日本针对企业和个人所得征收9种税，包括6种国税一法人税、复兴特别法人税、个人所得税、复兴特别法人税、继承税、赠与税；3种地方税一都道府县民税、事业税、市町村民税。针对流通交易征收4种税，包括两种国税一登记许可税、印花税；两种地方税一房地产购置税、汽车购置税。此外，日本还针对消费和财产的所有、转移等征收消费税、遗产税、赠与税等其他约19种税目。
税款的缴纳主要有以下几种方式：自行申报纳税方式（纳税义务人自行确定税额，提交纳税申报表）；赋税决定方式（征税主体确定税额后，发出税额的通知）；代扣代缴方式（代扣代缴义务人在支付应税所得时，代扣所得税）；已向商品征税，或在支付价格上另加税额）；其他。
【税收法律体系】日本不仅有系统、具体的实体税法，而且为了实体税法的执行，在税收的征管方面制定了切实可行的、系统严密的征管法。
有关税收征管的法律、法令主要有《国税通则法》、《国税征收法》、《打击税收犯罪法》、《行政不服审查法》、《国税不服审判所组织章程》、《国税通则法实施令》、《国税通则法实施令》、《国税征收法实施令》、《滞纳处分及强制执行时手续调整的法令》、《国税征收法实施细则》等。
在税收征管法律体系中，《国税通则法》和《国税征收法》处于核心地位。
2.主要税赋和税率
日本的法人所得税包含国税和地方税两大部分，地方针对非营利企业或营利较小企业可根据公司规模为计税标准核定征收地方法人所得税(日语：外形标准课税），日本从2014年开始逐渐下调税率，2017年包含地方税后的全国平均实际税率大约为29.97%(2013年为37%)。具体包括：
【法人税】日本的法人税为国税，类似于中国的企业所得税，采用比例税率。2016年4月1日起，日本把法人税税率从23.9%下调至23.4%，从2018年起将继续下调至23.2%。对中小法人、公益法人的优惠税率（年所税额800万日元以下部分）从19%下调至15%。
【法人居民税】（都道府县民税和市町村民税）企业应纳的法人税的17.3-20.7%及根据法人规模等计算的一定金额等。
【法人事业税与地方法人特別税】法人收入的一定比例（各都道府县的税率有所不同，并非一定在该范围之内，注册资本超过1亿日元的法人须另行缴纳外部标准纳税）。
【所得税】当获得利息、分红收入及其他收入时，原则上对在日本国内银行存款利息代扣代缴国税15%，地方税5%。
【消费税】原则由最终消费者负担。2014年4月1日起消费税由5%提高到8%(当前税率），2019年10月1日起将调高到10%。
【事业所费】在东京都特别区、政令指定市及其他一些指定城市拥有营业所，且从业人员达到一定数量以上，营业所的建筑面积达到一定面积以上时缴纳。
【固定资产税】拥有土地、建筑物或其他固定资产时缴纳。
【汽车税】拥有汽车者缴纳。
【印花税】填写、出具纳税文件及合同、发票时缴纳。
【房地产购置税】获取土地、建筑物时缴纳。
【住宿税】2017年1月起，大阪府对在旅馆、酒店住宿的客人征收住宿税，具体的征税标准为：每晚住宿费在1万至1.5万日元之间征收100日元，1.5万至2万日元为200日元，2万日元以上为300日元。1万日元以下免税。自2019年夏季起,大阪将扩大收取住宿税的范围，超过7000日元即需要缴纳住宿税。东京的住宿税征收情况：每人每晚住宿费超过1万日元以上，根据条例征收住宿税（1万日元-1万5千日元：征税100日元；1万5千日元以上：征税200日元）。京都的住宿税征收价格在每人每晚200-1000日元不等。
【出国税】日本政府从2019年1月7日起对出境人员征收旅客税。日本出境税的征收对象不分国籍，既包括返程的外国游客，也包括出国公干或旅游的日本人。可免收日本出境税对象包括：在恶劣天气或无可避免的情况下，旅客从日本出境后还未进入其他国家前需返回日本;于出发时仍未满2岁的儿童;因恶劣天气或其他不可避免的情况需停留在日本;驻日本的外交官、领事、其他符合条件的人员。
表：日本税收种类
对所得征税
对财产所有、转让等征税
对消费征税
对交易（流通）征税
国税
个人所得税；法人税及地方法人税
遗产税；赠与税；汽车重量税；地价税（暂停征收）
消费税、酒税；烟草税；石油税
注册登记税；印花税
都道府县税
都道府县民税；事业税（包括地方法人特别税）
固定资产税（特例）；汽车税；事业税（外形标准课税）
地方消费税；都道府县烟草税；高尔夫球场使用
房地产购置税；汽车购置税
地方税
市町村税
市町村民税
固定资产税；事业所税；轻型机动车税；特别土地持有税(暂停止征收）
市町村烟草税
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