得土地使用权，放弃了本对拆迁还建部分所享有的自由处分权，而对此权利的放弃，最终目的是实现整个项目的建设。如果不作出此种放弃，则整个项目无法成行，足可见实物拆迁补偿是不满足明确指向和受益唯一两个条件的，故不能专属分摊至拆迁还建面积当中。
实物拆迁补偿的分摊是成本分摊的一种特殊情况，企业应当注意从以下2个方面防范类似风险：
1、深入研究当地税务政策，并事先与税务机关沟通，明确当地税务机关口径。
六、对不同类型项目分别计算增值额的风险
2009年7月，A公司对X项目进行开工建设。
2010年11月，X项目竣工结算。
2013年11月，K税务师事务所接受委托，对X项目进行鉴证审核。当月，A公司向B县税务局进行土地增值税清算申报，一期应退土地增值税税额共计1,104,168.26元，B县税务局作出准予退税的决定。
2015年12月，B县税务局作出《税务事项通知书》，要求A公司申报补缴土地增值税1,104,168.26元。
B县税务局认为：A公司办理土地增值税退税未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，应当补缴税款。
“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定和分别核算土地增值额的规定是否冲突，存在“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的规定的情况下是否可以在最小计算单位内合并计算土地增值额。
法院认为，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第十三条规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。上述法律规定与A公司主张，“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定并不矛盾，土地增值税最小计算单位为一个幢号，但并不影响对一个幢号中不同类型的房屋分别计算增值额，征收土地增值税。
有关A公司主张“分别计算增值额，并不产生分别计算土地增值税，而是为了区分普通标准住宅”，法院认为：分别核算增值额的目的，就是为了分别计算土地增值税，通过分别核算土地增值税，进而起到税收杠杆调节的作用，促进房地产开发的健康发展的目的。故A公司该主张不予采纳。
有关A公司认为其可以以放弃免税权利为代价，来要求合并计算土地增值额，进而合并计算土地增值税的上诉理由，法院认为，财税字〔1995〕48号第十三条对应该分别计算，没有分别核算的纳税人，普通标准住宅不得享受免税的规定，是一种惩罚性条款，而非选择性条款。所以A公司的该上诉理由，与法律原意相悖，系其错误理解法律意思所致，不予采纳。
同时也需注意到各地可能存在特别规定，合并计算仍是一种可行的模糊处理的税收办法，应遵照执行，比如天津和安徽出台文件允许合并。但在当地不存在特别规定的情况下，应注意普通标准住宅和非普通标准住宅存在不能合并计算的风险。
七、销售收入偏低面临调增的风险
2014年7月，Y市税务局向C公司送达《土地增值税清算核实意见书》。称涉案项目已初核完毕，请于接到通知书之日起5日内对以下内容进行核实：销售收入拟调增13,461,817.64元;初核结果为：……应缴纳土地增值税31,790,144.80元，已缴土地增值税9,077,255.18元，应补缴土地增值税22,712,889.62元。
《土地增值税征管与清算工作》简报第4期的指导性规定，经实践在我省存在一些问题，故已被新的规范性文件取代。即：《X省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》(X地税发〔2009〕187号)第三条“对商品房销售价格明显偏低的，其收入按下列方法和顺序确认：(一)按本企业同期、同类商品房的平均价格确定;(二)按本企业近期、同类商品房的平均销售价格确定”。本项目中介机构对售价偏低的房屋按同月同类型均价进行调整，存在一月只售一套房情况，无参考价格。Y市税务局审核中按低于当年同季度同类型均价20%为标准，对该项目整个收入重新计算调整，在中介调增10套商品房销售收入的基础上，增加14套的调整。根据Y市税务局会议纪要“对已获减免营业税的房产及其同时期销售的房产不予以调整销售收入”，C公司2008年1月4日和9月3日取得《批准减免税通知书》两份，批准免征2006年7月1日—12月31日期间营业税合计3,275,707.60元;调增收入的24套房中有7套是2006年度，不予以调整，实际调整17套房。我局对售价偏低收入调整程序合法。
Y市税务局调增C公司土增税应税收入是否合法
法院认为，市税务局依据《X省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》(X地税发〔2009〕187号)第三条的规定，在售价偏低，又无参考价格的情况下，根据C公司已取得的《批准减免税通知书》，将调增收入的24套中属于2006年度免征营业税期间的7套不予以调整，在审核中按低于当年同季度同类型均价20%为标准实际对17套进行调整，并无不当。
八、转让旧房时取得购房发票不满一年的风险
2003年6月，A公司受让X房屋，并缴纳了契税。契税完税证记载计税金额为港币1,602,500元，实纳金额为51,032元。
2014年8月，A公司从B公司补开购房发票，发票载明金额为1,706,090.5元。
2015年5月，A公司办理存量房买卖合同网上签约，将X房屋以2,860,000元的价格出售给常某。
2015年5月，A公司向X税务所申请办理土地增值税纳税申报，X税务所认定原告应缴纳土地增值税23,572.86元。
X税务所认为：A公司取得购房发票不满一年，应按发票上载明的金额作为购房成本，不能适用加计扣除政策。
因此，购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，未超过一年的，不进行加计。在确定扣除项目金额的基础上，纳税人转让该房地产所取得的收入减除该扣除项目金额即为增值额。本案中，A公司提供的购房发票未满一年，对购房发票所载金额不进行加计。
本案判决严格依照法律规定作出，虽然看似合法，但有诸多不合理之处。
对于土增税扣除项目所反映的价值类型，实践中存在不同观点。一种观点认为，扣除项目反映的是历史成本，例如允许扣除土地出让金，是因为土地出让金是取得土地的历史成本。另一种观点认为，扣除项目反映的是重置成本，土地出让金是重置成本中的一部分，不能割裂看待，土增税扣除项目体现的逻辑就是重新建造一个相同房地产项目所需付出的成本。
税法之所以允许转让旧房以购房发票金额按年加计5%扣除，也体现出购房成本决非历史成本，而是重置成本，换句话说，土增税的计税依据是市场价值和重置成本的差额。
因此，更为合理的立法，应当是当无法取得旧房评估价格，且无法提供当期发票时，允许纳税人提供其他涉税资料证明旧房历史成本，适用加计扣除方法。在现有法律规定下，对于无法提供当期发票的情形，应当直接适用核定征收法，而不应当按照补开发票金额认定购房成本。本案中，法院以补开发票金额确定购房成本，违背土增税扣除项目以重置成本为基础的原则。