总机构A（法人企业）在同一县市内设立了分支机构A1，在省内或其他省市设立了分支机构A2，A1、A2均为非独立核算，由A统一核算，A、A1、A2称为统一核算范围内主体或独立核算范围内主体。X为范围外其他单位或主体。
分支机构A1、A2的财产均为法人企业A所有，分支机构仅为管理财产，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担。
企业与企业设立的分支机构办理营业执照和税务登记后，均为独立的纳税人。税收处理中，总机构不仅指法人企业总公司，也包括汇总下级分支机构的区域总分支机构作为总机构，比如省一级总分支机构作为统一核算的总机构，汇总全省范围内所有分支机构的纳税。
1）统一核算汇总纳税（在总机构所在地缴纳，分支机构不缴纳）、预征结算汇总纳税（分机构就地预缴，总机构汇总清算或结算）等汇总缴纳方式下，总分机构（A、A1、A2）应对统一核算范围外主体（X）的销售、转让或提供劳务服务等应税行为按增值税规定汇总缴纳增值税。
汇总缴纳增值税的情况下，总分机构（A、A1、A2）之间即统一核算范围内主体或独立核算范围内主体之间的移送、销售或提供服务等应税行为（汇总应税范围），不视同销售，不征收增值税，无论是有偿或无偿，均不应相互开具发票。
2）总分机构（A、A1、A2）各自独立纳税的情况下，总分机构应分别对自身和统一核算范围外主体（X）的销售、转让或提供劳务服务等应税行为，各自按税率或征收率以及增值税规定各自就地缴纳增值税。
分支机构财产为法人企业所有，实务中实际情况较为复杂，无论法律上或税收规定中，总分机构或分支机构之间（A、A1、A2之间）的交易是允许的，统一核算范围内主体或独立核算范围内主体之间（A、A1、A2）的有偿销售，均应各自就地纳税，交易仍应当按照独立企业之间的交易，否则可以进行合理调整。
需知道现有的纳税申报极其便利这样的理所当然的情形，比如发票开具的便利、金税和申报系统、认证抵扣等，在1993年《增值税暂行条例》实施前后是不可想象的。
《增值税暂行条例实施细则释义》提到，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，其机构之间相互移送用于销售的货物的行为，属于机构内部的货物移送，不应该征税。
总分机构间移送货物的视同销售规定，初始目的并非完全是为了减少总分机构移动货物的避税，而是基于当时发票不可以异地携带和开具、分支机构发票审批的难度、分支机构一般纳税人认定等情形，应是为企业通过分支机构开展业务和开具发票便利性等奠定制度上的基础和进行的上层设计。
4）《全面推开营业税改征增值税试点政策培训参考材料》提到，应税服务的提供对象必须是其他单位或者个人，自我服务不征税，“自我服务”主要是单位和员工之间提供服务的情况，另外应税行为是有偿的。有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。
《增值税暂行条例实施细则释义》提到，视同销售货物，是指不符合“有偿转让货物的所有权”条件，或不符合财务会计制度规定的“销售”条件的行为。设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，其机构之间相互移送用于销售的货物的行为，属于机构内部的货物移送，不应该征税。
总分机构（A、A1、A2）虽办理了营业执照和税务登记成为独立的纳税人，但A、A1、A2仍是同一个单位或企业的不同机构，A、A1、A2不是税收上不同的单位，分支机构不构成与总机构不同“单位”纳税人。这一点在《增值税暂行条例实施细则》第四条视同销售货物的规定本身也很明确，第四条规定单位的机构之间货物移动用于销售的行为视同销售货物，与单位与其他单位之间的一些视同销售情形不同。
增值税条例或营改增的视同销售规定中，包括向其他单位或个人无偿提供服务、无偿转让无形资产或者不动产情形；将货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户、分配给股东或者投资者、无偿赠送其他单位或者个人等情形。
增值税的处理上与所得税的处理一致，总分机构各自独立纳税（增值税），总分机构（A、A1、A2）之间即统一核算范围内主体或独立核算范围内主体之间的货物或资产无偿移送、无偿提供服务，除机构间移送货物用于销售需要视同销售的特殊规定外，总分机构之间的资产移送属于内部机构之间的转移，不构成单位与“其他单位”之间的无偿等需视同销售的行为，无需视同销售。
总机构向分支机构的无偿借贷属于非应税项目，不征收增值税，不适用上述规定。符合20号规定的企业集团内单位向集团内其他单位的总分机构（A、A1、A2）的无偿借贷免征增值税。
统借统还业务中，企业集团或企业集团中的核心企业以及集团所属财务公司按不高于支付给金融机构的借款利率水平或者支付的债券票面利率水平，向企业集团或者集团内下属单位收取的利息，免征增值税。下属单位包括独立核算单位和非独立核算单位。总机构向分支机构、企业集团向下属企业的分支机构收取的利息符合条件的，可以适用免征增值税政策。
本文认为，总分机构之间或者分支机构之间的资产移送，不属于与“其他单位”和个人之间的重组，不可以适用13号的不征增值税规定，是企业内部机构间的资产移送，不征增值税。
不征收增值税项目不属于应进项转出的事项。
同时上述两种行为不存在进项转出。分、子公司在简易计税或小规模纳税人的情况下，总公司得以抵扣进项，分子公司获得资产。
存在被认为应按视同销售被调整缴纳增值税或要求进项转出的情况和风险。
7）近期有连锁药业上市公司公告提到补税的主要涉及税金为独立纳税门店房租等经营费用由总部统一签订合同按视同销售的有关规定计算缴纳增值税及附加税。
案例1、总机构A原本就持有物业和设备，并新设立分支机构A1、A2，并将物业和设备划给分支机构使用。
案例2、总机构A租赁物业取得专用发票抵扣了进项，并设立分支机构A1、A2，并将物业划给分支机构使用。
案例3、分支机构A1、A2使用的物业由总机构A签订租赁合同并取得专用发票抵扣了进项税金。
营改增36号文件第四十四条规定，纳税人发生应税行为价格明显偏低或者偏高且不具有合理商业目的的，或者发生36号文件第十四条所列视同销售服务、无形资产或者不动产行为而无销售额的，主管税务机关有权按照规定顺序确定销售额。
认为应视同销售的话，总分机构之间的所有的资金往来、业务往来、资产移送等都应视同销售，36号营改增的视同销售情形并无《增值税暂行条例》规定的总分机构货物移送用于销售视同销售的规定。
母子公司重组不征增值税政策，需要符合合理商业目的等条件，否则存在被调整的可能。总分机构之间的行为既不构成视同销售，也不构成适用“不具有合理商业目的”判定的应税行为，无法按营改增36号文件第四十四条规定进行纳税调整。
总分机构在同一市县，移送货物不属于视同销售，是基于同一市县总分机构合并以总机构为汇总纳税人，但同一县市总分机构没有汇总纳税，总公司购进货物抵扣后移送分支机构用于销售仍应视同销售，如不是直接用于销售，同样存在分支机构是小规模纳税人或简易计税，总机构抵扣进行不需要进项转出或视同销售的漏洞。
本文认为，应谨慎处理此类情况下总机构抵扣进项的税收处理，利用此类漏洞进行税收策划的风险是比较大的。
8）《国家税务总局公告2012年第57号跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定计算各分支机构分摊所得税款的比例的上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
统一核算的总分机构之间销售或移送按会计准则不应确认收入和收益。
《国税函[2008]828号》规定内部处置资产，不视同销售确认收入。
因此，统一核算下的总分机构按销售或视同销售进行增值税处理，但会计上不确认收入，企业所得税（汇总纳税）需做纳税调整，同时增值税确认的总分机构收入或视同销售收入，不作为业务招待费等扣除的基数。
9）上述内容中的总分机构指的是统一核算下的总分机构，其中非独立核算分支机构为总机构全资设立，由总机构统一管理和统一财务核算等，不包括其他单位或个人承包或实行租赁经营等自负盈亏和独立核算分支机构。某些以分公司形式挂靠经营的，虽是自负盈亏，但仍是并入总机构合并报表核算，形式上仍具有统一核算的表象。
此类非总机构设立并统一核算的分支机构，应作为增值税和企业所得税的独立纳税人，独立纳税申报，企业所得税无法适用小微企业所得税优惠政策。