首先，凸显刚柔并济的行政处罚理念。一方面，《征求意见稿》根据新修订的行政处罚法对原有的海事行政处罚适用规则进行了更新。例如，第八条增加了应当从轻或者减轻给予海事行政处罚的两款情形：“主动供述海事管理机构尚未掌握的违法行为”以及“非严重危害人民生命或健康的海事行政违法行为且自行改正”。此外，第九条中新增的同一违法行为违反多个法律规范的处罚竞合情形也明确了其应当择一从重处罚的要求。另一方面，结合柔性执法制度适用，不断推进法治政府建设。柔性执法是行政执法机关刚柔并济管理方式的体现，是法治政府建设不断推进过程中的执法方式创新和完善，体现了行政机关执法过程中的人文关怀和法律温度。比如《征求意见稿》在第八条新增了不予海事行政处罚的两款情形：“初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予海事行政处罚”；“当事人有证据足以证明没有主观过错的，不予海事行政处罚”。
再次，接轨国际法律规定。《征求意见稿》第二条对空间效力的法律规定中，用“管辖水域”的概念取代了原来的“沿海水域”的概念，更具科学性和合理性。这样的表述更符合《联合国海洋法公约》等国际法规则和制度，有利于推动我国海洋海事管理法律制度的完善。
当然，在环境保护理念不断更新和海上交通安全法对防治船舶污染海洋环境提出要求的背景下，《征求意见稿》有的地方还需要进一步完善：第一，可以适度引入预防型的环境保护理念。海洋生态环境是一个复杂、多样的生态体系，涉及水质、生物多样性、大气等多方面因素，一旦发生严重的环境污染事件，其对生态造成的破坏将会是长期的、不可估量的。因此，在坚持事后处罚的同时，可以适度加强对船舶、海上设施生产活动过程的监管。这样可以更好地保障海洋环境的健康发展。第二，完善海洋环境污染损害事件报告制度。海洋环境污染损害报告制度建立于上世纪末，在海上海事行政处罚领域中有所体现，但《征求意见稿》未对其做进一步规定。在拆船污染环境管理方面，仅在第三十八条规定，发生污染损害事故不向监督拆船污染的海事管理机构报告的，除责令限期纠正外，还可以处以警告或1万元以下罚款。该规定对不如实报告污染损害事故的行为处罚力度偏低，不能够保障海事污染领域建立起完善的损害报告规则，建议考虑通过多种行政处罚手段对其予以规制。