二手商铺买卖税费需要按照3%的税率进行缴纳，具体需要缴纳的税额如下：
(一)买家支付的税费
1、房地产交易手续费：3元/平方米。
4、印花税：房屋产价的0.05%.
(二)卖家支付的税费
卖家出售的时候，商铺不论年限，都要交纳以下几种税费：
1、房地产交易手续费3元/平方米。
2、印花税：房屋产价的0.05%.
b、不能提供上手购房发票的，土地增值税=(转让收入-转让收入×90%)×30%.
转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入。
a、可提供上手购房发票的，为(转让收入-上手发票价)×5.5%.
b、不能提供上手发票的，为转让收入×5.5%.
c、税费为差额的5.56%
商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收;
办公用途用房按其网格点基准地价的30%计收。
7、土地出让金契税：
按本次征收土地出让金价款的3%征收。
二、商铺买卖业主要注意四大问题：
很多的商铺都是由开发商修建的，此后他人可以依照自己的意愿购买。根据规定，不管是首次购买商铺，还是购买二手商铺，都是需要按照既定的税率进行纳税的，并且卖家和买家需要缴纳的税种是存在着差异的，纳税者首先需要确定自己应该缴纳的部分。
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