《解答》主要对象为证券犯罪，而证券犯罪属于典型的法定犯（行政犯），通常先由证监会立案调查，后移送司法机关处理，而这就涉及行刑衔接和交叉的问题。《证券法》第一百七十八条规定：“国务院证券监督管理机构依法履行职责，发现证券违法行为涉嫌犯罪的，应当依法将案件移送司法机关处理；发现公职人员涉嫌职务违法或者职务犯罪的，应当依法移送监察机关处理”，《关于依法从严打击证券违法活动的意见》也强调“行政执法与刑事司法衔接高效顺畅”。
此前，证监会发布的通报中指出证监会立案调查、行政处罚后移送刑事案件的比例很小，存在着“有案不移、以罚代刑”等情况。一是由于移送程序复杂、缺乏有效沟通衔接；二是有案难移以及移送后得不到及时处理等现象明显；三是刑事立案标准不明确。而随着证券监管的趋严态势，以往上市公司或其实际控制人、高管面临的证券行政处罚开始向刑事犯罪领域倾斜。《解答》中着重强调了刑事立案追诉标准具体适用中的问题，为行刑衔接提供了标准。比如对于欺诈发行证券罪，立案追诉标准第二至四项规定的虚增或者虚减资产、营业收入、利润的占比，而该占比是按照发行文件披露的几个会计年度的总和计算，还是按照不同会计年度分别计算，《解答》明确指出，比例计算的分子是“虚增或者虚减的资产、营业收入、利润”，分母是“当期资产总额、营业收入总额、利润总额”，发行文件中虚假披露的是最近几年每年财务指标的，分子、分母按照不同会计年度数据分别计算；虚假披露的是最近几年平均财务指标的，分子、分母按照披露的最近几个会计年度绝对金额的总数计算；虚假披露的是最近一期或者期末财务指标的，分子、分母按照最近一个会计年度的数据计算。
但需要指出的是，《解答》系检察机关单方出具的，但从行刑民本身衔接和交叉的特征来看，由最高人民法院和证监会也一同参与解答，会更完善具体适用问题，比如实务中关于行政调查的证据在刑事案件中的适用与冲突问题、行政监管与刑事审判举证责任分配及证明力标准问题等争议问题。
二、证券法、刑法等法律法规的交叉适用
证券犯罪涉及《证券法》、《刑法》等多个部门法，证券领域还涉及诸多监管规定、规范性文件等，而各部门法由不同主体制定，也有着不同的立法目的，故在实践中如何有效适用是又一难点问题。
还有，对于非公开发行债券（即私募债）是否入罪的问题，《证券法》第二条规定“在中华人民共和国境内，股票、公司债券、存托凭证和国务院依法认定的其他证券的发行和交易，适用本法”，《刑法修正案（十一）》采用了《证券法》规定的范围，而《解答》中进一步明确为“公司、企业依照法定程序发行、约定在一定期限还本付息的有价证券，既包括在交易所市场发行的债券，也包括在银行间市场发行的债券”。并且，对于“新类型或不常见的债券”，要求办案机关在征求主管部门意见后，根据法律和行政法规规定的基本原理，按照“还本付息”这一债券的共同属性，依法做出认定。
三、中介机关的入罪门槛不宜过低
随着《刑法修正案（十一）》的发布，特别是《解答》发布后，提供虚假证明文件罪和出具证明文件重大失实罪将成为中介机关的“紧箍咒”，不少专业人士、机构声称中介机构进入到了最严峻的时代。但我们认为中介机构也不用噤若寒蝉，而是要了解和明确入罪门槛。
上述仅以财务造假高发的会计师为例，但对于证券公司、律师事务所等，也都有各自的专业要求和标准。中介机构系证券业务开展中的重要角色，对其监管和规制是维护投资人利益、规范市场秩序的应有之义。但不能此前不罚、现在重罚，这会导致矫枉过正，使责任过重。勤勉尽职义务本身就并非明确的标准和范围，在民事领域中尚且存在诸多争议，而如果刑事案件中过度认定中介机构的勤勉尽责义务，将导致中介机构展业压力巨大，会影响证券市场的繁荣和发展。
基于此，对于中介机构，要严厉打击越来越隐蔽的犯罪手法和行为人越来越强的反侦查行为，但对于入罪门槛的把控，还要严格遵循罪刑法定原则，以监管规定为基准，不宜过度执法。