《神探狄仁杰第三部》是由钱雁秋、张文玲执导，梁冠华、张子健、吕中、董璇、关悦、赵志刚、钱雁秋、曲栅栅、苑冉、须乾领衔主演的古装悬疑推理剧。
该剧讲述了唐朝武周时期大臣狄仁杰屡破奇案的故事，由《黑衣社》和《漕渠魅影》两个部分组成。
黑衣社
凉州案(第1-18集)
武周年间，正值盛世，然边事频仍，连年征战，守边将士军心不宁。军中缺饷，无力维持。此时的狄仁杰，正带领着李元芳和四大军头蜿蜒在去往凉州的山道中。
狄公自连破崇州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州休养。他想于回家的路上，绕道去看望凉州刺史曾泰并向他辞别。想到老朋友，想到诗酒相会笑谈功过，想到回乡远离纷争的朝事，想到专心务农垂钓汾水，狄公倒是颇感欣慰。但李元芳耿直地向他指出，他没有这等享清福的命。
凉州刺史曾泰是狄公的门生，他接到了朝廷急报，说是西北马上要发生大地震，曾泰立即组织防灾抗震事宜，及时疏散了城中的百姓。但当地震来临之时，仍然是房倒屋塌，损失惨重。想到大漠之中押运饷银的三千铁甲军，曾泰忧心如焚。万一他们出了事，那可是要塌天的。他立即派人前去接应。但当派出的援军找到这支队伍时，军中所有的人都中了邪，围做几圈不停地欢歌狂舞，片刻便力竭吐血而死。而他们押运的五百万两饷银也不翼而飞。这惊天的变故令曾泰瞠目结舌战栗不已。案情发生，曾泰采取紧急措施，一方面封锁州境，一方面驰报朝廷听候处置。
狄公及时赶到了，他批评曾泰对黑衣社的漠然不知，并立即对案情作了准确的推断。一场惊险绝伦的侦查与反侦查，控制与反控制的战斗，一场破获“地狱行动”的精彩战斗打响，并层层翻滚推向高潮。最终，真正的黑衣天王现身了，她得意地告诉狄公所谓“地狱行动”的全部设想。这听起来真有些令人毛骨悚然，也颇有些大难临头的味道。然而，狄公却自信地笑了，他娓娓地讲起了故事。
狄公从黑衣社的起源开讲，一直讲到她们此行的全部细节和态势，分析得丝丝入扣毫厘不爽。就在这时，外面响起惊天动地的喊杀声，这是凉州卫铁骑进城擒杀逆党的声音。逆党们惊呆了。接着，狄公开始讲述他层层分析破解这一切的神奇经历，讲到了双方力量的部署和战役胜败的变化，可谓有声有色，动魄惊心。这时张环、李朗率队将院子团团围定，黑衣逆党们束手成擒。
狄公答应了她们最后的请求——黑衣天王自裁了。大案结陈，凉州城终于恢复了它往日的繁华。曾泰和李元芳二人问狄公翠红院的事，狄公一语惊人，道出了一段鲜为人知的黑衣社先祖的情感隐秘，那是一段饶有意味的故事。
漕渠魅影
扬州案(第19-48集)
雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中，江淮盐铁转运使的运盐官船在邗沟覆没。一年之内，这已是第十五次了，数百运卒丧生，数百万石食盐没于水中。而朝廷派去查察此事的官员均是无功而返，更有甚者，出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。由于盐运受阻，扬州西北各地都已经发生了盐荒。武则天急召狄仁杰进宫，任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，察查邗沟覆船大案。狄公带领李元芳、曾泰赶赴扬州。
经过艰苦卓绝的调查和推断，案情终于真相大白。所谓的邗沟覆船案，乃是铁手团纠集官府及绿林各道联手策划的巨大阴谋。首先铁手团派出杀手虎云，在邗沟将运盐船队凿翻，并将船上之人全部拖入水中溺死;而后出动水鬼将沉入水中的官盐盗捞起存。紧接着派出大趸船将盐转运出境，而漕运使杨九成，则是为私盐转运提供一切便利，开据官凭路引，逃避巡河官的检查。之后，扬州刺史崔亮、长史吴文登便利用职权威逼利诱淮北各地方官吏，遏止官盐入淮，人为地造成淮北盐荒。这样他们便独霸淮北盐市，明目张胆地将邗沟落水的官盐以高价发售到盐荒各县，以牟取暴利。
狄公乘胜组织举行卧虎庄会战。他微服前去卧虎庄与曾泰的大军会合，不料却被铁手团得到了消息，在洪泽客栈将狄公围住。扬州刺史崔亮、长史吴文登和漕运使杨九成也公开露了相。狄公认为来的不只是他们三个，果然，铁手团宗主大步走进门来，冷冷地望着狄公。最后的战斗动魄惊心，武功盖世的宗主被李元芳和云姑联手杀死，隐藏最深的林阳也落入法网。
捷报传到洛阳，武则天读罢奏折缓缓起身，目光扫过下站群臣道：邗沟覆船已发两年有余，各部遣吏皆不能破，独狄怀英精缜谋查、俯仰事非，旬月便告功成，真是神乎其能!狄怀英折中所奏，一概照准，毋须复议。原来凶手是隐藏在他们中间的，大家都没想到。
邗沟通航，淮北终于可以吃到朝廷的平价官盐了。狄公望着宽阔的河面，心情久久不能平静。
经过一番激烈较量，李元芳大展神勇，杀得匪徒们鬼哭狼嚎，狼狈遁走。但是他们利用机关施放毒气，狄公等人命在旦夕。古堡夫人突然赶到出手施救，狄公等这才转危为安。凉州刺史曾泰初步查清铁甲军下落，他们已全体中邪口喷鲜血而亡。案情发生，曾泰采取紧急措施。一方面封锁州境，盘查各商旅游众，没有签批不得擅离，发现可疑立即拘押;一方面驰报朝廷听后处置。这时，城中、军中、衙中传言四起。曾泰鉴于百姓的迷信心理，要求众官注意舆论，控制事态，以防激起民变。狄公等在路上救起个身受重伤的骑兵军官。为进一步治病救人，他们暂宿洪家堡村，并遇到女扮男装的姑娘小桃。从小桃口中，他们进一步了解到匪徒的情况。在狄公、李元芳的默许下，小桃联络村中群众，特别是苦大仇深的青年准备起义抗暴。但他们的行动被发现了，匪徒们准备大开杀戒，李元芳及时出手杀死匪徒。但他们惊奇地发现，匪徒竟都是碧眼金发的西洋人。
狄公等预感到敌人马上会来报复，于是动员群众布置对策。果然，匪徒大批赶来，李元芳一马当先杀入敌阵，狄公带领群众随后掩上，一举挫败了匪徒的诡计。经审问俘虏，狄公了解到，他们的头目都是武林绝顶的高手。但具体是谁，他们不知道。匪徒社在凉州地面约有三十个设有同样机关的小庙，他们就是利用小庙机关，装神弄鬼诈骗百姓钱财。狄公感到匪徒在凉州根基之深、势力之大、影响之广已不容小视，便决定火速赶往凉州，一面急报朝廷，一面请曾泰设法，铲出如此嚣张的黑恶势力。狂风呼啸乌云翻滚的黑暗之山，匪首们鉴于曾泰封锁州境，劫夺的饷银无法运出，遂决定设法在凉州城境内，分散与前来的天竺商人秘密交易，要创造机会，将“死亡之神”带出凉州找到安全的藏所，以备下一步“地狱行动”之用。这时的凉州城，已有百来个西域商队困留城中，众商队鼓噪喧嚷闹着出城，但曾泰扛住压力岿然不动。狄公及时赶到了，听了曾泰关于铁甲军中邪和饷银失踪的报告，所有人都大吃一惊。联系一路上所闻见，狄公很快将所有案情联系起来。但这些匪徒竟行如此大案，他们到底要干什么呢。
狄春三人来吉祥巷送信，竟遭遇了不测。狄公批评了曾泰对匪徒的漠然不知，指点了上奏朝廷的奏章写法。果然，奏章抵达朝廷后，皇帝武则天按照狄公的意图，传旨停止了他的休假，任命他为内史并西北道黜陟大使，赴凉州调查饷银案。提前大军前来凉州报告的两个斥侯，证明狄公带来的封条就是饷银封条，匪徒作案的推断被最终证实。狄公立刻传令进剿古堡，夺回饷银擒拿逆贼。狄公带人进山剿匪，留下小桃照顾受伤军官和大军统帅。可小桃的身边也不平静啊。更不平静的是凉州城中的天竺商人们。他们焦急等待着出手奇货——死亡之神。匪徒终于出现了，双方交易完成，匪徒将天竺商人杀死灭口。但是，这一切没有逃过暗中监视的李元芳。李元芳跟踪匪徒，看到他们花巨款买来的奇怪货物。他想知道那笼中的货到底是什么，不幸被不明物体咬伤，命在旦夕。
狄公率大军包围古堡，剿匪战斗杀声四起，下雨了。狄公等冲进古堡，但古堡中空无一人，饷银也被提前转移了，狄公料立即率人追赶。昏去的李元芳终于醒来，发现有人救了他，得知身处的宅院是归义伯府，主人名字叫王锴，是个袭爵的世家。狄公等追赶饷银，顺着暗道来到悬崖绝壁的出口。拉饷的车辙不见了，仿佛横空飞走一般，令人殊难思议。而那条指示暗道机关的绣花腰带，此时也蓦地失了灵。大军找不到绝处逢生的路，只好又回到古堡之中。可是，不幸的事情发生了。在凉州城中怪事也来了。有商曹向长史急报，滞留城中的天竺商队出现了可怕的瘟疫，已经死了八个人。为防止瘟疫蔓延，人们主张将死人和有感染嫌疑的客商送出城去。这样一来，曾泰封锁搜查的计划就会被打破，再想勘破饷银案恐怕很难。可事出无奈，为全城百姓安危着想，长史也只好事急从权。
敌人的诡计没有骗过李元芳，他根据提供的情报，检查混出城去埋死人的特批商队。令他奇怪的是，商队大车上确实拉载着天竺死尸，没藏什么饷银之类可疑的东西。他只好放人出城。狄公等又来到村民曾起义抗暴的洪家堡，这里的情形更惨。留守部队和村民的死相和古堡的情形一模一样。他们没有受伤和中毒的迹象，面色栩栩如生，令人恐怖费解。风雨之夜，小桃细心照料着病人。病人昏迷中大喊噫语，接着就发生了行刺病人的事情。小桃临危不惧高声呼救招来李元芳。刺客狼狈逃走，但多少留下些痕迹，病人的昏语也令元芳明白了些事情。这时有人送情报来给李元芳，元芳嘱咐小桃后离去。不久，狄公回来看望病人和小桃，小桃把发生的事情细细叙述了一遍。李元芳来到归义伯府，以调虎离山之虚行投石问路之实，借奸细充当自己抵挡暗器。奸细饱中暗器命丧莫名，元芳趁机查出久已失踪的狄春一行。
狄公根据小桃的报告做了推断，初步弄清了铁甲军中唯一活着的失踪者。那么，那位行险两次要刺杀他的又是谁呢。这时，李元芳回来了。他带回了一位客人，就是古堡夫人薇儿。狄公感谢薇儿几次三番给与的救助，薇儿也惊叹遇到了名震朝野的狄仁杰和李元芳。就在他们寒暄之时，有匪徒冒着雷雨潜进院子。恰好出门的曾泰察觉了些许动静，但终究还是什么都没看到。狄公、李元芳、薇儿和曾泰汇总情况，首先明确了归义侯府的情况，觉得有太多的线索都指向这里。李元芳建议奏明圣上查抄归义侯府，但被狄公否定了。他认为在证据不足和情况没有彻底搞清之前，还是不打草惊蛇好。他们分析，如果匪徒仅仅是为了劫夺饷银，他们已经达到目的，完全可以销声匿迹远走高飞。可古堡和洪家堡的群死惨案说明事情不是这样。那他们又是为了什么呢、特别是那杀人无形的神秘之物，这到底意味着什么呢。种种迹象表明，黑衣社在酝酿一个巨大的阴谋。而饷银案，仅仅是这一阴谋的序幕开启。
经两名斥侯辨认，证实了被救军官的身份。狄公立即明白了一件事，那就是屡屡行刺军官的刺客不是别人，恰恰正是铁甲军主帅。可这到底是为什么呢。狄公为证实刺客的身份，采取了敲山震虎之计。刺客果然行动起来，但他的所有行动，都受到李元芳暗中的严密监视。为了掌握匪徒作案的真正目的，避免打草惊蛇前功尽弃，狄公说服大家冷静分析，从最不易引起敌人警觉的线索入手，迂回包抄，掌握破案的主动权。大家群策群力，在狄公的指导下，提出两个至为关键的突破口。那就是秘密查清饷银被运到了哪里，怎样存放。秘密查清匪徒杀人无形的手法、到底是什么。这两点与其说是突破口，毋宁说是所有案情的真正核心。这时候，众人才真正明白狄公欲擒故纵顺藤摸瓜的用意所在。
李元芳跟踪匪徒来到某地，他发现了死于瘟疫的八具尸身，也发现了恐怖的天竺奇货——的死亡之神。为进一步弄清真相，李元芳用计混入匪帮队伍，潜入了黑暗之山。这时的狄公大队，也出了凉州城，直奔古堡而来。狄公率钦差卫队对古堡进行了彻底的扫荡。他们几经周折找到藏匿的饷银，但匪首们却借着复杂的密道逃之夭夭了。俘虏所有匪徒拒不招供，竟都宁死不屈咬毒自尽。狄公觉得还有太多迷团有待揭开：大漠劫饷的真正动机、杀人无形的恐怖手法、瘟死客栈的天竺商人、神秘的黑暗之山、如此种种，狄公觉得他们已接近了案件的核心。最危险的时刻就要到来了。李元芳跟着百姓们来到黑暗之山，他发现匪徒们诱骗王家堡百姓来这里，是教他们服食一种黑色的丸药。这是在做什么李元芳决定监视下去。李元芳在黑暗之山与众匪徒周旋较量，凭着大智大勇，冒险来到现场，终于有所发现。在出来的路上，他突然遇到从古堡逃的王锴兄弟，令他奇怪的是，爵爷王锴竟不知这是个什么地方，还和弟弟王蔷冲突起来，仿佛他不是匪帮的人，而是受了欺骗。就在这时，有人来了。
饷银如此容易就找到了难道---就连曾泰都感到蹊跷。狄公告诉他，这一切都可能是对手给他们下的套。以他的经验，王氏兄弟不过是匪帮中的小角色，其核心人物还一个都没有跳出来。而且到目前为止，一切所谓的真相也许都不是什么真相。曾泰认为现在的关键，是找出杀人无形的神秘手法与饷银被劫之间的关联。只有这样才能联系起来对案件的轮廓和性质有个大体确切的判断。凉州城里，曾泰的刺史府发生了一件不幸的事。伺候军官的小桃，中了刺客的调虎离山之计，被人家声东击西，在军官的药碗中下了毒，军官死了。
狄公决定查抄归义伯府，看能不能找到别的线索。再就是尽快治愈昏迷的军官，弄清饷银被劫的真相。得到军官已死的报告，狄公微微一笑。他告诉小桃，那是麻痹刺客的障眼法。这一切都是他事先的安排。曾泰不解地问狄公这样做有什么意义呢狄公说这样做的结果恰恰证明，大漠劫饷另有隐情，我们一定要把真相搞清楚。狄公率队将起获的饷银押回凉州，在大校场分配给各军、营、卫。看着各支部队领走银子，曾泰长长出了一口气。他觉得不管怎么样，银子一分不少地找回来，饷银案能对朝廷有个交代了。但是狄公却觉得，银子起获不等于饷银案已破。而且，很可能会出大事。狄公的感觉令曾泰出了一身的冷汗。狄公和曾泰赶回刺史府。半路遇到小桃和狄春慌张而来，告知一直重病昏迷的军官症状激烈，怕有危险。狄公加快速赶回来，对军官实施急救并很快令他转危为安。狄公告诉小桃，根据他的分析，军官要醒了，大家听后一阵兴奋。果然，军官醒来说话了。他的交代证实了狄公此前的分析和判断。
夤夜，在凉州城上空腾起了浓黑色的乌云，盘旋良久消失在城市的夜色中，残酷恐怖的屠杀开始了。钦差卫队和城防营的官兵都倒下了，就连刺史府中的狄春也遭到袭击倒下了。匪徒们行动了，他们里应外合开启城门，扫荡街道，搜索各个府衙，聚敛钱财，杀死府吏，抢夺官章府印，并企图最后消灭染病的官军。情况万分紧急。面对如此紧急严峻的形势，狄公没有立即行动。他认为此时最需要的，是把握全局的冷静。当匪首得意地出现他面前，并且得意地告诉他，所谓“地狱行动”的全部设想，狄公自然也明白了“死亡之神”和“地狱行动”的全部真相。听起来，倒还真有些令人毛骨悚然大难临头的味道。
然而，狄公却自信地笑了，并娓娓动听地讲了一个黑衣天王的“真正的故事”。这故事把所有人都听傻了。狄公从黑衣社的起源开讲，一直讲到黑衣社此次行动的全部细节和态势，分析得丝丝入扣毫厘不爽。就在这时，外面响起惊天动地的喊杀声，匪首们顿时惊呆了。接着，狄公开始讲述他层层分析破解这一切案情的神奇经历。
终于，狄公讲到了最后的决战，讲到了双方力量的部署和战役胜负的消长变化，可谓有声有色，动魄惊心。这时张环、李朗等率队将院子团团围定，匪首束手成擒。狄公说生命可贵，只有尊重别人的生命，自己才有生存权。匪首说这个世界没有公平和仁慈可言，是非功过只有胜利者才有资格评判。狄公说所以你永远不会成为胜利者。黑衣天王与薇儿自裁了，其余圣骑士们以及大多数成员被捕，黑衣社至此终结。曾泰问狄公翠红院的事，狄公一语惊人，道出了一段鲜为人知的黑衣社先祖的情感隐秘，那是一段饶有意味的故事。
李元芳在迎宾驿找到了女扮男装的宁氏，上前搭话。二人互通姓名，同桌饮酒。与此同时，山阳县令鲁吉英和他派出的那位掌固也恰巧便服来到迎宾驿栈，掌固认出了宁氏。鲁吉英上前搭讪，他自称鲁英，要到山阳，路上也要经过扬州。于是三人互相结识，寒暄应酬。宁氏要到扬州，三人决定同行。恰在此时，云姑一伙追赶宁氏而来，多亏李元芳出手相救。一场绝杀，凳倒桌翻，云姑落荒逃走。宁氏和鲁吉英被李元芳的绝世武功深深折服。夜，万籁俱寂洛阳城。被歹徒追杀无处藏身的方九抱着女儿小兰，顶着寒风快步向京兆府大门奔去。但他们遭到早已埋伏等待的歹徒截杀，歹徒们乱刀齐下。但是，他们马上发现，被截杀的人并不是方九。钦差卫队将几名歹徒生擒活捉。通过审问领头的歹徒余忠，狄公得知，下令让他们杀人灭口的乃是扬州护漕使王周。狄公立刻命人缉拿王周到衙。
忽然，狄春来报，王周自杀了。
夜，两骑马在无人的官道上飞奔着。突然，地面上弹起绊马索，两匹马儿一声哀叫，将背上的鲁吉英和宁氏甩飞出去。云姑率领随从自山崖上跃下，踏上一步，用剑尖拨开宁氏的风帽，露出的竟是一张从未见过的陌生面孔。她登时呆在了当地。深夜，运河两岸死一般沉寂。一声闷雷响起，躺在客舱榻上的李元芳大叫一声，从噩梦中惊醒。良久，他定了定神，走上甲板，却吃惊地发现船已停在了运河中央，船上的人全都被杀死了，血流遍地。李元芳缓缓蹲下身，伸手将领他上船的伙计大睁的双眼合上，轻声道：对不起。他站起身来，眼中满是愤怒，手中的钢刀泛起一道寒光。就在此时，龙风如幽灵般地现身了。
鲁吉英和宁氏终于到达山阳，他们赶回县衙，到了大门前。掌固季虎刚一进大门，又急三火四地带着县丞和县尉跑了出来，几人十分惊慌，报说长史吴文登现在二堂。——鲁吉英身为县令，私离汛地已有二十多天。县丞说，长史大人似乎就是冲着此事来的。宁氏闻言也紧张了起来。鲁吉英却不慌不忙，他叫县丞马上回去拖住吴文登，说自己马上就到;又叫县尉去找来一坛酒，连灌了几大口。吴文登正在二堂厉声呵斥县丞欺瞒上官，鲁吉英突然一头撞进门来扑通跪倒，连连磕头。面对吴文登的责问，鲁吉英满嘴喷着酒气，嬉皮笑脸地耍起了酒疯。
原来，由于狄公到达扬州，扬州贪官料定他一定会到山阳查看李翰的死亡现场。长史吴文登来到山阳，真正目的就是对鲁吉英威逼利诱，要他将焚烧李翰尸身之责全部揽到自己身上狄公一行访查到河口镇。饭铺中，狄公正说话间，只见镇上的里长率几名甲丁，押着一名叫巩生的秀才进店询问，狄公等旁听了解到，是巩生抱着带血的人头在街上走，被里长发觉拿下。可巩生说人头是冯屠户当猪头卖给他的现在里长还断不清巩生和冯屠户到底谁是杀人真凶。狄公仔细验看，耐心地启发巩生，终于使他回忆起来一条重要的线索。循着这条线索，狄公找到了他们那位蹩脚的客店东家。里长叹服狄公的神断，问他其中的奥妙，狄公娓娓道来，众人惊叹不已。里长伸起大拇指道：老先生，不，老神仙。我真服了。要依着我，明儿一早就把巩生和冯屠户交官查办了。众人笑了起来。
狄公根据调查掌握的材料，进行进一步推断和假设发现，只要能够确定横行盱眙的私盐，就是邗沟覆船失踪的官盐，那么，这些推断和假设便会被逐步证实。而此案的元凶，也会很快浮出水面。
李元芳和小清来到蛟王祠，发现祠堂已被烧成了一片废墟，数十具烧成焦炭的尸身，横七竖八地倒卧在废墟中。经仔细勘查，李元芳分析死者很可能是被劫大趸船上的人。果然，他们找到了北沟大仓的监库彭春，他身负重伤却还没有死。盱眙，盐商何五奇的夫人夤夜负伤跑回家中，嘱咐丫鬟不要声张此事。李元芳带着重伤的彭春四下寻找药铺，发现邓通向店小二打听劫船脏盐的去向。店小二说，曾经看到几十人押着大车，向北而去。领头的是个大胡子，听他的形容很象是庞四。他和小清遂决定前往盱眙。一来为彭春治伤，二来查找庞四的下落。就在狄公打算加快查清私盐源头的时候。他驻跸的通衢客栈却发生了一起命案，一对男女半裸身体被杀死在地字甲号客房中。狄公就近对现场进行了必要而仔细的勘察。得知死人的房间是被人包租的，可死者并不是包房的人，且奇怪的事情很多。
盱眙县令文清来到通衢客栈勘查裸尸现场，他认为狄公一行有作案嫌疑。狄公以平民的身份，与文清就案情进行了广泛深入的切磋。狄公详析案情丝丝入扣，并当场推断演示，文清瞠目结舌，由衷地感叹：“我服了，没有丝毫破绽!老人家，你简直可以说得上是断案大师呀!”狄公请县令大人马上出签，将县城所有店中的老板和裁缝，统统唤到通衢客栈，还要他们带齐剪裁的用具。通衢客栈院中，一场特殊的考试开始了，通过考试，狄公初步筛选了重要的犯罪嫌疑人孙喜旺，他并不是杀人凶手。杀人凶手到底是谁呢狄公认为要想解开这个谜团，首先要搞清裸尸究竟是何人只有查清了这一点，才能确定杀人凶手的真正动机，也才能彻底破解此案，抓出凶犯。狄公决定还是采用老办法，敲山震虎。
狄公有意要将通衢客栈的消息透露，很快起到了敲山震虎的作用，孙喜旺的夫人阎氏迅速行动起来，但她的行动被跟踪了。经指认，又一个号称常妈妈的人浮出了水面。很快，常妈妈便将侦察的视线，引到了大盐商何五奇的家。狄公将侦查的焦点锁在了何五奇身上，通过对何五奇身份的判定，狄公断言，杀人凶手的真正目标，绝不是死去的那对男女，而是何五奇!分析常妈妈的口供，狄公注意到何五奇曾到过卧虎镇，他怀疑何五奇的私盐是从卧虎镇运来的现在官盐案和通衢命案的焦点都集中到了何五奇身上，狄公决定设计潜入何园，将案情查个水落石出。
狄公借用江湖豪客的霸道手段，在淮水茶楼给何武奇来了个干净利落的下马威。寻衅的头目自称怀英，说是看上了盱眙这块码头，要何五奇自即日起，每从外面趸来一批私盐，就要分他一半。而且下午就到何家盐号提盐，如果没有，盐号就得关门。何五奇望着怀英一行浩浩荡荡地走出茶楼，恼羞成怒。
下午，怀英真的将何氏盐号的盐运到了通衢客栈，支起布棚开卖常平盐，价钱二十文一斗。城里的老百姓潮水似的奔来买盐。何五奇招集人手，想与怀英拼个鱼死网破。但是他怎么也没想到，怀英手下不但武艺高强人多势众，而且竟然还有马队。这下可是遇上吃生米的了。结果，何五奇被怀英收拾的服服帖帖。他甘愿痛改前非，通力合作，唯怀先生马首是瞻，还趁机邀请怀英到何园家中吃饭。——这正中了狄公的下怀。
其实怀英就是化名的狄公，他答应了何五奇要他搬到园中居住的请求。由此，狄公发现了两个线索，一是据何五奇透露的情况，卧虎庄与落水官盐关系重大。他必须利用何五奇，乔装改扮，潜入卧虎庄取证。二是通过暗察何五奇周围之人的举动，何五奇的夫人李氏进入了狄公的视野。李元芳和小清跟踪庞四来到柳林之中，藏身于大柳树上，观察着下边的动静。没想到等待庞四的不是什么私盐交易，而是杀声震天的上百名官军。官军将盐枭团团包围，很快盐枭们便被残酷地屠戮了。亏得李元芳用树枝将另一棵树上窥探的邓通打得失足坠下柳树，吸引了官军的注意力。小清这才救下庞四落荒而走。密林中，缓缓走出了一个身穿黑斗蓬的人，站在空地中央，他告诉带兵的宋都尉：此事多亏有你帮忙，才能如此顺利。放心，我不会亏待你的。
盱眙，嫌疑人阎氏和丈夫孙喜旺，又为奸情的事情撕打起来，阎氏抓起桌上小笸箩里的剪刀，向孙喜望胸前狠狠刺来，孙喜望一把抢下剪刀，指着阎氏的喉咙怒骂起来，剪刀在阎氏喉咙前不停地晃动，孙喜望双眼通红咬牙切齿。阎氏真的害怕了，她连连后撤：“你，你，你真要杀我”话音未落，扑的一声轻响，风灯灭了。黑暗中，传来一声凄厉的惨叫。阎氏死了，孙喜旺有重大杀人嫌疑。狄公请县令文清立刻发下海捕，命三班捕快各路追踪，缉拿孙喜望到衙。这时又有衙役来报，常妈妈昨夜被人勒死在家中。狄公感到这两件案子当中定有内在的关联，要想进一步揭开谜底，还真得搬进何府再说了。
狄公向李元芳询问小清的情况，他们谈到了卧虎庄和葛天霸，在狄公的极力启发、诱导和鼓励下，李元芳虽然记不起从前的事情，但还是被狄公调动了内心深处的正义感，于是将他自己所查到的以及自己侦察得到的密信交给了狄公，这些让狄公省去了很多麻烦。狄公仔细地推究阎氏死亡现场的情形，怀疑真正的凶手并不是孙喜望，而是另有其人。显然，这个神秘的凶手一直处心积虑要除掉何五奇。狄公感到势态紧急，命人立刻将随从唤醒，组织人马全城查找何五奇的下落!这时，另一条线索开始收网了。
夜里，当何五奇的夫人李氏来到老地方与情人约会时，几条黑影从阴影中缓缓走出，将她围了起来。黑影们不是别人，正是狄公、李元芳和曾泰。夫人彻底惊呆了，浑身不住地发抖。狄公望着她冷冷地道：“说说吧，他是谁”何五奇被杀了，狄公勘查现场得到一张字条和一枚金簪。看起来，一切证据都指向了孙喜望。县令文清也认为，孙喜旺是唯一一个有杀人动机的人。狄公深吸一口气道：马上就可以定案了。何宅大门前狄公请县令文清将何五奇的死讯及事情的始末原尾告之何夫人。文清来到内堂前，他没有见到夫人，却见到了孙喜望!狄公告诉他，连环命案凶手，已经找到了。凶手彻底暴露，他就是盱眙县令文清。他不得不交代了与卧虎庄联手，谋划除去何五奇的动机和全过程。也提到了自己并非只是为了夫人，有很大一部分原因还是为了自己的利益，夫人也只是被他利用的一件工具，这让痴情的夫人很是难过。
彭春醒了，他的供词起到了很重要的作用，使狄公所有的判断得到证实，邗沟覆船案的重要线索几乎都已被挖了出来。一张官匪合谋的大网最终被狄公挖出来，真是令人触目惊心。盱眙的盐荒解决了，鞭炮之声响彻全城。但狄公没有沉浸在一时的胜利之中，现在他该推究的是，鸿通柜坊与铁手团之间又有着什么样的关系呢那个铁手团的宗主究竟是个什么样的人他号召江湖势力为其所用，这一点不难理解。可他竟然能够将扬州的三位最高行政长官全部买通，替他为奴，这实在是有些不可思议呀。还有，彭春提到林阳也甚为蹊跷，难道，我们在北沟大仓搜查时，忽略了什么狄公设巧计，终于拿到了查获林阳的重要线索。而此时的卧虎庄，葛天霸和铁手团正在进行着一场生与死的较量。
当小清得知他爹葛天霸参与的是一桩震动朝野的大案之时，内心十分痛苦。李元芳感于小清对他的救命之恩，求狄公对葛天霸网开一面。狄公欣然答应，但前提是葛天霸必须举义投诚。铁手团兴师卧虎庄，责问万担食盐被劫之事，葛天霸虚与委蛇，不料由于邓通的出卖，全部真相被宗主证实。葛天霸无奈之下，令庄丁全体出动对抗铁手团。一场恶战之后，最终宗主以强制胜制服了葛天霸，将缴械投降的庄丁全部杀死，邓通也被虎云灭口。而后，杀手们在庄内布下重重埋伏，专候狄仁杰的到来。云姑带着队伍先行发现狄公，本拟行刺，结果意外发现李元芳没有死。同时还发现了妹妹小清与李元芳相处一道。一个阴险的计划很快在云姑脑海里形成了。云姑设计调走小清，然后自己冒充她，挑拨失忆的李元芳与狄仁杰之间的关系。
由于云姑之计，李元芳果真误以为是狄公杀死了小清。一时的悲愤冲昏了他失忆的头脑，竟用幽兰剑指向了狄公。然而仅管已想不起他是谁，可元芳仍觉得在自己心里，这位是自己最亲近的人，他无法对狄公下手。当他回到苇荡抱起小清的尸体哭诉时，却发突然现怀中之人并不是小清。云姑闪电般地出手了，但她没能杀死李元芳。螳螂捕蝉，黄雀在后。就在这时，龙风三人在树林中出现了。他们骗过了信任自己师妹的云姑，挟持了小清，以点火烧船要挟李元芳，元芳毫不犹豫地向快船扑去。一场恶战后，龙风、豹冲、蛟刚、犼强伏法。李元芳和云姑、小清站在了一起。在激烈的浴血鏖战中，李元芳落水，重温了当时失忆的感觉，找回了作为千牛卫大将军的自己。遗憾的是，小清为此献出了自己年轻的生命。狂风陡起，风云变色，运河上白浪浊天。李元芳搂着小清呆坐在岸边，一动不动。就在这时，狄公和庞四率领卫队赶来，已经恢复记忆的李元芳与狄公相见，二人共诉离别之情。