掌握这4种检测方法,DNA损伤实验快速上手

将一个人的DNA完全展开能有多长?竟可以在地球和太阳之间往返300多次。DNA作为人类的重要遗传物质,其完整性和保真性对人类行使正常的生物学功能至关重要。

然而,这无疑是一项艰巨的任务,因为DNA会不断受到遗传毒性因素(外源性和内源性)的破坏。作为一个成熟的DNA,它可以在大多数情况下启动自我修复程序。可一旦修复出现bug,就可能引起突变、细胞衰老或死亡,进而导致多种癌症和神经退行性疾病等的发生[1]。

因此,检测DNA损伤及修复,成为疾病机理研究、药物研发及筛选的重要环节。为此我们精心总结出目前常用的几种检测方法:

01实验室的浪漫:彗星实验(Cometassay)

彗星实验是一种可直接定量检测单细胞DNA损伤的灵敏技术。它是将细胞包埋于载玻片上的低熔点琼脂糖中,裂解细胞后进行电泳,受损的DNA比未受损的DNA更容易迁移。

通过显微镜观察得到的图像神似「彗星」,头部由完整的DNA组成,而尾部由单链(SS)或双链(DS)的受损DNA组成。彗星实验中常用的指标为尾长(taillength)、尾部DNA含量及尾矩(tailmoment),用于衡量DNA损伤的严重程度。

R&DSystems的CometAssay标准化系统提供检测的试剂盒、仪器、软件和辅助产品,以产生高度可重复、一致的实验结果。

为确定DNA的损伤类型,我们常常将使用DNA修复酶的片段长度分析法(FLARE,FragmentLengthAnalysisusingRepairEnzymes)与彗星实验联用,FLARE分析是在检测前即加入DNA修复酶以修复损伤的DNA,通过分析底物特异性来推断DNA损伤的类型。

02双链断裂标志物:γH2AX

组蛋白H2AX在核小体形成、染色质重塑和DNA修复中发挥着重要作用。一旦双链DNA断裂,它在Ser139位点发生磷酸化,成为γH2AX。γH2AX可标记双链断裂的位点,并募集细胞周期检查点和DNA修复因子至损伤位点。

由于γH2AX的水平在双链断裂后数分钟内升高,因而常被用作DNA损伤的标志物。定量检测γH2AX(R&DSystems,货号4418-096-K)表达水平可用于评估DNA损伤程度。

03单链断裂标志物:PAR及PARP

聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)可检测DNA中的单链断裂并启动DNA损伤修复反应。一旦检测到单链断裂,PARP就会与DNA结合并开始生成PAR链,作为其他DNA修复酶的信号。目前对于PARP抑制剂的研究正在不断开展,可作为多种疾病的潜在疗法,包括癌症、炎症、局部缺血和神经退行性疾病等[4-6]。

04氧化DNA损伤:8-oxo-dG与SOD

在损伤、感染和发炎后,许多组织中都会产生活性氧(ROS)和活性氮(RNS)。ROS和RNS引起的氧化损伤被认为是神经退行性疾病、组织损伤、癌症和衰老过程的关键因素。

8-羟基-2′脱氧鸟嘌呤(8-oxo-dG)是DNA氧化的主要产物,当DNA损伤剂诱导其形成后,通过碱基切除修复途径将其从DNA中清除,随后被转运到唾液、尿液和血浆中。因此,8-oxo-dG是氧化DNA损伤和氧化应激的常用标志物。

R&DSystems8-oxo-dGELISA(货号4380-192-K)检测试剂盒采用竞争法原理,可定量检测DNA、血浆、尿液和唾液等样本中8-oxo-dG含量。

超氧化物歧化酶(SOD)是一种金属酶,可将超氧自由基(O2-)催化为过氧化氢(H2O2)和分子氧(O2),为机体抵抗氧化损伤提供了重要的防御力。通过R&DSystemsSOD比色法检测试剂盒(货号7500-100-K)可定量检测哺乳动物细胞和组织提取物中的SOD。

总的来说,对于DNA损伤及修复的研究不仅可以揭开基因组有序运转的奥秘,还有助于继续研发可以拯救生命的治疗方法。选择合适的实验方法完成DNA的「体检」,也成为众多实验室的必备技能。Bio-Techne提供多种DNA损伤检测所需的试剂、仪器、软件,为科研加油助力,现在购买更享惊喜好礼!

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参考文献:

[1].NimratChatterjee,etal.MechanismsofDNAdamage,repairandmutagenesis.(2017)EnvironMolMutagen,58(5),235-263.

[2].Wilk,A.etal.ExtracellularNAD+enhancesPARP-dependentDNArepaircapacityindependentlyofCD73activity.(2020)Sci.Rep.10:651.

[3].Menon,R.etal.SenescenceofprimaryamnioticcellsviaoxidativeDNAdamage.(2013)PLoSOne8:e83416.

[4].ChristopherJLord,AlanAshworth.PARPinhibitors:Syntheticlethalityintheclinic.(2017)Sci.Mar17;355(6330):1152-1158

[5].Leeanne,M.etal.Poly(ADP-Ribose)PreventsPathologicalPhaseSeparationofTDP-43byPromotingLiquidDemixingandStressGranuleLocalization.(2018)MolCell.Sep6;71(5):703-717.e9.

[6].WeronikaWasyluk,AgnieszkaZwolak.Poly(ADP-Ribose)PreventsPathologicalPhaseSeparationofTDP-43byPromotingLiquidDemixingandStressGranuleLocalization.(2021)JInflammRes.May6;14:1827-1844.

[7].Su,C.etal.HypersensitivityofBRCA2deficientcellstorosemaryextractexplainedbyweakPARPinhibitoryactivity(2017)Sci.Rep.7:16704.

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THE END
1.DOTA修饰喹诺酮的合成与表征活性多肽氨基化合物dotaDOTA修饰喹诺酮是一种在生物医学和抗活性研究中具有潜在应用价值的化合物。以下是对DOTA修饰喹诺酮的详细解析: 一、DOTA与喹诺酮的基本性质 DOTA:DOTA(1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸)是一种多齿螯合剂,因其能够与多种金属离子形成稳定的络合物而备受关注。当DOTA被修饰并赋予水溶性后,这类化https://www.163.com/dy/article/JIVBT8A00552RN2B.html
2.Redox氧化还原修饰全面解析氧化还原修饰蛋白质组的研究热点图8 氧化还原信号与磷酸化信号之间的crosstalk (图源:Su Z, et al.,Nat Commun,2019) 2)氧化修饰比例 氧化还原修饰状态往往受细胞内氧化水平的影响,根据细胞内的氧化程度,半胱氨酸发生不同的氧化修饰类型,并导致不同的细胞反应:1)主要的半胱氨酸氧化修饰(如次磺酸化)发生在非应激情况下,对细胞生存和增殖至关http://m.hcanhua.cn/nd.jsp?id=1098&id=1098
3.热稳定8AP 裂解酶活性切割 AP 位点的 3′端,留下 1 个 5′ 磷酸和 1 个 3′-磷酸-α、β-不饱和醛。与其它一些 DNA 糖基酶不同,热稳定 8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基酶(OGG)只特异性地识别和切割 8-oxoG,而不切割其它修饰碱基。 图1:与 8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基酶(Fpg)不同,热稳定 8-氧代鸟嘌呤 DNA 糖基https://www.neb.cn/zh-cn/products/m0464-thermostable-ogg
4.8羟基脱氧鸟苷抗体抗体抗体8-羟基脱氧鸟苷是活性氧自由基(ROS)引起DNA氧化损伤修饰产物之一,其生成原因很多,主要是电离辐射、化学致癌物代谢活化及细胞正常新陈代谢过程产生大量ROS直接攻击DNA中的鸟嘌呤(dG),使脱氧鸟苷氧化为8-OHdG。目前已成为DNA氧化损伤中最常采用的生物标志物. https://www.bioon.com.cn/antibody/Show_product.asp?id=3458463&comment_flag=comment
5.8oxoG(第1页)注册资金:人民币万 参观人次:1478390 供应分类 试剂盒 兔elisa试剂盒 鸭elisa试剂盒 鸡elisa试剂盒 牛elisa试剂盒 猴elisa试剂盒 其他ELISA试剂盒 大鼠ELISA试剂盒 小鼠ELISA试剂盒 人elisa试剂盒 联系我们 联系人:陈经理 点击查看联系方式 供应产品 人8-氧鸟嘌呤(8-oxoG)elisa试剂盒样本处理方式 http://www.app17.com/c152796/Products/P1_k8-oxoG.html
6.植物8氧鸟嘌呤(8oxoG)ELISA试剂盒品牌:晶抗生物上海植物8-氧鸟嘌呤(8-oxoG)是固相夹心法酶联免疫吸附实验(ELISA).已知待测物质浓度的标准品、未知浓度的样品加入微孔酶标板内进行检测。先将待测物质和生物素标记的抗体同时温育。洗涤后,加入亲和素标记过的HRP。再经过温育和洗涤,去除未结合的酶结合物,然后加入底物A、B,和酶结合物同时作用。产生颜色。颜色的深浅https://china.guidechem.com/trade/pdetail20024901.html
7.8OxoGoxidativeartifacts(8oxoguanine)氧化伪影8-OxoG oxidative artifacts (8-oxoguanine)氧化伪影 1 鸟嘌呤(guanine)氧化成8-氧代鸟嘌呤(8-oxoguanine)是在基因组文库制备过程中,最常见的加接头前的伪影(artifacts)之一;形成的主要原因,是由于样品中的热量、剪切和金属污染共同产生(doi:10.1093/nar/gks1443)。https://blog.csdn.net/dujidan/article/details/121543477
8.Mutagenicpotentialof8oxo7,8dihydroguanine(8dependent on which strand the isolated 8-oxoG was located. Our results indicate that the processing of a bi-stranded cluster could affect the mutagenic outcome of a nearby isolated lesion, separated up to ~20 bp. Keywords:Clustered DNA damage; Isolated lesion; Mutagenic potential.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29870902
9.IsopropamideIodide8-oxo-guanine 7,8-Dihydro-8-oxogunine Apurinic/apyrimidinic (abasic) sites Ataxia telangiectasia mutated ATR ATM-Rad3 related Base excision repair BSA-PBST PBST supplemented with 5% bovine serum albumin 5-Chlorodeoxyuridine Comet-FISH Comet fluorescence in situ hybridization Cyclobutane pyrimidine dimhttps://www.sciencedirect.com/topics/medicine-and-dentistry/isopropamide-iodide
10.SciELOBrasil8, e em menor proporo com C-5, gerando 2,6-diamino-4-hidroxi-5-formamidopirimidina (FapyG) (6), 4,6-diamino-5-formamido-pirimidina (FapyA) (7), 8-oxo-7,8-diidro-2'-desoxiguanosídeo (8-oxoG) (8), 8-oxoA (9)11(Figura 1). O ataque às bases pirimidínicas http://dx.doi.org/10.1590/S0100-40422006000100021
11.Telomeric8oxoA single induction of telomeric 8oxoG is sufficient to trigger multiple hallmarks of p53-dependent senescence. Telomeric 8oxoG activates ATM and ATR signaling, and enriches for markers of telomere dysfunction in replicating, but not quiescent cells. Acute 8oxoG production fails to shorten telomeres, https://www.nature.com/articles/s41594-022-00790-y
12.Quantificationof8=8-, =8-, =8- z=8-oxoGnt, x=8-oxoGcGc, y=8-oxoGtGt For each sample (i.e., total MseI-digested DNA—initial (i)—and telomere-enriched—final (f)), we established the following premises: 8https://www.mdpi.com/1422-0067/23/9/4990/xml
13.C13H17NO8(PyridoxineOxoglurate)摩尔质量氧 O 127.9952 g/mol 8 40.5978% Pyridoxine Oxoglurate 元素 质量百分比碳156.139g碳156.139g氧127.995g氧127.995g氫17.135g氫17.135g氮14.0067g氮14.0067g C13H17NO8 原子#氫17氫17碳13碳13氧8氧8氮1氮1 ? 计算摩尔质量 指令 这个程序决定一种物质的分子量。输入物质的分子式,它将计算出元素的组合https://www.chemicalaid.com/tools/molarmass.php?formula=C13H17NO8
14.免疫细胞衰老8个机制8-氧鸟嘌呤(8-oxoG)是由鸟嘌呤被ROS修饰引起的最常见的DNA损伤之一。 DNA损伤也会导致表观遗传学的变化。H2AX是组蛋白H2A变异,检测H2AX病灶可以反映DNA双链断裂、基因组不稳定性和端粒功能障碍。 8. 蛋白质稳态 内质网具有未折叠蛋白反应(UPR),这是一种重要的应激触发途径,可以抑制蛋白质聚集,并促进细胞稳态。 http://www.360doc.com/content/21/1214/08/32772025_1008615106.shtml